《2022年PLOS在推进开放科学进程中取得了一系列成绩》

  • 来源专题:科技期刊发展智库
  • 编译者: 华宁
  • 发布时间:2023-02-20
  •   PLOS每年都在不断创新,为作者提供新的开放机会。虽然PLOS是一个出版商,但也肩负着改变学术生态系统的使命,而实现这一目标的最佳方式是通过开放科学产品和实践。PLOS在2022年的目标是围绕数据、方法(如代码和协议)以及预印本三个方面推进开放科学实践,特别是针对具有不同地域代表性的学科社区。

      PLOS与DataSeer展开合作,创建了一套开放科学指标,用来了解开放科学的实践情况。最近首次发布了该套开放科学指标的结果,并正在寻求社区对其开放科学发展的相关反馈。这些指标关注以下三个方面的开放科学实践:

      (1)数据共享。作为惠康基金会资助项目的一部分,PLOS正在试验旨在增加研究数据的共享和发现的解决方案。2022年早些时候,PLOS推出了一个解决方案,利用数据存储库实现数据共享以及数据与出版物的链接。这是一个部署在文章上的“可访问数据”的功能,该功能可以通过文章链接到几个数据存储库中的研究数据。这是对Dryad整合的补充,它允许PLOS Pathogens的作者在投稿系统中免费将数据存入Dryad存储库。

      (2)代码共享。PLOS Computational Biology实施了强制性代码共享政策,第一年结果显示自该政策出台以来,期刊的代码共享率达到86%。此外,PLOS发表了有关研究和支撑数据,以了解研究人员在代码共享和重用方面的需求和习惯,同时收集对原型代码的反馈,帮助出版商制定增加代码共享的策略。

      (3)预印本的发布。PLOS扩大了对预印本的承诺,在2022年可以向medRxiv发布预印本,在2023年初可以向EarthArXiv发布预印本。研究表明,预印本的早期分享与相应的同行评审出版物的关注度和引用率的增加有关。此外,通过参与“评审共享”(Review Commons),参与到不断发展的预印本审查工作中。目前,已经发表了150多篇通过这一倡议提交的文章,这使得审查过程更加有效,同时减轻了论文评审队伍的整体负担。

      在开放科学的其他方面进展包括:

      (1)2022年10月,PLOS分享了一项首次调查的结果,该调查旨在了解研究人员在分享详细方法信息(如协议)方面的做法和优先事项。同时还扩大了向《实验室协议》的作者提供的协议输入服务,他们现在可以在写作或评审过程的任何阶段,甚至在提交之前,免费在protocols.io上获得格式化分步协议的支持。

      (2)PLOS的期刊产品和开放科学的目标都确保了研究质量、严谨性和完整性是其决策的重点。例如:PLOS ONE和PLOS Biology与英国癌症研究中心合作,通过预注册提高癌症研究的质量和可重复性。预注册是指在实验和数据收集之前,将研究设计存入存储库(也可以选择提交给期刊进行同行评审)的做法。PLOS Biology目前已发表了两份注册报告,而PLOS ONE已经发表了17份注册报告。

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    • 开放科学运动的核心是坚信开放科学是更好的科学——更严谨、更具包容性、更高效、更值得信赖、更可复制,对社会更有影响力。 开放科学实践的各个方面(从开放方法和数据,到预印本,到ORCID和CRediT,再到开放同行评议)都是相辅相成的循环的一部分。每一个组成部分都相互配合,随着开放科学普及率的提高,效益也会增加,并不断向外扩展,重塑研究体系,最终产生更好的科学。 PLOS的使命是引领这种变革。要实现这一目标,最好的办法就是让研究人员能够大规模地参与基本的开放科学实践,具体做法如下:(1)提供符合研究人员以及公众目标和优先事项的开放科学选项;(2)消除障碍,提升所有研究人员使用开放科学的机会。 PLOS于2003年推出PLOS Biology,帮助证明了开放获取期刊的可行性,并于2009年推出PLOS ONE,让更多研究人员能够实现开放获取。2014年,PLOS首创数据可用性政策重新设定了整个行业的数据共享标准。简化预印本合作方式减轻研究人员的行政负担,使早期共享正常化,并增加了对新科学的获取能力。 为了更好地了解研究人员的需求,激励开放实践以提高研究质量和可靠性,并增加对开放出版选项的访问。PLOS对现阶段的工作进行总结如下: 开放科学指标(OSIs) 为了提高开放科学实践的普及率,我们需要能够可靠地衡量开放科学实践。开放科学指标(OSIs)使用自然语言处理技术识别和量化已发表文献中的开放科学行为,并比较不同学科、地区和其他因素的生成率和使用率从而能够更好地了解和满足研究人员的需求;通过公开数据集,希望也能支持PLOS以外的研究工作。目前,OSI数据集包括数据共享、代码共享和预印本,未来将纳入更多指标。 可获取的数据 读者依靠原始科学数据来理解、验证、复制和再分析,并为未来的调研、系统综述和荟萃分析提供信息。但研究人员只有知道数据的存在,才能获取和使用数据。PLOS的“可访问数据”功能是一项试验性功能,它提高了PLOS论文页面上关联数据的可见度。通过这种方式突出显示可公开获取的数据,促进数据的获取和再利用,节省读者在线搜索公共数据的时间。在第一年取得成功后,"可访问数据"功能最近从最初的三台服务器扩展到九台。 超越文章处理费 文章处理费(Article Processing Charges, APC)证明了开放获取的可行性。但是,APCs也具有排斥性和不公平性;对作者来说负担沉重,对出版商来说管理起来费时费力;而且往往会产生以量取胜的激励机制。PLOS正在超越 APCs,采用新的资助模式,更公平地分配出版成本,减少每个人的支出,包括社区行动出版和机构协议。
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    • 发布时间:2023-02-20
    •   2022年是GigaScience推出10周年。10年间,他们深入推动了开放科学和开放数据,并创建了数据存储库GigaDB。同时,GigaScience还推行了一系列活动如:遵循FAIR原则,推广预印本,并实施强制性的公开同行评审等。   (1)GigaByte获得ALPSP出版创新奖   GigaByte与RiverValley Technologies开展合作,逐步推进文章成为“活的文件”(living documents),并已实现了文章三种语言(英语、西班牙语和乌克兰语)版本的任意切换。基于此,GigaByte和RiverValley获得了2022年ALPSP出版创新奖,以表彰其在学术出版方面的贡献。   (2)关于10年进展的评论   作为10周年活动的一部分,GigaScience邀请了一系列评论以全面回顾10年来大规模研究的进展。开放科学已经获得了良好的发展势头,征集的评论反映了各个领域已经取得的成就和未来的发展方向。主题包括保护遗传学、神经信息学以及计算病理学等。   GigaScience的数据治理团队报告了GigaDB资源在数据量、数据可发现性和数据再利用方面保持持续增长,并讨论了数据管理在提高用户体验方面的作用。   数据应该开放的主要原因之一是让其他研究人员有机会在新的项目中重新使用这些信息,而且往往是在完全不同的研究背景下。“研究寄生虫奖”(以医学杂志上一篇有争议的社论命名)用以表彰那些通过使用现有数据集做出杰出贡献的科学家。   (3)GigaByte调动了超过50万条生物多样性记录   2022年的另一个亮点是与全球生物多样性信息设施(GBIF)合作,在GigaByte上发表了一系列关于人类疾病病媒的数据论文。这一系列论文得到了世界卫生组织主办的热带疾病研究和培训特别计划的支持。病媒传播的疾病占人类传染病病例的17%以上,但是与这些病媒有关的信息存在巨大缺口,这就产生了共享数据的基本需求,数据论文的出版是克服这一挑战的有效工具。   该论文集的第一组GigaByte论文调动了50多万条记录,以及来自50多个国家的67.5万个标本。该系列目前已经进入第二轮。   (4)机器学习时代已经到来   机器学习正在渗透到各个研究领域,GigaScience发表的一项研究旨在剖析机器学习模型在免疫学中的作用,特别是分析适应性免疫受体库。   随着机器学习相关论文数量的不断增加,GigaScience也提高了该类文章的标准,关注那些在可重复性和透明度方面遵循最佳实践的机器学习的相关工作,这意味着需要分享数据和开源代码。除了FAIR原则,GigaScience也将更加关注于专门针对机器学习领域的建议,如DOME-ML指南。   Gigascience和GigaByte致力于数据的透明性与开放性出版,机器学习技术将为期刊中的数据带来新的应用。在科学界和学术出版界,人工智能革命已经开始。