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《12月28日_Eurofins推出新冠病毒全基因组测序服务以加强对病毒突变的鉴定》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2021-02-03

  • Businesswire网站12月28日消息称，Eurofins基因组学公司推出了成本更低的新一代SARS-CoV-2测序服务，可提供病毒全基因组序列。SARS-CoV-2变体数量不断增加，使得病毒株的毒力、传染性和表位发生改变，因而需要对病毒全基因组进行识别和追踪。SARS-CoV-2全基因组测序可在早期阶段识别突变株并发现新风险，规避免疫或疫苗功效变化。
    Eurofins的复杂生物信息学流水线可对连续的SARS-CoV-2分离序列进行组装和比较，并提供结论性解释报告。Eurofins正在向公共医疗机构免费提供部分测序能力，这些公共医疗机构没有紧急预算来检测目前在英国快速传播的VUI2020-12/01毒株。
    原文链接：https://www.businesswire.com/news/home/20201228005193/en/

  • 原文来源：https://www.businesswire.com/news/home/20201228005193/en/
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  • 《3月11日_BPS推出新冠突变株的假型病毒用于细胞检测》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：zhangmin
    • 发布时间：2021-03-15
    • Biospace网站3月11日消息称，BPS生物科学公司推出了SARS-COV-2突变株的独特的假型病毒，扩大了其冠状病毒产品组合。研究人员已经开发了一系列以刺突蛋白为包膜糖蛋白的刺突蛋白假型慢病毒。这些假型病毒含有一个报告基因（萤火虫荧光素酶或增强型GFP）。当与表达ACE2受体的细胞系一起孵育时，可以通过测量荧光素酶或eGFP活性，检测出刺突蛋白介导的假型病毒进入靶细胞的情况。因此，刺突蛋白假病毒提供了一种细胞检测方法，不仅可以监测病毒与ACE2受体的附着情况，还可以监测膜融合和细胞进入的情况。 目前，BPS的假型病毒产品包括原始的野生型（在武汉首次发现）序列、B.1.1.7（在英国首次发现）、B.1.351（在南非首次发现）、P.1（在巴西首次发现）变体、高度保守的D614G突变、在巴西首次发现的变体的RBD（受体结合域）中存在的3个突变（K417T，E484K，N501Y），这些假型病毒产品可以用于研究中和抗体的结合位点和作用机制。BPS还提供一些突变体重组刺突蛋白（RBD、S1和全三聚体）和突变体刺突蛋白检测试剂盒，采用方便的96孔或384孔。这些基于比色、化学发光或TR-FRET的检测方法是筛选和剖析ACE2与刺突蛋白相互作用抑制剂的理想选择。BPS开发的冠状病毒研究工具和服务组合包括ACE2受体和TMPRSS2表达细胞系以及针对3CL、PLPro、TMPRSS2、弗林蛋白酶、RdRP和其他SARS-CoV-2关键靶点的独特检测方法。 原文链接：https://www.biospace.com/article/bps-bioscience-introduces-pseudovirions-of-mutant-strains-of-sars-cov-2-for-cellular-assays/?keywords=COVID-19
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  • 《2月28日_用于快速鉴定和表征新型冠状病毒基因组的基因检测冠状病毒分型工具》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：xuwenwhlib
    • 发布时间：2020-03-02
    • 2月28日_用于快速鉴定和表征新型冠状病毒基因组的基因检测冠状病毒分型工具 1.时间：2020年2月28日 2.机构或团队：比利时Emweb bv；南非夸祖鲁纳塔尔大学健康科学学院检验医学与医学科学学院夸祖鲁-纳塔尔研究创新和测序平台；巴西米纳斯吉拉斯州联邦大学生物科学研究所细胞和分子遗传学实验室；南非艾滋病研究计划中心等 3.事件概要： Bioinformatics于2月28日出版了比利时Emweb bv和南非夸祖鲁纳塔尔大学等发表的论文“Genome Detective Coronavirus Typing Tool for rapid identification and characterization of novel coronavirus genomes”。 文章指出，Genome Detective是一个基于Web的用户友好型软件应用程序，可以基于下一代测序数据集快速准确地组装所有已知的病毒基因组。此应用程序允许以FASTA格式从组装的基因组中鉴定系统发生簇和基因型。自2019年发布以来，已经为导致大规模疫情的新兴病毒产出了许多分型工具，例如巴西的Zika和Yellow Fever Virus。 在该论文中，作者介绍了该基因检测冠状病毒分型工具，指出该工具可以准确地识别在中国和世界各地分离出的冠状病毒（SARS-CoV-2）的基因序列。该工具每次最多可以提交2,000个序列，分析一个新的全基因组序列大约需要一分钟。该工具已经过来自十种冠状病毒物种的数百个全基因组的测试和验证，并正确分类了所有与SARS相关的冠状病毒（SARSr-CoV）和所有可用于SARS-CoV-2的公共数据。随着疫情在全球范围内的蔓延，该工具还可以跟踪新的病毒突变，这可能有助于加速新型诊断剂、药物和疫苗的开发。 4.附件： 原文链接： https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa145/5766118
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