《SARS-CoV-2变异株在晚期HIV感染中的快速出现和进化》

  • 来源专题:新发突发传染病
  • 编译者: 张玢
  • 发布时间:2024-01-07
  • 之前的研究已经将严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的基因变异与免疫受损人群中持续感染联系起来,但这些观察到的演变过程尚未完全理解。在这项研究中,使用高通量单基因组扩增和测序(HT-SGS)技术,从22名HIV阳性(PWH)和25名HIV阴性(PWOH)的184个呼吸样本中获得了约103个SARS-CoV-2刺突蛋白基因序列。22名PWH中有12名患有晚期HIV感染,其外周血CD4 T细胞计数(即CD4计数)<200细胞/μL。在CD4计数≥200细胞/μL的PWOH和PWH中,每个人的大多数单基因组刺突蛋白序列匹配了一种在感染过程中占主导地位的单倍型。相比之下,晚期HIV感染者显示出较高的宿主内刺突蛋白多样性,每人平均有46个单倍型(IQR 14-114)。COVID-19症状发作后宿主内刺突蛋白多样性的增加预示着PWH的SARS-CoV-2 RNA持续时间更长,而此时刻的宿主内刺突蛋白多样性在晚期HIV感染者中明显高于PWOH。在晚期HIV感染者中,刺突蛋白序列群体的组成会随时间迅速波动,初始序列经常被一组新的单倍型所取代。这些群体级别的变化与宿主内突变的高总负担和功能重要残基的正选择有关。在几种情况中,延迟出现可检测的刺突蛋白血清结合与假定的抗体逃逸突变的正选择相关。综上所述,研究发现显示了晚期HIV感染中SARS-CoV-2的显著宿主内遗传多样性,并暗示这种环境中SARS-CoV-2的适应性宿主内演变可能导致新的关注变异体(VOCs)的出现。
  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.05.574420v1
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    • 编译者:蒋君
    • 发布时间:2020-07-01
    • 由严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2(SARS-CoV-2)引起的2019冠状病毒疾病(COVID-19)暴发在中国出现并迅速传播到全球。为了防止SARS-CoV-2传播,了解SARS-CoV-2的体内特征是当务之急。我们报告了SARS-CoV-2感染和传播的雪貂模型,概括了人类疾病的各个方面。受SARS-CoV-2感染的雪貂表现出体温升高和病毒复制。尽管未观察到死亡,但感染SARS-CoV-2的雪貂在感染后8天之内仍可通过鼻洗液,唾液,尿液和粪便散发病毒。接触后2天,在所有直接接触雪貂中都检测到SARS-CoV-2。此外,一些间接接触的雪貂对病毒RNA呈阳性,表明是空中传播。在鼻甲,气管,肺和肠中检测到病毒抗原,并在感染的肺中存在急性细支气管炎。因此,雪貂代表COVID-19的感染和传播动物模型,其可以促进SARS-CoV-2治疗剂和疫苗的开发。
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    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-12-05
    • 南非科学家Nokukhanya Msomi、Richard Lessells及其同事们在本周Nature期刊上的一篇标题为“Africa: tackle HIV and COVID-19 together”的评论文章中写道,无法将COVID-19疫苗提供给不受控制的晚期HIV感染率高的国家,可能会导致SARS-CoV-2新变体的出现。他们敦促全世界的政府、卫生部门和其他利益相关者对COVID-19和HIV/AIDS之间的相互作用给予更多关注。 在全世界3770万HIV感染者中,撒哈拉以南非洲地区占了三分之二(约2500万人)。这些人中约有800万人没有接受有效的抗逆转录病毒治疗(ART)。在COVID-19疫苗推广之前的研究表明,HIV感染者死于COVID-19的可能性要高出30%~50%。此外,一些病例研究表明,在未受控制的晚期HIV高发国家,如果不能解决COVID-19问题,可能会推动出现一种“甚至比Delta变体更具传播性”的变体,或者一种使目前的COVID-19疫苗变得不那么有效的变体。 Msomi、Lessells及其同事们呼吁高收入国家和COVAX等多边倡议重新作出承诺,支持国家之间的疫苗公平分配;填补关于这两种疾病相互作用的科学知识差距;加强被COVID-19大流行破坏的HIV治疗和护理计划;以及整合关于HIV和COVID-19的医疗服务。 他们认为,“如果同时治疗这两种疾病,并通过从这两种疾病中吸取的教训加强公共卫生对策,就可能更有效地遏制这两种疾病。” 他们指出,引起对SARS-CoV-2和HIV之间相互作用的关注的一个主要风险是增加对HIV感染者的污名化。然而,他们争辩说,“政府保护其公民的最佳方式不是进一步羞辱那些感染了HIV的人,而是通过迅速提供疫苗来保护世界上最脆弱的人群。” 参考资料: Nokukhanya Msomi et al. Africa: tackle HIV and COVID-19 together. Nature, 2021, doi:10.1038/d41586-021-03546-8.