当我们想到开放科学时，会立即想到共享各种各样的研究产品，如数据、代码、方法和试剂。更重要的是，开放科学是关于根据长期确立的准则进行和传播科学的整个过程。开放性是科学事业的核心。科学家们采用开放的做法，允许协作和严格审查，以便为共同利益验证和建立知识。出版过程应该是确保这些规范得到维护的核心要素。PLOS在论文提交和同行评审过程中做出了一些改变，以促进开放科学，探索新的可能性。
1、构建开放进程基础
（1）从预印本开始
PLOS在提交过程中引入了一个新步骤：询问作者是否存储了预印本，如果他们没有，PLOS愿意代表他们这样做。PLOS已经与bioRxiv合作，在对预印本进行筛选后，将其存储起来，以确保它们在主题范围内，并且没有道德问题或敏感信息。
当手稿被提交而不是被发表时，对其进行开放会让研究人员感到谨慎，但确实提供了许多好处。预印本为合作创造了机会，并帮助研究人员在论文发表前展示他们的工作，这对于那些需要展示论文、寻求工作或申请资助的人来说尤为重要。发布预印本会引起同行评议文章的更多关注和引用。目前，PLOS近20%的手稿在提交时有预印本，相比之下，PubMed中只有3%；一些社区特别支持开放科学的这个举措，例如，超过50%的《PLOS计算生物学》（PLOS Computational Biology）提交稿件是预印本。
（2）发布同行评审
同行评议在开放科学所特有的客观批判文化中占有重要地位。作者和审稿人之间的来回交流有助于验证声明并改进他们的报告，这是对作者和读者的一种服务。公开同行评审会增加这种交流的价值。审稿人和编辑为科学界提供了巨大的服务；出版同行评议历史（带有明确引用的DOI）是使这项活动得到认可和同行评议报告被视为一流学术成果的一个步骤。
2019年5月，PLOS推出了一个选项，供作者在发表文章的同时发布完整的同行评议历史。在初步实施中允许评审人保持匿名，并允许作者在同行评审结束时选择接受。实施6个月的结果表明，在所有期刊中平均有40%的作者选择了该方式，在某些学科中的选择率为60%-70%，55%的已发布同行评审包中至少有一位指定的评审人。
2、继续反思同行评审
尽管同行评审具有重要功能，但它仍不完善，面临着新的挑战，如仅靠2到3名审稿人就能评估复杂的跨学科手稿的各个方面。而在实践中，扩大审稿专家数量却很困难。此外，当一份手稿在期刊内经过多轮修订，或者更常见的是在不同期刊上经历连续的提交-评审-修订-拒绝周期时，该过程容易出现延迟和冗余。有了上述思考，PLOS开始尝试新的同行评议计划，如发布预印本和同行评议历史，并持续跟踪三项新举措的进展情况：
（1）从支持预印本的同行评审工作流到支持同行评审的预印本工作流
PLOS在稿件提交时提醒作者，当在他们的预印本上发表评论时，PLOS会请处理编辑注意。根据bioRxiv的调查，37%的受访者通过电子邮件收到了对预印本的评论。鉴于他们的评论可能有助于并加速同行评审，评论人将更愿意在bioRxiv上公开这些评论。评论不需要是全面的评论，但可能需要对具体方面的统计数据、方法、代码等进行相关检查。当我们向编辑提出更多样化的评论时，还需要指向twitter、PREView或preLights（两个提供预印本评论的第三方网站）上的评论，PLOS表示其将研究这种多样性对作者和编辑经验的影响。
（2）期刊独立同行评审，减少评审人负担
5家PLOS期刊正在参与评审共享，这是EMBO Press和ASAPbio提供的一项新服务，提供期刊独立同行评审。作者可以更好地选择期刊，所有参与的期刊都承诺使用该服务的评论来加快出版决策。作者还可以决定他们的手稿是否经过充分验证，并使用Review Commons的服务在bioRxiv上发布同行评审。
（3）同行评审实验计划
2020年，PLOS ONE宣布，他们将提供注册报告作为发布假设检验研究的选项。这类文章包括两个阶段的同行评议和后续出版，对于避免出版偏见尤为重要。通过将同行评审分为两个阶段，作者可以在开始调查之前获得对其初始研究计划的早期反馈，以制定一个稳健且可重复的研究设计，并且他们还可以得到保证，只要他们遵守研究方案，其结果就会在期刊上发表。注册报告提高了评估标准的透明度，最大限度地减少了偏见，并通过尽早揭示工作的关键阶段，帮助使整个研究过程更加公开。
