《英格兰医院中出现SARS-CoV-2的负担和动态》

  • 来源专题:新发突发传染病
  • 编译者: 张玢
  • 发布时间:2023-10-23
  • 医院传播在中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)和严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)流行中起主导作用1,2,但缺乏对其在SARS-CoV-2大流行中的作用的大规模研究。这种传播有可能将病毒传播给最脆弱的人群,并可能通过医院与社区的互动产生更广泛的影响。使用来自英格兰医院的数据,我们量化了院内传播,评估了可能的传播途径和与传播风险增加相关的因素,并探索了更广泛的动态后果。我们估计,在2020年6月至2021年3月期间,有95,000至167,000名住院患者在医院感染了SARS-CoV-2(占同期所有住院人数的1%至2%)。对时间序列数据的分析提供了证据,证明自己在医院感染SARS-CoV-2的患者是传播给其他患者的主要来源。住院病人的传播增加与医院的单人间较少和每张床的加热量较低有关。此外,研究表明,减少医院传播可以大大提高间歇性封锁措施在抑制社区传播方面的效率。这些发现揭示了以前未被认识到的医院传播规模,对医院控制措施的针对性具有直接影响,并强调需要设计更好的医院来限制未来高后果病原体的传播。
  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06634-z
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    • 编译者:李康音
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    • 2023年10月18日,牛津大学等机构的研究人员在Nature上发表题为The burden and dynamics of hospital-acquired SARS-CoV-2 in England的文章。 医院传播在中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)和严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)流行中起主导作用,但缺乏关于其在SARS-CoV-2大流行中的作用的大规模研究。这种传播有可能将病毒传播给最脆弱的个人,并可通过医院与社区的互动产生更广泛的影响。利用来自英国急症医院的数据,研究人员量化了院内传播,评估了可能的传播途径和与高传播风险相关的因素,并探索了更广泛的动态后果。 研究人员估计,在2020年6月至2021年3月期间,有9.5万至16.7万名住院患者在医院感染了SARS-CoV-2(占此期间所有住院人数的1%至2%)。对时间序列数据的分析表明,那些自己在医院感染SARS-CoV-2感染的患者是向其他患者传播的主要来源。向住院患者的传播增加与医院单人间较少和每张病床的加热量较低有关。此外,研究还表明,减少医院传播可以大大提高间断封锁措施在抑制社区传播方面的有效性。这些信息揭示了以前未被认识到的医院传播规模,对医院控制措施的目标有直接影响,并强调了设计装备更好的医院以限制未来高后果病原体传播的必要性。
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    • 发布时间:2024-01-07
    • 之前的研究已经将严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的基因变异与免疫受损人群中持续感染联系起来,但这些观察到的演变过程尚未完全理解。在这项研究中,使用高通量单基因组扩增和测序(HT-SGS)技术,从22名HIV阳性(PWH)和25名HIV阴性(PWOH)的184个呼吸样本中获得了约103个SARS-CoV-2刺突蛋白基因序列。22名PWH中有12名患有晚期HIV感染,其外周血CD4 T细胞计数(即CD4计数)<200细胞/μL。在CD4计数≥200细胞/μL的PWOH和PWH中,每个人的大多数单基因组刺突蛋白序列匹配了一种在感染过程中占主导地位的单倍型。相比之下,晚期HIV感染者显示出较高的宿主内刺突蛋白多样性,每人平均有46个单倍型(IQR 14-114)。COVID-19症状发作后宿主内刺突蛋白多样性的增加预示着PWH的SARS-CoV-2 RNA持续时间更长,而此时刻的宿主内刺突蛋白多样性在晚期HIV感染者中明显高于PWOH。在晚期HIV感染者中,刺突蛋白序列群体的组成会随时间迅速波动,初始序列经常被一组新的单倍型所取代。这些群体级别的变化与宿主内突变的高总负担和功能重要残基的正选择有关。在几种情况中,延迟出现可检测的刺突蛋白血清结合与假定的抗体逃逸突变的正选择相关。综上所述,研究发现显示了晚期HIV感染中SARS-CoV-2的显著宿主内遗传多样性,并暗示这种环境中SARS-CoV-2的适应性宿主内演变可能导致新的关注变异体(VOCs)的出现。