《SARS-CoV-2变异株在晚期HIV感染中的快速出现和进化》

• 来源专题：新发突发传染病
• 编译者： 张玢
• 发布时间：2024-01-07
• 原文来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.05.574420v1

之前的研究已经将严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的基因变异与免疫受损人群中持续感染联系起来，但这些观察到的演变过程尚未完全理解。在这项研究中，使用高通量单基因组扩增和测序（HT-SGS）技术，从22名HIV阳性（PWH）和25名HIV阴性（PWOH）的184个呼吸样本中获得了约103个SARS-CoV-2刺突蛋白基因序列。22名PWH中有12名患有晚期HIV感染，其外周血CD4 T细胞计数（即CD4计数）<200细胞/μL。在CD4计数≥200细胞/μL的PWOH和PWH中，每个人的大多数单基因组刺突蛋白序列匹配了一种在感染过程中占主导地位的单倍型。相比之下，晚期HIV感染者显示出较高的宿主内刺突蛋白多样性，每人平均有46个单倍型（IQR 14-114）。COVID-19症状发作后宿主内刺突蛋白多样性的增加预示着PWH的SARS-CoV-2 RNA持续时间更长，而此时刻的宿主内刺突蛋白多样性在晚期HIV感染者中明显高于PWOH。在晚期HIV感染者中，刺突蛋白序列群体的组成会随时间迅速波动，初始序列经常被一组新的单倍型所取代。这些群体级别的变化与宿主内突变的高总负担和功能重要残基的正选择有关。在几种情况中，延迟出现可检测的刺突蛋白血清结合与假定的抗体逃逸突变的正选择相关。综上所述，研究发现显示了晚期HIV感染中SARS-CoV-2的显著宿主内遗传多样性，并暗示这种环境中SARS-CoV-2的适应性宿主内演变可能导致新的关注变异体（VOCs）的出现。