非伤寒沙门氏菌(NTS)是世界范围内腹泻病最常见的病原之一，在越南因腹泻住院的儿童中已成为最常见的细菌病原体。为了更好地了解越南NTS肠胃炎的流行病学、血清分布、抗菌药物耐药性(AMR)和临床表现，我们对胡志明市三家三级医院之一收治的腹泻儿童分离的NTS进行了临床基因组学研究。2014年5月至2016年4月，招募了3166名因痢疾住院的儿童，发现有478名（~15%）儿童通过粪便培养感染了NTS。450个生成的基因组的分子血清分型确定了血清群的不同集合（B、C1、C2-C3、D1、E1、G、I、K、N、O、Q）；然而，鼠伤寒沙门氏菌是最主要的血清型，占NTS分离株 的41.8% （188/450）。我们观察到世卫组织（WHO）推荐的一线治疗对AMR的患病率很高，NTS分离株中有一半以上（53.8％，242/450）对多种药物具有耐药性（MDR；对≥3种抗菌药具有耐药性）。 AMR基因检测与表型AMR检测呈正相关，对经验性抗菌药物的耐药性与住院时间显著延长有关（0.91天，p=0.04）。我们的工作表明，基因组测序是表征NTS中血清多样性和AMR谱的强大流行病学工具。我们建议对经验不足的抗生素治疗痢疾性腹泻进行重新评估，并支持使用全基因组测序技术对国际NTS进行持续监测。
