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《Lancet：北京近期未出现新的新冠病毒变异株》

  • 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
  • 编译者： 蒋君
  • 发布时间：2023-03-02

  • 2023年2月8日，北京疾病预防控制中心的研究人员在Lancet上发表了题为“Characterisation of SARS-CoV-2 variants in Beijing during 2022: an epidemiological and phylogenetic analysis”的研究论文，利用流行病学和系统发育分析阐明了北京新冠病毒变异特征。

    研究人员收集了过去3年北京输入和本地病例的呼吸道样本，共获得2994个完整的新冠病毒基因组序列。2022年11月14日至12月20日期间采集到413个样本，包括350个本地病例和63个输入病例，在此期间BA.5.2和BF.7感染人数增加，占本地病例的90%。所有基因组都属于现有的123个PANGO遗传谱系（PANGO lineage），表明没有持久的显性变异或新的谱系。综上所述，自2022年11月14日以来，BF.7和BA.5.2在北京爆发，没有证据表明出现了新的变异株。由于频繁的人口流动和高传播性流行毒株的存在，这些结果可被认为是中国的一个缩影。

  • 原文来源：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36773619/
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相关报告

  • 《法国发现新冠病毒新变异毒株》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2021-04-01
    • 法国巴黎近郊克雷泰伊市亨利·蒙多尔医院近期发现一种新的新冠病毒变异毒株（暂命名HMN.19B），并已在法国活跃传播。3月30日发表在《新发传染病杂志》的论文指出，新变异毒株位于S蛋白的多个突变有可能使其具有更强的传染性和抵抗疫苗的能力。 　　巴黎公立医院集团在30日发布的新闻稿中称，亨利·蒙多尔医院于2月底对4例院内群聚感染样本进行基因测序，发现了新的变异毒株。4人中有2人曾在2020年10月确诊感染新冠病毒，另有1人已接种第一剂新冠疫苗。这种暂被媒体称为“亨利·蒙多尔”的变异毒株出现了18处突变和2个氨基酸缺失，其中7—8处突变发生在新冠病毒的关键位置S蛋白上。 　　新变种S蛋白突变（20I/501Y.V1）可能与传染性增加有关，另外S蛋白突变（N501Y、L452R和H655Y）已被证明需要更高水平的抗体才能中和。发现该变异毒株的病毒学教授让·米歇尔·波洛茨基表示，该变异毒株有2处突变值得特别关注，一个是“501Y”突变，可能增强病毒的传染性；另一个是“452”位置发生突变，有可能降低病毒对疫苗的敏感性。 　　目前确诊的“亨利·蒙多尔”变异毒株感染病例并未表现出比普通新冠病例更严重的临床特征，但让研究人员警惕的是，该变异毒株已在全法范围内开始传播。截至3月初，“亨利·蒙多尔”变异毒株已迅速占到法国确诊病例的2%。与此同时，在英国发现的变异毒株（B.1.1.7）占比达63%，南非发现的变异毒株（B.1.351）占5.3%。 　　法国卫生当局正密切监视新变异株在法的传播情况。亨利·蒙多尔医院也已开展研究，特别关注该变异株能在多大程度上抵抗疫苗。 　　法国疫情近期持续加剧，累计确诊人数跃居全球第四。截至3月29日，B.1.1.7变异毒株占法国新确诊病例超过80%。全法重症监护患者达到5072人，超过2020年秋季的第二波疫情数据。
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  • 《研究显示，北京新冠疫情爆发期间未出现新变种》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2023-02-13
    • COVID-19 大流行已经持续了近 3 年，目前仍然是一个全球关注的热点话题。鉴于新冠病毒的广泛传播和不断演变，全球出现了众多变种，比如 alpha (B.1.1.7)、beta (B.1.351)、gamma (P.1)、delta (B.1.617.2)、omicron (B.1.1.529) 等。其中，Omicron 最早在南非被发现，增加的高传播力使其迅速成为全球范围内的优势毒株。   2022 年 12 月之前，中国采取了与其他国家不同的应对策略，从 2020 年的武汉封城到动态清零政策，精准防控，阻止了新冠病毒的传播。随着 Omicron 亚变体致病性的减弱、疫苗接种的普及和防控经验的积累，2022 年 11 月中旬，中国调整和优化了预防和控制策略。   中国在调整防控政策后，疫情在中国的快速传播引起了世界的关注，并引发了人们对此次疫情是否会驱动新 SARS-CoV-2 变体出现的担忧。因此，对流行的 SARS-CoV-2 变体进行全面的时空研究，对于全球应对当前的 COVID-19 大流行至关重要。北京拥有常住人口 2100 万，在政策调整后初期成为中国病例数最多的城市之一。因此，北京 SARS-CoV-2 变种的流行可以被视为中国的一个缩影。   2023 年 2 月 8 日，北京疾控中心副主任王全意团队联合高福院士团队在国际权威医学期刊《柳叶刀》发表了题为：Characterisation of SARS-CoV-2 variants in Beijing during 2022: an epidemiological and phylogenetic analysis 的论文，全面描述了 2022 年收集的高质量 SARS-CoV-2 全基因组序列的流行病学和系统发育特征，并特别报道分析了政策调整后 SARS-CoV-2 的基因组特征，为北京市疫情提供了重要信息。   其中，从 2022 年 11 月 14 日到 12 月 20 日获得的 413 个 COVID-19 感染样本的基因组测序分析结果表明，所有病例均由现有毒株引起，北京地区 90% 以上的本地感染病例涉及 Omicron 变异株 BA.5.2 和 BF.7，没有持续的显性变异或新的谱系产生。 2022 年 1 月 1 日至 11 月 30 日，北京市共监测到 39007 例本地病例，5 岁以下和 60 岁以上的个体占 663 人  (1.70%)。由于战略调整，自 11 月 14 日起，感染人数明显增加，因此，当地 11 月 30 日至 12 月 28 日的准确感染人数是未知的，只能通过统计推断得到。   北京市 2022 年检测到的本地和输入性病例中，实验室确诊病例共计 3745 例，本研究从中随机选取病例进行基因组测序，共获得 2994 个完整的 SARS-CoV-2 基因组，其中 2881 个是高质量基因组，可用于进一步分析。这些序列的采样时间跨度为全年，采样地点覆盖了北京市全部 17 个区。   详细的分析表明，这些毒株来自 10 个演化支和 123 个 Pango lineage。与本地病例相比，输入性病例的分支范围更广。不过，在所分析的数据集中没有发现新的 Pango lineage。此外，他们还发现了少量先前报道的重组 SARS-CoV-2 亚变体 XBB (n = 1)，XBB.1 (n = 9) 和 XBB.2 (n = 1)。从全年的角度来看，来自支系 21L (BA.2.2.1) 和 22B/Omicron (BF.7 和 BA.5.2) 在 2022 年期间主导了北京的流行感染。但 2022 年 11 月中旬之后，22B 在北京成为绝对主导流行毒株。 自 2022 年 11 月 14 日起，北京市新增确诊病例大幅增加，共检测确诊病例 413 例，其中本地病例 350 例，境外输入病例 63 例。在这些本地病例中，BF.7 占 265 株  (75.71%)，成为 11 月 14 日以后的优势菌株，BA.5.2（16.29%）和 BA.5.1（7.71%）分列第二和第三。   他们进一步将本地感染分为门诊患者和住院患者，发现两组中优势菌株均为 BF.7，这与局部感染总体一致，门诊患者与住院患者的病毒株比例差异无统计学意义。   因此，在中国取消最严格的疫情控制政策期间，对北京 413 例新感染 COVID-19 病例的基因组分析表明，所有病例都是由现有菌株引起的，并未出现新的变异株。 进一步的系统动力学分析表明，BA.5.2 和 BF.7 的有效群体大小在 2022 年 11 月 14 日之后经历了扩张，这表明这两个毒株的遗传多样性有所增加。不过，BA.5.2 和 BF.7 的扩张模式不同，BA.5.2 有效种群规模在 11 月 14 日至 25 日期间变化不大，但在 11 月 25 日前后急剧增加；而 BF.7 的增加却是渐进式的。北京市 BA.5.2 有效种群规模的突然扩大与 11 月 30 日前后 BA.5.2 感染数量的增加是一致的。此外，在最近的疫情中，他们没有发现任何新的 SARS-CoV-2 变种在北京传播。 综上所述，在本研究中，他们报告了 2022 年北京地区 COVID-19 病例和 SARS-CoV-2 变体的传播趋势。流行病学调查和系统发育分析表明，本地和输入性感染在谱系分布上存在显著差异。2023 年 11 月 14 日至 12 月 20 日，BF.7 和 BA.5.2 在北京本地感染中占主导地位，没有发现新的 SARS-CoV-2 变种在北京传播。在同一时期，在国际上占主导地位的新冠病毒变体，包括 XBB 和 BQ.1，均未在北京市本地感染病例中检出。总的来说，该研究可以被认为是中国的一个缩影，因为中国的人口交流频繁，而且流行的菌株具有很高的传播性。   该研究共同通讯作者、中国科学院微生物研究所高福院士说到：「考虑到变异对大流行过程的影响，检测在中国最近改变 COVID-19 防控政策后是否出现了新的变异很重要。我们的分析表明，两个已知的 Omicron 变异株亚分支，而不是任何新的变异株，是北京病例数激增的主要原因，这种现象也很可能反映了整个中国的状态。然而，随着 COVID-19 在中国的大规模传播，继续密切监测是非常重要的，以便尽早发现任何可能出现的新变体。」   在同期的评论性文章中，泰伦博斯大学医学与健康科学学院 Wolfgang Preiser 教授和 Tongai Maponga 博士写道：「很高兴看到来自中国的这些急需的数据。令人欣慰的是，这项研究没有发现新变异的证据，但这并不令人惊讶，前期有效的疫情控制措施的突然停止充分解释了这种激增。」 然而，他们仍然指出，在根据北京的数据对中国整体得出结论时要谨慎，他们提到：「在一个幅员辽阔、人口稠密的国家的一个地区发生的 SARS-CoV-2 分子流行病学并不能外推到整个国家。在中国的其他地区，其他的进化动态可能会展开，可能包括被人类感染的动物物种，最终很有可能进一步造成病毒的进化和『回溢』。因此，严密的检测仍然是必须持续进行的。」
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