《微生物研究所创建最小化的人工固碳循环》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-01-05
  • 工业快速发展导致二氧化碳等温室气体排放不断增加,促使各国政府加速开发二氧化碳捕集利用技术,力争早日实现“碳中和”。其中,设计和创建具有高效生物固碳能力的酶、生化途径、工程生物或微生物组,已成为合成生物固碳领域的国际研究热点。

    在自然界中,植物和微生物可利用六条天然固碳途径将二氧化碳转化为有机物,其中最为人熟知、可能也是最重要的途径,就是以1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubisco)为核心固碳酶的卡尔文循环。为突破天然固碳途径的低效率,2016年和2021年,Science杂志先后报道了人工设计的非天然固碳途径CETCH循环(由德国马普陆地微生物研究所完成)和ASAP途径(由中国科学院天津工业生物技术研究所完成),可在无细胞系统中将二氧化碳分别转化为乙醛酸和淀粉。

    这些天然和人工固碳途径的共同特点是比较长,一般包含十步以上的生化反应。一般情况下,生化途径的反应步骤越多,整体效率就越低。然而,生物固碳途径必须由很多反应步骤组成吗?能否设计一条比天然固碳途径反应数更少的人工固碳途径?如果能设计出来,这样的人工固碳途径需要在怎样的条件下运转,能够达到多高的固碳效率?

    针对这些问题,研究人员基于生化反应热力学和动力学计算,设计了一个全新的最小化的人工固碳循环。这个循环只包含四步反应,分别由丙酮酸羧化酶(PYC)、草酰乙酸乙酰基水解酶(OAH)、乙酸-CoA连接酶(ACS)和丙酮酸合酶(PFOR)催化,所以被命名为POAP循环(见下图)。在四步反应中,由丙酮酸合酶和丙酮酸羧化酶催化的这两步反应均为固碳反应。POAP循环每运行一轮,可以转化两分子二氧化碳生成一分子草酸,消耗两分子ATP和一分子还原力。

    在POAP循环的四步反应中,最关键和最难实现的是由丙酮酸合酶(PFOR)催化的还原羧化反应。正常情况下,我们在生物体内能够普遍观察到的反应是PFOR催化丙酮酸氧化脱羧并释放二氧化碳。而实现POAP循环,需要把PFOR催化的氧化脱羧反应逆转过来,即催化乙酰辅酶A还原羧化生成丙酮酸。这个还原羧化反应在热力学上不利,需要较大的还原力来推动反应的发生。因此,研究人员考虑在厌氧条件下利用低电势的电子供体提供足够的还原力来驱动反应。

    通过合成并测试一系列低电势的电子供体铁氧还蛋白(Ferredoxin,Fd),研究人员发现来源于Hydrogenobacter thermophiles的Fd2对PFOR的还原羧化反应具有较强的推动作用。以Fd2作为电子供体,可以驱动热纤梭菌(Clostridium thermocellum)来源的异型四聚体丙酮酸合酶实现乙酰辅酶A的还原羧化。这也是异型四聚体的丙酮酸合酶首次在体外实现还原羧化反应。

    研究人员通过进一步的合成测试,获得了构建POAP循环所需要的其他三个酶PYC、OAH和ACS。然后采用先分别构建POAP半循环、再将两个POAP半循环整合在一起的策略,构建了具有功能的POAP循环。以13C标记的碳酸氢钠为底物进行测试,成功检测到POAP循环的产物13C标记的草酸,并测定出POAP循环的二氧化碳固定速率为8.0 ± 1.8 nmol CO2/min/mg固碳酶,草酸的转换数为5 摩尔/摩尔POAP循环酶,固碳效率较高。

    理论上,构成一个最小固碳循环需要三步反应。POAP循环只含有四步反应,已经接近理论最小值,也是目前经过实验证实的最小化的人工固碳循环。由于途径短,在PFOR活性远远低于CETCH循环固碳酶活性的情况下,POAP循环的二氧化碳固定速率仍然超过了含有十二步反应的CETCH循环。POAP循环可以在厌氧和较高温度(50°C)下实现二氧化碳固定,它为了解和研究地球早期生物如何进行二氧化碳固定提供一个新的模型,也为二氧化碳的人工生物转化提供了一条新的可选途径。

    该研究历时近五年完成,并于2021年12月28日在线发表于国际学术期刊ACS Catalysis,题为“A Minimized Synthetic Carbon Fixation Cycle”。中国科学院微生物研究所博士研究生肖璐为论文第一作者,李寅研究员为通讯作者。该研究得到了中国科学院战略性先导科技专项预研项目、中国科学院重点部署项目等项目的资助。

    论文链接:https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acscatal.1c04151

  • 原文来源:http://www.im.cas.cn/xwzx2018/kyjz/202112/t20211229_6329938.html
相关报告
  • 《浙江大学徐建明团队:POM和MAOM组分上秸秆碳的固碳效应与关键微生物》

    • 来源专题:耕地与绿色发展
    • 编译者:张毅
    • 发布时间:2025-07-04
    • 作物秸秆还田是提升农田土壤有机碳储量的重要途径,秸秆的固碳效果取决于其在土壤有机质关键组分如颗粒有机质(POM)和矿物结合有机质(MAOM)中的转化命运。POM与MAOM在理化性质上存在显著差异,这决定了各组分上微生物群落组成的不同,进而导致其驱动的有机碳转化过程迥异。然而,传统化学分组方法常会损害微生物活性,限制了在维持原位微生物活性的前提下对不同组分(如POM与MAOM)中微生物及其驱动的有机碳转化过程的观测。 基于此,浙江大学徐建明团队采用优化的超声分组方法,在有效维持微生物活性的基础上,识别了驱动秸秆分解的核心微生物类群及其代谢策略,系统探讨了红壤与黑土典型稻田中POM与MAOM组分内秸秆碳的矿化与积累机制。近日以“Deciphering the microbial players driving straw decomposition and accumulation in soil components of particulate and mineral-associated organic matter”为题在线发表在Soil Biology and Biochemistry期刊上(https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2025.109871),论文第一作者是浙江大学土水资源与环境研究所博士后符颖怡,通讯作者是浙江大学罗煜副教授。 优化的超声分组方法兼顾分级效果与微生物完整性通过PMA处理结合微生物检测,系统评估了不同超声能量下对微生物活性的潜在影响。结果表明,在80 J mL-1超声能量条件下,细菌数量与未处理土壤相比无显著差异,说明该能量水平下超声处理不会显著破坏微生物活性和群落结构。同时,80 J mL-1超声处理可有效分散土壤颗粒,实现对POM与MAOM的准确分离,分组效果与传统的化学分散法(如六偏磷酸钠)基本一致。基于此优化的超声分组方法,在有效维持微生物完整性的同时,实现了POM与MAOM两大有机碳组分的稳定分级。后续在各组分中添加标记秸秆开展孵育实验,分别监测CO2释放动态以及不同时间点(第7、28、87天)下的13C积累特征与微生物群落演替特征,为深入解析POM与MAOM中秸秆碳的分解与积累机制提供了可靠技术支撑。 在秸秆还田过程中,POM与MAOM中的微生物群落在不同土壤类型中呈现出明显差异。POM中以Firmicutes和Chloroflexi为优势菌门;而MAOM中则以Bacteroidota和Gemmatimonadota为主要优势类群。属水平分析显示,Vibrio、Acidibacter、Pectobacterium、Cellulomonas、Devosia等在POM中富集,而Empedobacter、Massilia、Acidovorax、Ramlibacter等则在MAOM中优势分布。宏基因组功能分析表明,POM中的微生物群落富集了与纤维素降解、脂类代谢及细胞运动相关的功能基因,展现出较强的有机碳矿化能力;而MAOM中则富集了与胞外多糖降解、几丁质和肽聚糖分解等相关基因,突显其在胞外多糖代谢及菌-矿物互作积累机制中的关键作用。 秸秆添加后,POM与MAOM在碳转化路径上呈现出明显的功能分工。秸秆添加后,POM中释放的CO?量显著高于MAOM,表明其在秸秆碳快速矿化过程中发挥主导作用。POM中富集了具备高效分解能力的真菌和细菌,能够迅速降解秸秆有机物并释放大量碳。相比之下,MAOM则保留了更多的13C标记秸秆残留,表现出更强的固碳潜力。MAOM通过微生物胞外多糖—菌丝—矿物的协同作用,逐步将部分秸秆碳稳定固定于矿物结合态有机碳库中,其中以Fe-OC和Ca-OC为代表的矿物结合形式在固碳过程中发挥了关键作用。总体来看,POM驱动的秸秆碳转化过程更为快速活跃,而MAOM则在长期秸秆碳稳定与积累中承担着重要的固碳功能。 本研究验证了超声(80 J·mL?1)结合粒径分级的分组方法可最大限度降低对微生物群落的扰动,并从组分上的“微生物群落-代谢-碳转化”视角出发,系统解析了秸秆碳在POM与MAOM中的分解与积累差异及其微生物机制。相关成果为土壤POM和MAOM组分上微生物的研究提供了可行的分组方法,同时也为农田碳汇功能的提升与管理提供了新的研究视角。
  • 《微生物所吴边研究员团队取得人工智能驱动生物制造工业化的重要突破》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-05-25
    • 近年来,人工智能技术迅猛发展,其影响开始推广到生物制造领域,尤其是在其核心“芯片”蛋白质的设计方面,发挥了巨大的作用。2016年,《科学》杂志将蛋白质计算设计遴选为年度十大科技突破。2017年,美国化学会将人工智能设计新型蛋白质结构列为年度八大科学突破之首。通过人工智能技术,预测蛋白质结构、设计蛋白质功能,可以极大的扩展人工改造生命体的应用场景,有望变革性的推动绿色生物制造的发展。 近期,中国科学院微生物研究所的吴边团队通过使用人工智能计算技术,构建出一系列的新型酶蛋白,实现了自然界未曾发现的催化反应;并在世界上首次通过完全的计算指导,获得了工业级微生物工程菌株,取得了人工智能驱动生物制造在工业化应用层面的率先突破。 β-氨基酸是一大类非蛋白质氨基酸,具备多样的特殊生物活性,被应用于医药、食品、农牧业等多个产业。除此之外,β-氨基酸还被广泛应用于重要活性天然产物和药物合成中。β-内酰胺抗生素、重磅药物紫杉醇(抗癌药物),西格列汀(糖尿病药物)及维生素B5等多种具有巨大市场销售额的明星分子均需要β-氨基酸作为合成单元。β-氨基酸的合成长期以来一直依赖于过渡金属催化的化学途径,需要昂贵的催化剂、繁琐的保护与去保护步骤以及苛刻的反应条件。这些传统化学合成工艺为环境带来了巨大的压力。因此,设计β-氨基酸的新型绿色合成途径成为了合成领域的一项重大挑战。 面向这一挑战,吴边团队选择了碳-碳双键的不对称氢胺化路径进行研究。不对称氢胺化反应可以把两种来源丰富、结构多样的原料直接结合,具备极高的原子经济性,无需附加其他辅剂,是美国化学会提出的最具“绿色化学和绿色工业”特性的十大反应之一。然而,无论是人工设计的化学催化剂或是天然存在的生物催化剂都不能直接催化该反应。因此,吴边团队采用了人工智能蛋白质设计技术,综合选用一系列计算方法,对天冬氨酸酶进行了分子重设计,成功获得了一系列具有绝对位置选择性与立体选择性的人工β-氨基酸合成酶。随后,该团队构建出能够高效合成β-氨基酸的工程菌株。通过发酵工艺优化与转化工艺优化,该生物催化体系可一步实现相应β-氨基酸的合成。该人工设计的反应体系体现了高效率、高原子经济性等巨大优势,底物浓度达到300 g/L,实现了99%转化率,99%区域选择性,以及99%立体选择性,相关指标达到了工业化生产的标准。除了生物催化在上游转化的固有优势之外,该工艺的下游提取过程也极具绿色特性,可通过直接结晶和离子交换等适用于工业生产的的简单分离纯化方法获得产物,避免了大量有机溶剂及色谱分离步骤。 该项研究成果为人工智能技术在工业菌株设计方向的成功案例,验证了其科学理论基础,也将为人工智能与传统工业生产的互作融合打开新局面。除了在科学层面取得的重要进展,该团队还积极推进科研成果的落地转化,通过与企业的合作,该项技术已经通过中试与全尺寸生产工艺验证,在近期完成了千吨级的生产线建设,相关产品潜在市场超过30亿,有望在紫杉醇、度鲁特韦与马拉维若等抗癌与艾滋病治疗药物的生产过程中大幅降低生产成本。 相关成果于2018年5月在自然杂志子刊Nature Chemical Biology发表,微生物研究所李瑞峰博士,宋璐助理研究员与荷兰格罗宁根大学Wijma博士为共同第一作者,格罗宁根大学Janssen教授与吴边研究员为通讯作者。该项研究的工业转化过程还得到了微生物研究所陶勇团队的大力支持与帮助。近年来,微生物研究所的相关团队在微生物应用领域展开了持续深入的研究,尤其是在人工智能驱动的生物制造、复杂基因网络可预测组装、新型疫苗与抗体工程、模块化生物传感器设计等研究方向取得了一系列具有重要学术价值与工业影响力的成果。目前在Nature Chemical Biology,Science Translational Medicine, Nature Communications, Cell Research, PNAS,ACS Catalysis,Metabolic Engineering等国际期刊发表了一系列重要工作。此外,在产业应用方面,相关团队与工业界密切合作,微生物酶法生产海藻糖、微生物制造β-氨基酸、新型寨卡灭毒疫苗等多个项目已实现技术转化和产业化应用,展现了良好的社会效益与经济效益。