《中国科学院海洋研究所硅藻适应深海底栖环境中天线蛋白功能研究取得进展》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2024-01-15
  • 近日,爱思唯尔出版集团旗下国际期刊Algal Research刊登了中国科学院海洋研究所藻类生理过程与精准分子育种团队最新研究成果。该研究聚焦底栖的微弱红光环境,通过构建lhcf15基因的敲除和回补藻株,揭示了LHCF15蛋白在硅藻适应长波长光环境中的潜在作用,为深入认识硅藻灵活的光合作用调控机制和强大的适应能力提供新见解。

    硅藻广泛分布于陆地和海洋环境,在全球碳循环过程中发挥重要作用。水下环境特别是底栖环境中,太阳光迅速衰减光谱不完整,硅藻如何适应底栖环境、维持基本生命过程代谢是目前硅藻研究的一个重要科学问题。众所周知,太阳光的红光和红外部分随着海水深度的增加受到强烈的衰减,水下光场以蓝绿光为主。然而有研究发现,硅藻受红光环境诱导后,荧光光谱会发生红移,一种捕光天线蛋白——LHCF15大量积累。那么,荧光光谱的变化与LHCF15蛋白之间是否存在因果关系?红光环境下积累LHCF15蛋白对高度适应蓝绿光环境的硅藻有什么生物学功能?

    本研究从转录水平上表征了lhcf15基因的表达特征。结果表明,长期黑暗和红光环境都能显著诱导lhcf15基因的表达。随后,研究团队利用CRISPR-Cas9基因编辑技术构建了靶向lhcf15基因的敲除藻株。比较光谱数据发现,在白光和蓝光环境下,敲除藻株的荧光光谱与野生型之间没有显著差异。然而,在红光环境下,敲除藻株没有表现出野生型的荧光光谱红移现象,一旦敲除藻株实现回补,回补藻株在红光诱导下恢复了红移现象。这些数据充分证实了LHCF15蛋白是引起荧光光谱红移的关键。

    生长实验结果表明,在白光和蓝光环境下敲除藻株与野生型的生长没有显著差异,但是在红光下(~630nm),敲除藻株的生长显著慢于野生型,并且在敲除藻株中回补LHCF15蛋白后的生长又与WT无显著差异。在更长波长光环境下(~682nm),敲除藻株的生长同样表现出严重抑制。这些结果说明,LHCF15作为一种捕光天线蛋白对硅藻吸收和利用长波长红光进行光合固碳发挥重要作用。这种特殊的响应机制对于硅藻适应底栖环境、维持基本的代谢具有重要意义,为认识底栖海洋环境中的特殊生命过程提供了新的认知。

    中国科学院海洋研究所为论文第一完成单位,博士研究生王乐普和副研究员解修俊为共同第一作者,海洋研究所研究员王广策和澳大利亚悉尼大学教授陈敏为共同通讯作者。研究得到山东省重点研发计划、国家自然科学基金项目、山东省泰山学者项目研究基金等联合资助。

    论文信息

    Wang, L., Xie, X., Gu, W., Zheng, Z., Chen, M., & Wang, G. (2023). LHCF15 facilitates the absorption of longer wavelength light and promotes growth of Phaeodactylum tricornutum under red light. Algal Research, 103249. https://doi.org/10.1016/j.algal.2023.103249

  • 原文来源:https://qdio.cas.cn/2019Ver/News/kyjz/202401/t20240112_6953822.html
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    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
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    • 近日,中国科学院海洋研究所海藻遗传与发育团队在mSystems期刊发表题为“Characterization of a marine diatom chitin synthase using a combination of meta-omics, genomics and heterologous expression approaches”的研究论文。该论文综合运用了宏组学、基因组学及异源功能验证等方法解析海洋硅藻几丁质合酶,相关结果为几丁质合酶基因在各大洋及海洋真核微生物中的分布与丰度提供了新认识,也为硅藻β-甲壳素合成的生物学意义及调控机理研究打下了基础。 硅藻是海洋初级生产力的主要贡献者,海洋吸收的CO2约有40%由硅藻固定,与热带雨林固碳量相当。甲壳素(又称几丁质)是硅藻重要的碳积累产物,也是海洋环境中最重要的碳、氮来源。海洋每年可合成数十亿吨甲壳素,其合成与降解对海洋生态系统的碳氮循环起着关键作用。尽管1965年就有报道硅藻能够合成甲壳素,但是半个多世纪以来的研究侧重于细胞学观察和化学结构分析,未有从分子生物学手段解析硅藻甲壳素合成与降解机理的报道。 前期,海洋所海藻遗传与发育课题组与法国巴黎高等师范学院藻类基因组学团队合作,在硅藻甲壳素代谢机理解析方面开展了原创性工作。结合多组学数据挖掘和特异基因(TpCDA、TwCDA)功能验证,发现中心纲硅藻甲壳素相关代谢酶具有叶绿体、线粒体、内质网等复杂的细胞定位,CDAs基因丰度更高,对长链多聚甲壳素的催化能力更强,且同时具有几丁质脱乙酰酶和几丁质酶的活性,相关结果解释了中心纲硅藻甲壳素及其衍生物高合成能力的潜在原因(New Phytologist, 2019;Marine Drugs, 2021),也为壳聚糖、壳寡糖的绿色工业制备提供了新的思路(BMC Plant Biology,2021;Metabolites,2023)。 考虑到甲壳素对于全球碳氮循环的重要生态学意义,团队又着眼于Tara Oceans全球采样大数据,从硅藻宏转录组中挖掘了4939条甲壳素代谢关联的基因序列,其中几丁质酶(Chitinase)主要存在于粒径较大的硅藻种属中,而几丁质结合蛋白(CBM_14)只在南大洋中有分布,表明其在极地环境中发挥某种特殊作用。同时,通过检索海洋真核微生物转录组数据库(MMETSP)、PhycoCosm及PLAZA硅藻组学数据集,发现除海链藻目之外,Mediophyceae和Thalassionemales或为潜在的β-甲壳素天然合成者。生物合成途径机理研究绕不开关键基因的功能验证,团队利用两种高效的异源遗传转化体系(酿酒酵母和三角褐指藻),验证了假微型海链藻中几丁质合酶(TpCHS)具有催化甲壳素糖链合成的生物学功能。值得一提的是,在转基因研究中,团队发现一个有趣的现象,即三角褐指藻虽然能够高效表达TpCHS1,但细胞形态异常,生长速率下降。结合激光共聚焦显微观察与细胞周期Marker基因表达量分析发现,TpCHS1定位于高尔基体与细胞膜系统,且与细胞分裂密切相关,而过表达株系生长速率下降可能与细胞周期调控中G2/M期检验点受到抑制有关。 中国科学院海洋所副研究员邵展茹为论文第一作者,段德麟研究员与Chris Bowler教授为共同通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、科技部重点研发计划及欧盟第七框架计划等项目的资助。 相关论文:Shao ZR et al. 2023. Characterization of a marine diatom chitin synthase using a combination of meta-omics, genomics and heterologous expression approaches. mSystems, e011312223. 论文链接:https://journals.asm.org/doi/epub/10.1128/msystems.01131-22
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    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2024-01-07
    • 中国科学院深海科学与工程研究所何舜平团队2019年在英国著名自然杂志子刊Nature Ecology & Evolution(自然-生态与进化)上,发表研究论文首次揭示了超深渊狮子鱼适应极端环境的遗传基础,该文章一经发表引发广泛的报道和讨论。随着研究的深入,近日,该团队联合西北工业大学王堃教授团队又在著名刊物eLife(一区  TOP) 杂志上再发表一篇题为Chromosome-level genome assembly of hadal snailfish reveals mechanisms of deep-sea adaptation in vertebrates的研究论文,报道了深渊狮子鱼(Pseudoliparis swirei)进一步研究的新发现,深入地探讨了这一深渊类群的独特的适应机制。深渊狮子鱼是目前已知在海洋中生存深度最大的脊椎动物,生活在6000至8000米的深渊环境中。该研究对深渊狮子鱼群体基因组进行了深入分析,通过比较基因组学和转录组学方法,揭示了这一物种对极端环境的独特适应机制。 该研究对马里亚纳海沟深渊狮子鱼的基因组组装进行了优化,通过采用ONT长读取、BGI短读取和Hi-C测序技术,获得了染色体水平的高质量基因组组装,基因组大小为626.44 Mb,具有24条染色体。新的基因组组装填补了先前组装版本中1.26 Mb的缺失,提高了基因组的连续性和完整性。该研究利用不同海沟深渊狮子鱼基因组和线粒体基因数据对其演化历史进行了分析。研究表明,深渊狮子鱼与其近缘浅海种细纹狮子鱼(Tanaka's snailfish)约在1800万年前发生分化,而与其他生活在约1000米左右深度的深海近缘狮子鱼的分化时间约为990万年前,接近马里亚纳海沟形成的时间。该研究推测,深渊狮子鱼的祖先可能首先适应了大约990万年前形成的1000米左右的深海环境,随后逐渐适应了更深的环境。同时,系统发育分析表明它们在百万年内分散到太平洋的不同海沟。 该研究还关注了深渊狮子鱼在进化过程中对黑暗的适应。相较与细纹狮子鱼,深渊狮子鱼视觉系统中多个感光相关基因发生丢失,此外,感光元件的表达水平在不同深度上也发生了显著变化,这表明其在深海环境中对视觉的需求相对较低。进一步研究发现,与节律相关的基因也发生丢失或假基因化,表明深渊狮子鱼的生物钟可能仍然存在,但不再基于光的调控。 由于缺乏光线,听觉似乎对深渊狮子鱼的生存至关重要。研究发现,听觉相关基因cldnj在深渊狮子鱼基因组中拷贝数增加,该基因是耳石形成所必需的基因。转录组数据也表明深渊狮子鱼听觉相关蛋白表达量显著增加。 值得注意的是,转铁蛋白编码基因fthl27在深渊狮子鱼基因组中发生串联重复(14个拷贝),进一步的细胞实验证明,fthl27过表达细胞内ROS水平显著降低,并具有显著更高的细胞活力。这增加了深渊狮子鱼在高静水压力下对氧化应激的耐受力,可能是其适应高压环境的重要因素之一。 总的来说,这项研究为深海鱼类的进化和适应机制提供了深入的了解,这有助于我们更全面地理解深海生物是如何适应极端环境的,对于保护和管理深海生物资源具有一定的参考价值。 中国科学院深海所何舜平研究员和西北工业大学王堃教授为该论文共同通讯作者,中国科学院深海所徐涵博士为该论文共同第一作者。 论文连接:https://doi.org/10.7554/eLife.87198.3 江汉大学王莹副教授和中国科学院水生所杨连东青年研究员对该文章发表了题为Surviving under pressure:Genomic analysis has shed light on how hadal snailfish have adapted to living at depths of several thousand metres的评论,发表于eLife杂志上。 文章链接:https://doi.org/10.7554/eLife.90216