西瓜是一种在日本已种植了至少2000年的水果或蔬菜。为了更好的理解西瓜在岛国的进化过程,我们测量种子的大小,确定135年的细胞质基因型现代瓜登记入册以及从考古遗址考究在日本2000年的时期的12代古代瓜子。基于种子长度的差异,瓜子的数量仍然在Shikata site (日本冈山地区),由种子类型对应的现代亚洲东部和南部瓜组成。尽管集中类型的瓜子在Shikata site附件发现,只有Agrestis-type种子,< 6.1毫米长,发现有1CE的瓜群。内部瓜群的长度在1050CE到1680CE之间。考古古代DNA瓜是在叶绿体基因组单核苷酸多态性分析。这些显示细胞质类型异构由Ia和Ib类型瓜群在公元1600年之前组成,经过遗传侵蚀,此后成为同质的Ib,不在现代流行日本甜瓜登记入册。减少变异的种子长度和细胞质类型与历史记录表明。在过去的1000年里人工选择加剧了日本西瓜的水果特点。