新型β-冠状病毒SARS-CoV-2的出现对人类健康构成了重大威胁,其在世界范围内的传播正在引起严重后果。对SARS-CoV-2蛋白3D结构的了解可以促进治疗和诊断分子的发展。具体而言,对SARS-CoV-2蛋白和以前表征的病毒(例如SARS-CoV)的同源蛋白的结构进行比较分析,可以揭示共同和/或独特的特征,这些特征构成了识别细胞受体和分子的机制的基础。
在这里,我们将最近开发的基于能量的方法用于预测抗体结合表位和蛋白质-蛋白质相互作用区域与SARS-CoV-2和SARS-CoV的Spike蛋白质的受体结合域(RBD)的关联。我们的分析仅专注于独立地研究RBD的结构,而没有利用任何先前的结合特性知识。重要的是,我们的结果预测了免疫反应和结合/引发抗体的区域之间的结构和序列差异。这些结果为观察到几种SARS-CoV RDB特异性单克隆抗体不能明显结合SARS-CoV-2对应物提供了合理的依据。此外,我们确定了病毒进入宿主细胞过程中细胞受体ACE2参与的SARS-CoV-2 RBD区域。