《干燥作为一种有效的土壤样品储存方法,用于DNA微生物群落分析:比较研究》

  • 来源专题:农业生物安全
  • 编译者: 任洁
  • 发布时间:2024-01-27
  • 由于样品保存的后勤限制,包括没有或限制使用冰箱,偏远和半偏远地区的环境DNA土壤采样通常受到限制。在-20°C下冷冻是一种常见的DNA保存策略,但是,其他方法,如干燥,乙醇或商业防腐剂,可作为室温储存的潜在替代DNA保存方法。在这项研究中,我们评估了五种保存方法(CD1溶液、95%乙醇、干式和干式硅胶包、RNAlater、LifeGuard)以及在-20°C下冷冻,保存长达三周,避免在有机和矿物土壤上立即提取。我们评估了对DNA浓度和质量的直接影响,并使用DNA元条形码来评估对细菌和真菌群落的影响。干燥与立即提取没有显著差异。RNAlater导致DNA浓度降低,但对群落结构的影响与冷冻相当。CD1、LifeGuard和95%乙醇会立即导致群落结构发生重大变化、DNA 质量下降或多样性指标发生变化。总体而言,我们的研究支持使用硅胶包进行干燥作为一种具有成本效益且易于应用的方法,用于在室温下短期储存以进行基于 DNA 的微生物群落分析。
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  • 《长期保护性耕作对中国东北黑土土壤微生物群落的影响》

    • 来源专题:农业立体污染防治
    • 编译者:金慧敏
    • 发布时间:2016-10-28
    • 土壤微生物参与很多重要的生态过程,对维持农田生态系统的可持续性有重要意义。同时土壤微生物极易受到外界环境的影响,土壤理化性质的变化将引起土壤微生物生物量、群落结构及活性等的快速响应,因此可作为衡量土壤质量变化的重要指标。东北黑土具有较高的有机碳和土地生产力,然而长期的不合理耕作导致土壤有机碳损失以及土壤结构破坏。以减少耕作强度并增加秸秆还田为主要管理方式的保护性耕作被认为是缓解土壤退化的有效措施。目前对于耕作方式影响东北黑土的研究主要集中在土壤物理化学过程上,对不同土层下土壤生态性质的时间变化研究较少。为此,东北地理所黑土有机碳与保护性耕作学科组孙冰洁博士和张晓平研究员应用磷脂脂肪酸技术结合主响应曲线分析方法对免耕、垄作和秋翻下的土壤微生物量碳和群落结构进行了动态研究,结果发现在表层0-5 cm处微生物量碳、群落丰富度及群落结构随可利用性基质的季节波动发生显著的季节变化。长期免耕和垄作有利于表层土壤微生物性质的改善,造成表层0-5 cm处较高的微生物群落总量以及真菌和细菌的生物量,但是并没有形成真菌为优势种群的群落结构。该研究成果为东北地区保护性耕作的应用推广及农田生态系统的可持续发展提供了理论依据,推动了保护性耕作其他领域研究的进一步深入。 相关研究成果《Tillage, seasonal and depths effects on soil microbial properties in black soil of Northeast China》发表在土壤学的国际主流学术期刊(Soil and Tillage Research)上,该研究由国家自然科学基金(41101241, 41401272, 41201217, 31170483)和中国科学院黑土区农业生态重点实验室课题(2012ZKHT-02)资助完成。
  • 《深海极端环境发现不同寻常的微生物群落 》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:mall
    • 发布时间:2017-08-03
    • 日本海洋科学与技术研究所(JAMSTEC)的AsahikoTaira发现,由地幔岩石蛇纹石化而产生的高碱性泉水中存在不同寻常的微生物群落基因组。 2011年和2012年,研究人员于加州北部的Cedars采集样本,此地的蛇纹岩化十分活跃,水与橄榄岩等超富地幔岩石发生反应,生成一套新的矿物,包括蛇纹石、超碱性流体、甲烷等,与此同时排出pH11或以上的高碱性液体。这种环境可能在地球早期很常见,因此,蛇纹石化环境被认为是早期微生物生存的条件。 根据对样本微生物的基因组分析,科学家在恶劣地质条件的泉水中发现了微生物的基因中有史以来最小的基因组。此外,尽管深水食源泉中的微生物群落主要由细菌主导,但宏基因组和基因组草图数据并没有包含细菌类型的ATPase基因;它们要么是有一种古细菌的ATPase,或者根本就没有可识别的ATP酶。这么一组古老而高度保守的酶是一种不同寻常的分布。这一现象不是由于pH的原因,因为在Cedars附近浅海海水区域存在一个嗜碱菌群落。 在Cedars的深水中,检测到的微生物在分类学上均被归为Candidate Phyla Radiation (CPR),这些微生物细胞和基因组尺寸都非常小,且缺乏独立生命所需的许多基因,因此其生存方式仍然未知。然而,根据科学家对基因组复制率的分析,这些细菌在蛇纹石化环境下的地下水中活跃地进行着基因组复制活动。这些细胞聚集在矿物颗粒状结构上,在蛇纹石或橄榄岩矿物中这些结构具有类似的元素成分。 以上发现表明,蛇纹石化可能为揭示深层地表环境中的基因、基因组、微生物和群落的进化以及地球早期生命奥秘提供了重要线索。 研究成果题为:“Unusual metabolic diversity of hyperalkaliphilic microbial communitiesassociated with subterranean serpentinization at The Cedars”,发表在7月21日的《International Societyfor Microbial Ecology》(ISME)期刊上。 (刘思青 编译)