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《GigaScience出版社十年回顾：逐步地推动开放科学和开放数据》

  • 来源专题：科技期刊发展智库
  • 编译者： 董文杰
  • 发布时间：2023-02-20

  •   2022年是GigaScience推出10周年。10年间，他们深入推动了开放科学和开放数据，并创建了数据存储库GigaDB。同时，GigaScience还推行了一系列活动如：遵循FAIR原则，推广预印本，并实施强制性的公开同行评审等。

      (1)GigaByte获得ALPSP出版创新奖

      GigaByte与RiverValley Technologies开展合作，逐步推进文章成为“活的文件”(living documents)，并已实现了文章三种语言(英语、西班牙语和乌克兰语)版本的任意切换。基于此，GigaByte和RiverValley获得了2022年ALPSP出版创新奖，以表彰其在学术出版方面的贡献。

      (2)关于10年进展的评论

      作为10周年活动的一部分，GigaScience邀请了一系列评论以全面回顾10年来大规模研究的进展。开放科学已经获得了良好的发展势头，征集的评论反映了各个领域已经取得的成就和未来的发展方向。主题包括保护遗传学、神经信息学以及计算病理学等。

      GigaScience的数据治理团队报告了GigaDB资源在数据量、数据可发现性和数据再利用方面保持持续增长，并讨论了数据管理在提高用户体验方面的作用。

      数据应该开放的主要原因之一是让其他研究人员有机会在新的项目中重新使用这些信息，而且往往是在完全不同的研究背景下。“研究寄生虫奖”(以医学杂志上一篇有争议的社论命名)用以表彰那些通过使用现有数据集做出杰出贡献的科学家。

      (3)GigaByte调动了超过50万条生物多样性记录

      2022年的另一个亮点是与全球生物多样性信息设施(GBIF)合作，在GigaByte上发表了一系列关于人类疾病病媒的数据论文。这一系列论文得到了世界卫生组织主办的热带疾病研究和培训特别计划的支持。病媒传播的疾病占人类传染病病例的17%以上，但是与这些病媒有关的信息存在巨大缺口，这就产生了共享数据的基本需求，数据论文的出版是克服这一挑战的有效工具。

      该论文集的第一组GigaByte论文调动了50多万条记录，以及来自50多个国家的67.5万个标本。该系列目前已经进入第二轮。

      (4)机器学习时代已经到来

      机器学习正在渗透到各个研究领域，GigaScience发表的一项研究旨在剖析机器学习模型在免疫学中的作用，特别是分析适应性免疫受体库。

      随着机器学习相关论文数量的不断增加，GigaScience也提高了该类文章的标准，关注那些在可重复性和透明度方面遵循最佳实践的机器学习的相关工作，这意味着需要分享数据和开源代码。除了FAIR原则，GigaScience也将更加关注于专门针对机器学习领域的建议，如DOME-ML指南。

      Gigascience和GigaByte致力于数据的透明性与开放性出版，机器学习技术将为期刊中的数据带来新的应用。在科学界和学术出版界，人工智能革命已经开始。

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相关报告

  • 《EMBO出版社期刊将转为完全开放获取》
    • 来源专题：科技期刊发展智库
    • 编译者：?OA2020
    • 发布时间：2023-11-13
    • 2023年3月15日，EMBO宣布从2024年1月1日起，EMBO Journal和EMBO Reports将从鼓励开放出版转变为全面的开放出版。此外，在所有EMBO出版社期刊上发表的所有研究论文都将包括源数据以及数据可用性部分，鼓励数据和预印本引用。 EMBO主任Fiona Watt说:“随着其所有期刊完全转换为开放获取，EMBO在促进开放科学方面迈出了重要一步，这不仅有利于研究人员个人，也有利于机构和资助者。这一转变将有助于提高已发表研究成果的全球可发现性、透明度和可用性。” 通过这一举措，所有EMBO出版社的期刊都将遵循美国国立卫生研究院(NIH)、白宫科学技术政策办公室(OSTP)、欧洲研究委员会(ERC)、地平线欧洲和CoalitionS / PlanS的开放科学政策。世界各地的大学、研究机构和资助者越来越多地采用开放科学政策，以消除对获取公共资助数据和论文的限制。 发表在EMBO出版社期刊上的论文将在知识共享CC-BY许可协议下提供，该许可允许任何人重用、共享或基于出版物进行适当的引用。 科学出版主管Bernd Pulverer表示，“在过去十年中，EMBO出版社的期刊率先采取了关键的开放科学和透明度举措，其他期刊也采用了这些举措。我们在2018年前就开始鼓励开放获取，但完全开放获取和包含所有图表的源数据是我们向更大的开放科学愿景迈出的重要一步。我们意识到，高质量的出版服务可能会给那些尚未得到专门出版基金资助的作者带来相当大的成本。我们将确保EMBO Press期刊对所有作者都保持可访问性。” 来自EMBO出版社期刊的《分子系统生物学》（Molecular Systems Biology）作为世界上最早的OA期刊之一于2005年推出。2012年，EMBO Molecular Medicine 成为首批高选择性转化为完全OA的期刊之一。与洛克菲勒大学出版社和冷泉港实验室出版社联合出版的Life Science Alliance期刊于2019年成为开放获取期刊。 OA出版的费用由作者或作者的机构或资助者支付，他们需要在文章被接受发表之前支付文章处理费（APC）。EMBO出版社期刊的OA出版APC将在2023年底公布。 EMBO出版社自成立以来一直是科学出版领域的主要创新者。透明和协商性的同行评议政策支持了十多年来建设性和有效的同行评议:期刊会在每篇论文旁边全文刊登主审意见、作者回复和编辑决定信；审稿人被邀请在彼此的报告中发表评论，并在适当的情况下，编辑会在决策前考虑作者在审稿人报告中的意见并在修订期间给予支持。EMBO出版社期刊中的源数据通过免费服务来管理和注释。它可以通过EMBO SourceData平台直接搜索数据和实验，使论文及其数据更好地被查找。预印本同行评审平台Review Commons将审稿人报告与相应的预印本相关联，并促进同行评议预印本无缝转移至17个合作伙伴期刊，避免了反复的同行评议和再提交，提高了发表速度。 转载自公众号： OA2020 原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/rsmMpHhBbGX2Kmg78fuMHw （EMBO 出版社期刊将转为完全开放获取）
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  • 《回顾 2022 年，展望 Scholastica 的未来 10 年》
    • 来源专题：科技期刊发展智库
    • 编译者：张恬
    • 发布时间：2023-06-14
    •   一年前，我发文描述了Scholastica将在2022年达到一个重要里程碑——满10岁！该文章设想了2032年Scholastica会是什么样子：   我希望看到Scholastica帮助期刊出版内容，这些内容看起来和数字学术互动，具有十亿美元公司的水准，但成本却只有几分之一。   那么，2022年是如何帮助这个十年计划的呢？俗话说：“千里之行，始于足下”，以下是Scholastica在2022年采取的措施。 1 2022年的产品改进   Scholastica对产品进行了一系列更新，使各种规模的出版商能够通过收集和发布更丰富的元数据来提升他们的期刊出版计划。他们也可以利用行业标准的工具，以及整个平台的增强分析功能。 （1）轻松自定义提交表单以支持丰富的元数据收集   2022年，Scholastica升级了同行评审平台背后的基础设施，因此期刊可以更好地自定义他们的提交表单，以标准化收集他们需要的元数据。这使出版商更容易实现他们的发现和归档目标，并遵循最佳实践，如收集独特的机构和资助者标识符，要求版权转让协议，并要求伦理披露。定制提交表单很容易——期刊只需向Scholastica发送电子邮件，说明表单中应包括的内容，Scholastica团队就会为他们更新表格，不收取额外费用。 （2）加强数字优先的生产   Scholastica的生产服务为100多种期刊生产最终的PDF和XML文件，并且在2022年进行了改进，以提高PDF之间样式的一致性，并为XML文件输出到PubMed Central（PMC）、Silverchair、Crossref、DOAJ和Portico提供更强的支持。Scholastica还缩短其生产周期，因此可以在更短时间内准备好文章校样。 （3）相似性检查V2版的集成   Scholastica热爱Crossref的使命，在2022年，Scholastica采取措施支持了Crossref的其他服务，推出了相似性检查V2版（Similarity Check V2）集成，以帮助使用Scholastica的Crossref成员发现可能的剽窃情况。提交手稿后，用户可以直接在Scholastica中看到“相似度得分”，并点击链接访问Turnitin的完整相似度报告。 （4）增强读者洞察力   对于使用Scholastica OA出版平台托管期刊文章的190多家开放获取期刊而言，2022年Scholastica为他们带来了更精细的细节，即哪些社交媒体平台正在推动学者们访问他们的期刊。Scholastica还增加了一个整合功能，允许拥有Almetric付费账户的期刊在其由Scholastica托管的网站上添加Altmetric徽章。 2 2022年的社区   Scholastica乐于成为学术出版生态系统的一部分，以及成为众多多样化学术期刊出版方式的提供者之一。2022年Scholastica与许多组织进行了合作，包括： （1）客户   Scholastica与来自出版商的100多种期刊建立了新的合作关系，包括宾夕法尼亚大学出版社的期刊 Huntington Library Quarterly、美国视光学会、皮肤病学助理医师协会，以及麻省理工学院出版社的Journal of Climate Resilience & Climate Justice等。 （2）行业活动   2022年，Scholastica在NISO Plus、图书馆   出版论坛、学术出版协会（SSP）第44届年会、国际同行评审和科学出版大会以及国际管理和技术编辑学会(ISMTE)的2022年全球活动中进行了愉快的对话。 （3）Scholastica的团队   Scholastica团队中的大部分成员都在芝加哥，其余人在不同的州，在2022年持续的新冠疫情大流行和天气问题不利的情况下，Scholastica团队仍然做到了聚在一起共事。 3 展望未来   一年前，我认为可以通过强大的、负担得起的软件，使各种规模的期刊出版商能够“以数十亿美元的公司的水平，同时以一小部分成本”进行出版。但是，作为一个喜欢写代码并与人合伙创办了一家技术公司的人，其中有多少是由于我的偏见造成的？在Scholastica，我们热衷于构建软件，并倾向于从软件的角度来考虑解决方案。但我知道，软件并不是解决所有期刊出版挑战的万能药。正如我在2018年写的那样：   我认为我们可以有把握地说，工具不再是一个主要的挑战——钱和人才是。   以非常高的专业水平进行出版，传统上需要花费很多人的时间和/或很多钱，这就是为什么对Scholastica来说，它不仅仅是建立软件，它是关于在可负担性、易用性和强大结果之间的最佳平衡点构建软件。我认为我们可以通过使学术期刊出版变得更容易，通过削减技术性很强或很耗时的部分，使任何规模的出版商都能成功地运营一个高质量的出版项目，从而使学术期刊出版民主化。   那么，我们如何做到这一点？Scholastica的下一步旅程是什么？我对2023年（及以后）有一些想法： （1）元数据的充实   在我们的元数据发展路线图上还有一些唾手可得的成果，包括ROR、CRediT和ORCID验证，所有这些都将使出版商更容易收集重要的元数据，这些元数据可以自动进入相关索引，确保丰富的元数据被收集，文章前端的信息会出现在任何地方（例如，HTML、Crossref、Google Scholar、Web of Science、PubMed Central等），这对可发现性是极其重要的。 （2）移动性和互操作性   我们希望Scholastica作为一个模块化的软件和服务提供商继续发展，出版商可以选择在他们需要的时候，以他们想要的方式插入到现有的工作流程中，无论是单一产品（如同行评审）还是所有三个产品（同行评审、生产和OA托管）。为了做到这一点，我们将加强元数据、全文内容和文件在外部系统的传输，无论是从Scholastica同行评审导出到出版商的生产系统，还是从出版商的系统导入内容到Scholastica的生产平台。 （3）速度是一个特点   随着Scholastica提供更多的功能，我们希望确保软件和工作流程都保持快速。网络应用程序很容易随着时间的推移而变慢，因为做更多的事比更快地做同样的事具有更高优先级。对于大多数期刊出版项目来说，时间是他们最稀缺的资源之一，小的延迟会导致全年和不同期刊的重大生产力损失。这不仅仅是页面加载或响应速度的问题，重新思考如何减少点击或在期刊编辑需要搜索之前将重要信息呈现出来，是一种以用户体验为中心的方式，使出版过程更快、压力更小。 （4）强大的集成   学术期刊出版商将各种软件和工作流程焊接在一起，我们希望通过Scholastica使出版商能够轻松使用他们想要的工具。我们与Similarity Check、RightsLink、PubMed Central、Portico、Altmetric、Crossref和DOAJ的现有整合得到了非常积极的回应，因此，请密切关注未来更多的整合。   以上这些领域都建立在Scholastica的核心使命之上，我在去年的文章中描述了这一点：   我们希望帮助学术期刊出版领域的民主化，这反过来将有助于降低成本，增加知识的获取，并支持中小型出版商的可持续性。
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