快速、可靠地检测利福平（RIF）耐药性对耐药性和耐多药性（MDR）结核病的诊断和治疗至关重要。不一致的RIF表型/基因型易感性结果仍然是一个挑战，因为rpoB突变的存在并不能带来高水平的RIF耐药性，如Ser450Leu等突变株所显示的那样。与完全敏感菌株相比，这些菌株被称为低水平RIF耐药菌株，表现出较高的RIF MICs，但通过分枝杆菌生长指示管（MGIT）检测仍表现出表型敏感性，并与患者预后不良相关。研究人员通过全基因组测序（WGS）在一组1779株前瞻性试验菌株中评估RIF耐药性预测，包括rpoB基因突变的流行率和表型，作为2.5年内常规临床试验的一部分。在此期间，发现139株菌株具有非同义rpoB突变，其中53株与RIF耐药相关，包括低水平和高水平耐药。43株（81.1%）菌株对RIF（MGIT为1.0μg/ml）产生了耐药性。其余10株（18.9%）对MGIT敏感，但通过MIC检测证实为低水平RIF耐药性。完整的rpoB基因测序克服了临界浓度分型、探针分型和部分基因测序方法的局限性。通用的临床WGS与同时的表型测试提供了对rpoB患病率和类型更完整的了解 突变及其与纽约RIF耐药性的关系。同时进行表型检测的通用临床WGS提供了对纽约rpoB突变的流行率和类型及其与RIF耐药性的关联的更全面的了解。
