作者先前开发了脑膜炎奈瑟氏球菌血清群A（NmA）的传播动力学模型，目的是预测A群脑膜炎球菌结合疫苗不同免疫策略的相对益处。研究表明，保持疾病控制最有效的策略是将A群脑膜炎球菌结合疫苗引入扩大免疫规划（EPI）。从那时起，对疫苗诱导的抗体的持久性进行了进一步研究，新数据表明免疫反应受疫苗接种年龄的影响。在这里，我们旨在调查疫苗诱导保护的持续时间和年龄特异性对模型预测的影响，并探讨长期最佳疫苗接种策略可能如何变化。作者调整了以前的模型，并考虑了可行的替代免疫策略，包括在当前时间表中增加加强剂量，以及针对保护期的一系列不同假设对学龄儿童进行常规疫苗接种。为了对不同策略进行比较，作者使用了多个指标，包括感染的中位数年龄，预防一个病例所需的疫苗接种人数（NNV），每种策略的病例年龄分布以及蜜月期（复活）之后开始增加病例数所花费的时间。在这项工作中探索的策略在所有方面都没有优势。不论疫苗接种年龄如何，当疫苗诱导的保护作用相同时，尤其如此。保护期限的不确定性很重要。对于平均持续18年或更长时间的保护期限，该模型预测将消除NmA病例。假设疫苗的保护对于5岁以后接种疫苗的人来说更加持久，那么对大龄儿童进行常规免疫将更有效地减少疾病的发病率，并且也将减少预防一例病例所需的剂量。假设没有消除，增加更多剂量可能会预防大多数情况，但弊端是更昂贵的干预措施。这些结果可用于了解有关A群脑膜炎球菌结合疫苗的重要不确定性来源，并支持决策者的决策。

世界卫生组织制定了一项到2030年战胜脑膜炎的全球路线图。为倡导并跟踪该路线图的进展，必须准确确定脑膜炎作为一种综合征和病原体的负担。确定了三种主要的全球卫生模型，用于估计脑膜炎作为综合征和/或病原体的死亡率，并在2015年基准年进行了比较。以下两种模型，（1）WHO和约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院的母婴流行病学估计（ MCEE）小组的儿童死亡率估算（WHO-MCEE）和（2）卫生计量与评估研究所（IHME）全球疾病负担研究（GBD 2017），将脑膜炎、脑炎和新生儿败血症一分别并列为5岁以下儿童的第二和第三大传染性杀手。在各模型之间，整体性脑膜炎/脑炎和新生儿败血症的死亡率估算值比选定的传染性死亡原因和所有死亡原因的死亡率估算值差异更大。模型之间，国家一级和病原体的估计值也存在显着差异。将模型化的估计值与其他数据源（例如国家或哨点监测）相结合，可以更准确地定义脑膜炎的全球负担，并有助于根据WHO路线图跟踪进展情况。

登革热病毒（DENV）每年在印度尼西亚感染成千上万的人。但是，来自该国的DENV序列数据是有限的，因为暴发的样本必须长途运输到适当装备的实验室进行测序。该方法耗时，昂贵并且由于低病毒载量或RNA基因组的降解而经常导致失败。我们评估了一种为解决这一难题而设计的方法，使用“原始方案”多重PCR切片方法快速生成覆盖整个DENV编码区的短且重叠的扩增子，并在便携式Nanopore MinION设备上对扩增子进行测序。根据基因组覆盖率，共有序列准确性和系统发育分析评估所得序列数据。事实证明，这种多重方法能够从所有测试样本中产生接近完整的编码区域覆盖率，其中61％不能用当前的长信号完全放大。 多重短扩增子方法被证明在扩增临床样品中的DENV基因组方面具有优势，特别是当病毒以低浓度存在时。由这些扩增子产生的纳米孔共有序列的准确性足以鉴定样品的地理起源，表明该方法可以作为鉴定和监测印度尼西亚低资源环境中循环的DENV进化枝的有用工具。然而，纳米孔产生的共有序列的不准确性意味着该方法可能不适用于更高分辨率的传输研究，尤其是在可获得更准确的测序技术时。

从1999年到2014年，英国浸润性脑膜炎球菌病的发病率下降了大约四倍，其中C血清群和B血清群的发病率有所下降。由于直接和间接保护，1999年实施了C型脑膜炎球菌结合疫苗，导致C型血清性侵袭性脑膜炎球菌发病率较低，但没有针对B型血清炎的疫苗。在1999、2000和2001年进行的英国脑膜炎球菌感染性调查1-3（UKMenCar1-3）对于了解疫苗接种的影响至关重要。为了调查侵袭性脑膜炎球菌疾病发病率的下降，我们在2014-15年度进行了一项大型口咽运输调查，就在英国国家免疫计划中脑膜炎球菌疫苗发生变化之前。 UKMenCar4是一项针对15-19岁青少年的横断面调查，这些青少年是在2014年9月1日至2015年3月30日期间从本地11个英国采样中心所在的学校和学院就读的。参与者提供了口咽拭子样本并完成了有关运输风险因素（包括社会行为）的调查问卷。培养样本中假定的奈瑟氏球菌，通过血清分组和全基因组测序进行表征。将这项研究的数据与UKMenCar1-3调查（1999-2001年）的结果进行了比较。 从UKMenCar4的19 641名参与者（11 332名女性，8242名男性，未说明67名）中，可培养的棉签和完整的危险因素调查表中分离出1420例脑膜炎球菌，携带率为7·23％（95％CI 6·88） -7·60）。UKMenCar4的出行率明显低于以前的调查：UKMenCar1（1999）的出行率是16·6％（95％CI 15·89-17·22； 2306/13 901），17·6％（17· UKMenCar2（2000）中的05-18·22; 2873/16 295）和UKMenCar3（2001）中的18·7％（18·12-19·27; 3283/17 569）。UKYenCar4的所有血清群的携带患病率均低于UKMenCar1-3，但Y血清群不变。 我们发现，全国在低发病率时期（2014-15年）抽样的青少年脑膜炎球菌携带率低于高发病率时期（1999-2001年）同等人群的脑膜炎球菌携带率。持续接种疫苗可很好地控制C血清群引起的疾病和携带。与运输有关的行为流行率下降，这表明旨在影响行为的公共卫生政策可能会进一步减少疾病。

非伤寒沙门氏菌(NTS)是世界范围内腹泻病最常见的病原之一，在越南因腹泻住院的儿童中已成为最常见的细菌病原体。为了更好地了解越南NTS肠胃炎的流行病学、血清分布、抗菌药物耐药性(AMR)和临床表现，我们对胡志明市三家三级医院之一收治的腹泻儿童分离的NTS进行了临床基因组学研究。2014年5月至2016年4月，招募了3166名因痢疾住院的儿童，发现有478名（~15%）儿童通过粪便培养感染了NTS。450个生成的基因组的分子血清分型确定了血清群的不同集合（B、C1、C2-C3、D1、E1、G、I、K、N、O、Q）；然而，鼠伤寒沙门氏菌是最主要的血清型，占NTS分离株 的41.8% （188/450）。我们观察到世卫组织（WHO）推荐的一线治疗对AMR的患病率很高，NTS分离株中有一半以上（53.8％，242/450）对多种药物具有耐药性（MDR；对≥3种抗菌药具有耐药性）。 AMR基因检测与表型AMR检测呈正相关，对经验性抗菌药物的耐药性与住院时间显著延长有关（0.91天，p=0.04）。我们的工作表明，基因组测序是表征NTS中血清多样性和AMR谱的强大流行病学工具。我们建议对经验不足的抗生素治疗痢疾性腹泻进行重新评估，并支持使用全基因组测序技术对国际NTS进行持续监测。