开放科学是开放获取（OA）出版的核心。根据联合国教科文组织的定义，“开放科学是一项让所有人都可以访问科学研究和数据的运动。它包括出版开放科学研究、开展开放获取运动，以及通常使科学知识更容易发布和交流等实践。此外，它还包括其他使科学在研究过程中更透明和更容易访问的方法。这包括开放电子书科学、公民科学、开源软件和众筹研究项目。” 联合国教科文组织接着定义了这一运动的4个主要优势：①公共资助科学研究产出的可用性和可获得性更高；②严格同行评审流程的可能性；③提高科学作品的再现性和透明度；④科学研究的影响更大。开放式同行评审旨在促进此处规定的“严格同行评审流程”，它确保通过开放获取发布的科学在被共享之前经过彻底审查和科学判断是有效的。
作为开放科学运动的支持者，MDPI鼓励开放同行评审过程，并认为，开放同行评审为整个科学界带来了实质性的好处，因为它有助于以透明的方式将科学研究纳入背景，并鼓励公开讨论新的发现。对于一个已经存在了至少30年的概念来说，“开放式同行评审”一词并没有一个普遍接受的定义。Tony Ross Hellauer指出，“虽然对一些人来说，这个词是指作者和审稿人的身份相互公开的同行评议，但对其他人来说，它表示审稿人报告与文章一起发布。” MDPI主要使用这个广泛定义的一个变体，即从传统的同行评审流程开始（封闭式），然后发布评审报告（在某些情况下，包括评审员的身份），以及作者的回复和文章。
MDPI认为，在同行评议过程中赋予更多开放性的一个好处是可以带来更大的透明度和信任，为科学界提供了了解编辑决策过程的窗口。透明度是科学的基本支柱之一。开放式同行评审为研究人员提供了一个机会，让他们有一个完全透明的过程来指导他们的工作评估。将评论员的报告与文章一起发表，也有助于将研究纳入背景，并让读者从其他专家意见中受益。同行评议过程的透明度提高也会导致更具建设性的同行评议。它鼓励高质量的评论，总体上提高了评论和文章本身的整体质量。评审人的信誉是另一个主要好处。审查提交的论文既费时又费力，而开放式同行评审可以让评审人员为他们的工作赢得信任。它还以反馈的形式向作者提供见解。
2014年，《生活》（Life）杂志率先为其作者提供了这一机会。第一篇公开发表的同行评议报告是诺贝尔奖获得者沃纳·阿伯的评议，评审报告作为评审的补充材料出版。同年，这项倡议扩展到了14种期刊。到2018年，在整个MDPI组合中，提交的论文均可以选择开放式同行评审。在MDPI期刊上发表的作者可以选择发表评审报告和作者对已发表论文的回应（公开报告）。审阅者可以选择将其姓名列在其发布的报告中（公开身份）。2020年，MDPI以开放式同行评议的方式发表了34,293篇文章，占当年发表文章总数的21%。然而，只有14,880份评审报告公开发表。这表明作者对完全透明的接受程度因学科而异。生物学和医学等特定领域的作者更可能欢迎这种开放性。2022年，《生物技术》（BioTech）、《欧洲烧伤杂志》（European Burn Journal ）、《发育生物学杂志》（Journal of Developmental Biology）、《肝脏》（Livers ）、《表观基因组》（Epigenomes）、《老年医学》（Geriatrics ）、《糖尿病学》（Diabetology）、《传染病报告》（Infectious Disease Reports）、《国际新生儿筛查杂志》（International Journal of Neonatal Screening）等期刊中有40%以上的文章以开放式同行评议的形式发表。然而，在物理科学等学科中，开放同行评审的比例要低得多。2021年MDPI在这一主题上的一些领先期刊，如《能源》（Energies）、《对称性》（Symmetry）、《数学》（Mathematics）等选择将文章与评审报告一起发表的不到5%。
未来，MDPI将继续鼓励作者选择开放式同行评审，也将对作者和评审人的偏好保持灵活性。MDPI的目标是提供尽可能最好的科学出版服务，并确保同行评审过程严格、透明，有利于整个科学界。
