《系统检测全球200多万份SARS-CoV-2样本中的合并感染和宿主内重组》

  • 来源专题:新发突发传染病
  • 编译者: 张玢
  • 发布时间:2024-01-17
  • 系统性监测SARS-CoV-2不同谱系之间的共感染,并评估宿主内重组出现的风险,对于预测病毒进化至关重要。在这里,我们对提交给欧洲COVID-19数据门户的超过200万份SARS-CoV-2原始读数数据集进行了全面分析,以识别共感染和宿主内重组。在调查的病例中,观察到了0.35%的共感染。我们实施了两种独立的程序来检测宿主内重组。我们表明,敏感性主要取决于基因组上定义谱系的突变密度,因此我们使用特定变体组合的互斥定义突变的扩展列表来增加统计能力。我们注意到多个挑战使得重组检测变得困难,并提供指南以减少PCR扩增过程中产生的嵌合序列引起的假阳性。此外,我们鉴定了Delta - Omicron BA.1宿主内重组的三个重组热点。
  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41467-023-43391-z
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    • 来源专题:新发突发传染病
    • 编译者:张玢
    • 发布时间:2024-01-07
    • 之前的研究已经将严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的基因变异与免疫受损人群中持续感染联系起来,但这些观察到的演变过程尚未完全理解。在这项研究中,使用高通量单基因组扩增和测序(HT-SGS)技术,从22名HIV阳性(PWH)和25名HIV阴性(PWOH)的184个呼吸样本中获得了约103个SARS-CoV-2刺突蛋白基因序列。22名PWH中有12名患有晚期HIV感染,其外周血CD4 T细胞计数(即CD4计数)<200细胞/μL。在CD4计数≥200细胞/μL的PWOH和PWH中,每个人的大多数单基因组刺突蛋白序列匹配了一种在感染过程中占主导地位的单倍型。相比之下,晚期HIV感染者显示出较高的宿主内刺突蛋白多样性,每人平均有46个单倍型(IQR 14-114)。COVID-19症状发作后宿主内刺突蛋白多样性的增加预示着PWH的SARS-CoV-2 RNA持续时间更长,而此时刻的宿主内刺突蛋白多样性在晚期HIV感染者中明显高于PWOH。在晚期HIV感染者中,刺突蛋白序列群体的组成会随时间迅速波动,初始序列经常被一组新的单倍型所取代。这些群体级别的变化与宿主内突变的高总负担和功能重要残基的正选择有关。在几种情况中,延迟出现可检测的刺突蛋白血清结合与假定的抗体逃逸突变的正选择相关。综上所述,研究发现显示了晚期HIV感染中SARS-CoV-2的显著宿主内遗传多样性,并暗示这种环境中SARS-CoV-2的适应性宿主内演变可能导致新的关注变异体(VOCs)的出现。
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-04-05
    • 浙江大学医学院第一附属医院的科研人员在The Lancet Infectious Diseases期刊在线发表题为“SARS-CoV-2: virus dynamics and host response”的评论文章。 文章提出,病毒动力学和宿主反应的知识,对于制定针对COVID-19抗病毒治疗、疫苗接种和流行病学控制的策略至关重要。Kelvin To[1] 及其同事报告了23名COVID-19入院患者的病毒载量和抗体情况。在这些患者中,病毒载量在疾病的第一周达到峰值,然后在第二周逐渐下降。病毒载量也与年龄有关。此外,IgG和IgM抗体均在症状出现后第10天左右开始增加,大多数患者在前3周内出现血清转化。最后,针对SARS-CoV-2内部核蛋白和表面刺突受体结合域的IgG和IgM抗体水平与中和活性相关。 研究人员认为,首先,疾病早期的高病毒载量表明,患者可能在此期间传染性最强,这也许解释了SARS-CoV-2的高传播性。此外,呈现的高病毒载量表明SARS-CoV-2可能容易出现抗病毒耐药性。其次,年龄与病毒载量有关,这可以解释SARS-CoV-2老年患者中严重疾病的高发程度。老年患者的高病毒载量不仅与免疫力低下有关,还与老年人体内ACE2受体的高表达有关。抗体血清转换的时机,对于确定收集血清标本进行抗体检测诊断的最佳时间点至关重要。此外,该信息对于免疫学家选择获得外周血B细胞以开发治疗性单克隆抗体的最佳时间点很重要。 文章指出,①病毒载量与疾病严重程度之间的关系需要进一步阐明。②需要进行更大样本量的研究,以了解不同因素如何影响病毒载量或抗体反应。③儿童人群的未来研究至关重要,因为儿童的疾病似乎比成年人要轻得多。④对SARS-CoV-2的先天性和适应性免疫反应的详细了解,有助于理解发病机理和设计疫苗。 相关参考文献: [1] To KK-W, Tsang OT-Y, Leung W-S, et al. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study. Lancet Infect Dis. 2020; (published online March 23.)