多国爆发的肠沙门氏菌肠亚种伤寒血清型Agona(S. Agona)正在欧盟(EU)进行调查,回顾性地追溯到2014年的病例。总共有5个欧盟国家报道了147例爆发病例,即丹麦,芬兰,德国,爱尔兰和英国。
首次使用全基因组测序(WGS)在英国检测到疾病爆发。来自五个国家所有S. Agona分离株在遗传上都十分接近,通过使用ECDC Enterobase pipeline的核心基因组多位点序列分型方案(cgMLST)分析,来自其他任何单一分离物的最大差异为2个等位基因。
在英国检测到的2018年的17种S. Agona食品分离物被发现与人类菌株具有密切遗传相关性。食品分离物来自在洗涤前后处理过程中采样的黄瓜(11种分离物)和即食(RTE)含有黄瓜的食品(6种分离物)。受污染的食品分离物在英国由A公司和C公司工厂拥有的四家工厂取样。