《开放科学是更好的科学》

  • 来源专题:科技期刊发展智库
  • 编译者: 孟美任
  • 发布时间:2023-10-23
  • 开放科学运动的核心是坚信开放科学是更好的科学——更严谨、更具包容性、更高效、更值得信赖、更可复制,对社会更有影响力。

    开放科学实践的各个方面(从开放方法和数据,到预印本,到ORCID和CRediT,再到开放同行评议)都是相辅相成的循环的一部分。每一个组成部分都相互配合,随着开放科学普及率的提高,效益也会增加,并不断向外扩展,重塑研究体系,最终产生更好的科学。

    PLOS的使命是引领这种变革。要实现这一目标,最好的办法就是让研究人员能够大规模地参与基本的开放科学实践,具体做法如下:(1)提供符合研究人员以及公众目标和优先事项的开放科学选项;(2)消除障碍,提升所有研究人员使用开放科学的机会。

    PLOS于2003年推出PLOS Biology,帮助证明了开放获取期刊的可行性,并于2009年推出PLOS ONE,让更多研究人员能够实现开放获取。2014年,PLOS首创数据可用性政策重新设定了整个行业的数据共享标准。简化预印本合作方式减轻研究人员的行政负担,使早期共享正常化,并增加了对新科学的获取能力。

    为了更好地了解研究人员的需求,激励开放实践以提高研究质量和可靠性,并增加对开放出版选项的访问。PLOS对现阶段的工作进行总结如下:

    开放科学指标(OSIs)

    为了提高开放科学实践的普及率,我们需要能够可靠地衡量开放科学实践。开放科学指标(OSIs)使用自然语言处理技术识别和量化已发表文献中的开放科学行为,并比较不同学科、地区和其他因素的生成率和使用率从而能够更好地了解和满足研究人员的需求;通过公开数据集,希望也能支持PLOS以外的研究工作。目前,OSI数据集包括数据共享、代码共享和预印本,未来将纳入更多指标。

    可获取的数据

    读者依靠原始科学数据来理解、验证、复制和再分析,并为未来的调研、系统综述和荟萃分析提供信息。但研究人员只有知道数据的存在,才能获取和使用数据。PLOS的“可访问数据”功能是一项试验性功能,它提高了PLOS论文页面上关联数据的可见度。通过这种方式突出显示可公开获取的数据,促进数据的获取和再利用,节省读者在线搜索公共数据的时间。在第一年取得成功后,"可访问数据"功能最近从最初的三台服务器扩展到九台。

    超越文章处理费

    文章处理费(Article Processing Charges, APC)证明了开放获取的可行性。但是,APCs也具有排斥性和不公平性;对作者来说负担沉重,对出版商来说管理起来费时费力;而且往往会产生以量取胜的激励机制。PLOS正在超越 APCs,采用新的资助模式,更公平地分配出版成本,减少每个人的支出,包括社区行动出版和机构协议。

相关报告
  • 《STM加入开放科学年》

    • 来源专题:科技期刊发展智库
    • 编译者:唐果媛
    • 发布时间:2023-10-23
    • STM的使命是推动可信和开放的研究,使得研究人员和社会的其他成员可以永远依赖可信、可访问、可链接和可检索的信息。2023年7月26日,STM根据该使命加入了美国联邦机构、组织和大学的联盟,以支持开放科学年和NASA的开放科学转型倡议。作为联盟的一部分,STM和其他成员组织致力于转变科学文化,强调研究的开放性和包容性。 STM首席执行官卡罗琳·萨顿(Caroline Sutton)表示,“开放科学年是一种促进行动的绝佳方式,确保报道最新发现的经过验证的高质量文章能够广泛用于帮助社会,并与相关数据和其他成果相链接” “STM及其成员一直是利益相关者(包括联邦机构)的重要合作伙伴,共同在提供高质量、经过验证的信息方面推动创新。通过开放科学年,STM期待有机会与联邦机构合作,以支持和可持续的方式实现共享”。 1、STM对这一倡议的四个主要承诺。 第一个承诺:与联邦机构和其他利益相关者合作,支持开放获取的可持续途径。STM及其成员致力于提供使研究人员能够选择开放访问的选项,通过STM OA仪表板监测开放访问的接受情况,并与其他利益相关者合作,确保开放获取工作的途径。在2023年,STM将继续与利益相关者合作,通过公众评论和参与、召集和主办活动以及对话,寻找推动大规模开放科学的解决方案。STM还将努力收集和共享有关开放获取环境的信息,这些信息将有助于制定政策。 第二个承诺:继续努力保护开放学术记录的完整性和可信性。随着技术的发展,共享的内容越来越多,出版商致力于加快信息传播,但同时也带来了新的风险。STM及其成员出版商将继续投资于对开放和可信的学术交流至关重要的技术和措施。通过STM诚信中心(STM Integrity Hub),STM正开展一项协作和包容的研究,提出创新的复杂方法,以阻止欺诈性研究进入学术记录,同时保持长期以来一直是学术出版系统基石的信任。在2023年春季,STM诚信中心推出了新的论文检测工具的最小可行产品,使出版商能够对提交的手稿进行筛查,以查看是否存在表明其来自论文工厂的迹象。 第三个承诺:通过STM的研究数据倡议改进研究数据共享。研究数据在推动学术研究方面发挥着重要作用。通过协作、创新以及共享政策和实践,出版商与研究人员、其他出版商和利益相关者合作,确保数据的共享,使其变得“FAIR”(可找到、可访问、可互操作和可重复使用),并且与出版物一起进行链接、引用和使用,以提高完整性。STM的研究数据计划支持出版商实施数据共享政策,通过连同出版物附加共享、链接和引用数据,确保研究数据的可访问性和可重复性,并确定研究数据在更广泛的研究生态系统中的作用。STM还正在与研究社区中的其他人,包括资助者、机构和数据存储库等合作,共同努力支持数据共享、链接和引用。 第四个承诺:绘制开放式研究基础设施的地图,以识别差距并寻求机会改进链接和可发现性。《STM趋势2026》表明,出版商需要共同努力实现规模化的开放获取,共同支持学术交流的基础设施,这对实现共同目标至关重要。了解开放研究基础设施对于研究人员轻松地发布、发现和阅读学术著作,以及依赖已发表研究的质量、完整性和可信性至关重要。 2、STM的立场如何在行动中体现? (1)STM将与利益相关者合作,创建可持续的途径,确保作者能够将他们的正式版本开放获取。 ●原因:①当通过同行评审和出版过程各个阶段的最终文章立即对所有人开放时,知识创造、发现和共享是最好的。②正式版本(VoR)是经过同行评审和出版过程所有阶段的审核后最彻底的研究出版物版本。我们从作者的反馈中了解到,他们更喜欢VoR的开放获取。VoR的一个关键特点是,它是未来任何更正(修订版本)或增强(增强版本)版本所依据的版本。 ●措施:①通过敦促资助者和机构与出版商合作,使研究人员选择金色开放获取(Gold OA)以实现对VoR的开放获取。②通过STM OA仪表板监测不同开放获取途径的使用情况。 (2)STM将参与并促进学术社区和利益相关者的合作,以确保研究的诚信。 ●原因:研究诚信是一个需要整个学术社区参与维护的问题。 ●措施:①通过开发标准、工具和解决方案来提高和确保出版物的完整性--无论访问模式如何。②通过让全球范围内的利益相关者参与进来,定义和建设所需的关键基础设施,以支持规模化的开放和可信的学术交流。 (3)STM将继续在技术、系统和实践方面进行创新和投资,以实现卓越和诚信。 ●原因:随着包括学术记录的研究语料库不断增长,这种创新和投资只会变得更加重要。 ●措施:出版商在同行评审出版流程的运营、学术记录的管理和保护方面进行了大量投资,以支持规模化。 (4)STM不支持保留权策略(Rights Retention Strategies)或无需时滞期的绿色开放获取(Green OA)。 ●原因:①这些做法削弱了他们所依赖的订阅模式,并可能带来潜在的意想不到的后果。②对于大多数STM出版商来说,促进立即开放获取,且没有时滞期的开放获取模式是不可行的。 (5)STM将继续支持采用开放研究实践,包括对其他研究成果(最终版文章之外)的开放共享。 ●原因:这将增强最终版文章的信任和诚信,并加速发现。 ●措施:STM致力于召集并与利益相关者合作,进一步推动开放研究实践,创建一个关联、互操作、稳健且值得信赖的学术记录,其中包括预印本、研究数据、协议、代码等。所有这些研究输出都在学术记录中发挥着作用,与正式版本并列。
  • 《为开放科学服务的同行评审》

    • 来源专题:科技期刊发展智库
    • 编译者:李涵霄
    • 发布时间:2022-10-19
    •   当我们想到开放科学时,会立即想到共享各种各样的研究产品,如数据、代码、方法和试剂。更重要的是,开放科学是关于根据长期确立的准则进行和传播科学的整个过程。开放性是科学事业的核心。科学家们采用开放的做法,允许协作和严格审查,以便为共同利益验证和建立知识。出版过程应该是确保这些规范得到维护的核心要素。PLOS在论文提交和同行评审过程中做出了一些改变,以促进开放科学,探索新的可能性。 1、构建开放进程基础 (1)从预印本开始   PLOS在提交过程中引入了一个新步骤:询问作者是否存储了预印本,如果他们没有,PLOS愿意代表他们这样做。PLOS已经与bioRxiv合作,在对预印本进行筛选后,将其存储起来,以确保它们在主题范围内,并且没有道德问题或敏感信息。   当手稿被提交而不是被发表时,对其进行开放会让研究人员感到谨慎,但确实提供了许多好处。预印本为合作创造了机会,并帮助研究人员在论文发表前展示他们的工作,这对于那些需要展示论文、寻求工作或申请资助的人来说尤为重要。发布预印本会引起同行评议文章的更多关注和引用。目前,PLOS近20%的手稿在提交时有预印本,相比之下,PubMed中只有3%;一些社区特别支持开放科学的这个举措,例如,超过50%的《PLOS计算生物学》(PLOS Computational Biology)提交稿件是预印本。 (2)发布同行评审   同行评议在开放科学所特有的客观批判文化中占有重要地位。作者和审稿人之间的来回交流有助于验证声明并改进他们的报告,这是对作者和读者的一种服务。公开同行评审会增加这种交流的价值。审稿人和编辑为科学界提供了巨大的服务;出版同行评议历史(带有明确引用的DOI)是使这项活动得到认可和同行评议报告被视为一流学术成果的一个步骤。   2019年5月,PLOS推出了一个选项,供作者在发表文章的同时发布完整的同行评议历史。在初步实施中允许评审人保持匿名,并允许作者在同行评审结束时选择接受。实施6个月的结果表明,在所有期刊中平均有40%的作者选择了该方式,在某些学科中的选择率为60%-70%,55%的已发布同行评审包中至少有一位指定的评审人。 2、继续反思同行评审   尽管同行评审具有重要功能,但它仍不完善,面临着新的挑战,如仅靠2到3名审稿人就能评估复杂的跨学科手稿的各个方面。而在实践中,扩大审稿专家数量却很困难。此外,当一份手稿在期刊内经过多轮修订,或者更常见的是在不同期刊上经历连续的提交-评审-修订-拒绝周期时,该过程容易出现延迟和冗余。有了上述思考,PLOS开始尝试新的同行评议计划,如发布预印本和同行评议历史,并持续跟踪三项新举措的进展情况: (1)从支持预印本的同行评审工作流到支持同行评审的预印本工作流   PLOS在稿件提交时提醒作者,当在他们的预印本上发表评论时,PLOS会请处理编辑注意。根据bioRxiv的调查,37%的受访者通过电子邮件收到了对预印本的评论。鉴于他们的评论可能有助于并加速同行评审,评论人将更愿意在bioRxiv上公开这些评论。评论不需要是全面的评论,但可能需要对具体方面的统计数据、方法、代码等进行相关检查。当我们向编辑提出更多样化的评论时,还需要指向twitter、PREView或preLights(两个提供预印本评论的第三方网站)上的评论,PLOS表示其将研究这种多样性对作者和编辑经验的影响。 (2)期刊独立同行评审,减少评审人负担   5家PLOS期刊正在参与评审共享,这是EMBO Press和ASAPbio提供的一项新服务,提供期刊独立同行评审。作者可以更好地选择期刊,所有参与的期刊都承诺使用该服务的评论来加快出版决策。作者还可以决定他们的手稿是否经过充分验证,并使用Review Commons的服务在bioRxiv上发布同行评审。 (3)同行评审实验计划   2020年,PLOS ONE宣布,他们将提供注册报告作为发布假设检验研究的选项。这类文章包括两个阶段的同行评议和后续出版,对于避免出版偏见尤为重要。通过将同行评审分为两个阶段,作者可以在开始调查之前获得对其初始研究计划的早期反馈,以制定一个稳健且可重复的研究设计,并且他们还可以得到保证,只要他们遵守研究方案,其结果就会在期刊上发表。注册报告提高了评估标准的透明度,最大限度地减少了偏见,并通过尽早揭示工作的关键阶段,帮助使整个研究过程更加公开。