《Nature | 人类全基因组的变异受限图谱:基于7.6万人DNA测序数据的分析》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2023-12-11
  • 2023年12月6日,美国Broad研究所Siwei Chen和Konrad J. Karczewski联合Benjamin M. Neale和Daniel G. MacArthur团队在Nature上发表了题为A genomic mutational constraint map using variation in 76,156 human genomes的文章。研究人员建立了gnomAD v3,整合分析了7.6万余人的全基因组测序数据——这是目前最大的人类全基因组等位基因频率的开源数据库——并利用它构建了人类全基因组的变异受限图谱(genome-wide mutational constraint map)。

    研究人员提出了一个新的适用于模拟非编码区变异的统计模型,该模型结合了局部DNA序列和区域基因组特征对突变率的影响,以更准确的度量自然选择对于任一特定DNA区域发生突变的限制程度。大规模分析结果显示,与蛋白质编码区相比,非编码区整体上受到负选择的程度较弱;但在所发现的变异受限的区域中,富集了具有基因调控功能的元件,以及与人类疾病和特征相关的变异,这为定位和表征功能性非编码区域提供了有效帮助。同时,研究人员还发现,变异受限的调控元件更倾向于调控那些同样受限的蛋白质编码基因,这提示我们,通过研究非编码区,可以更好地识别功能重要的基因,更完整地了解它们的调控机制和网络,以及它们的变异对于人类复杂遗传疾病和表型的影响。

    总的来说,该研究拓展了我们对于人类非编码DNA的认识。研究人员所构建的全基因组范围的变异受限图谱有助于科研人员发现和解释在人类健康中起着关键作用的遗传变异;而这些变异可能在罕见病患者的基因诊断中被检测到,为患者疾病的遗传原因提供重要线索,进而有望为针对性的精准治疗提供新的思路和方法。

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    • 编译者:李康音
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    • 2023年10月11日,美国遗传学中心等机构的研究人员在Nature发表题为Genotyping, sequencing and analysis of 140,000 adults from Mexico City文章。利用全基因组测序,研究人员构建了一个超越现有面板在具有中部、南部和东南部墨西哥原住民祖先高比例个体中的常见变异上表现优异的插补参考面板。 墨西哥城前瞻性研究是一个由15万多名成年人组成的前瞻性队列,他们于20年前从墨西哥城的科约阿坎区和伊斯塔帕拉区招募而来。研究人员为所有个体生成了基因型和外显子测序数据,并为9950名选定个体生成了全基因组测序数据。该研究描述了个体之间高水平的亲缘关系和祖先构成上的显著异质性。大多数测序的个体具有混合的美洲原住民、欧洲和非洲祖先,其中包含了中部、南部和东南部墨西哥的原住民种群的广泛混合。墨西哥原住民基因组片段的编码变异水平较低,但与非洲和欧洲起源的片段相比,有更多的纯合缺失功能变异。研究人员估计了142百万基因组变异的祖先特异性等位基因频率,在外显子变异中的墨西哥原住民祖先具有91856的有效样本量,并通过公共浏览器提供所有这些数据。该研究展示了在多样化人群中进行遗传研究的价值,并为未来墨西哥和美国的遗传研究提供了基础的插补和等位基因频率资源,美国的西班牙裔/拉丁裔人口主要是墨西哥裔。 本文内容转载自“生信帮”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/zSDQPruOjQz1k0z-Z5AA4w
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    • 编译者:李康音
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    • 2023年11月29日,美国 Illumina公司等机构在Nature上发表了题为Identification of constrained sequence elements across 239 primate genomes的文章。 非编码DNA对于我们理解人类基因调控和复杂疾病至关重要,测量进化序列约束可以确定人类基因组中推定的调控元件的功能相关性。与蛋白质编码DNA相比,非编码DNA的进化更快,分离灵长类动物物种的时间相对较短,以及以前全基因组测序的可用性有限,阻碍了鉴定在灵长类动物中特异性受到限制的基因组元件。 该研究构建了239个物种的全基因组比对,代表了灵长类动物中所有现存物种的近一半。使用该资源,研究人员以5% 的错误发现率鉴定了在灵长类动物和其他哺乳动物中处于选择性约束下的人类调控元件。研究人员检测到111318个DNase I超敏性位点和267410个转录因子结合位点,这些位点在灵长类动物中特异性受到限制,但在其他胎盘哺乳动物中不受限制,并验证了它们对基因表达的顺式调控作用。这些调控元件富含影响基因表达和复杂性状和疾病的人类遗传变体。该研究结果强调了近期进化在将包括人类在内的灵长类动物与其他胎盘哺乳动物区分开来的调控序列元件中的重要作用。