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《南京农业大学:何琳——典籍文本挖掘的方法与技术》

  • 来源专题：图书情报
  • 编译者： xuxue
  • 发布时间：2019-11-29

  • 报告题目：典籍文本挖掘的方法与技术

    时 间：2019年12月6日14:00-15:30

    地 点：信息管理学院918会议室

    主办单位：华中师范大学信息管理学院

    专家简介：何琳，南京农业大学信息科技学院教授、博士生导师，担任信息科技学院副院长，江苏省农史学会理事、中国农学会图书情报分会委员。主要从事信息组织和信息检索领域的教学与科研工作。先后主持国家社科基金项目等多项国家级及省部级项目。在国内外核心期刊上发表学术论文50余篇，成果被人大报刊复印资料全文转载3篇，出版专著1部，获江苏省哲学社会科学优秀成果奖1项。入选江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师、江苏省“333高层次人才培养工程”、南京农业大学首届 “钟山学术新秀”。

    报告简介：中华文明五千年来一脉相承、从未中断，其中一个重要的原因就是中华民族拥有各个历史时期的、浩如烟海的典籍。典籍的整理、组织、挖掘对传播、继承和发扬中华优秀传统文化有着积极的作用。作者将系统总结机器学习、自然语言处理等智能化信息处理技术在典籍文本分词、词性标注、信息抽取等方面的研究成果，着重分析典籍知识表达体系构建的方法与进展。

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    • 以往的研究发现，有的植物有复制自己基因的功能，即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来，随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低，越来越多的植物基因组被破译。 植物在千百年的进化中，怎样变得越来越多姿多彩？一个重要因素，就是植物会复制自己基因，丰富自己的基因库数量。多了自己的“同胞胎”兄弟姐妹，基因在生物体中就“声势壮大了”，团结起来力量大，不仅能抵御外界复杂多变的环境，还能增加进化变异的机会，实现物种分化和多样性。 以往的研究发现，有的植物有复制自己基因的功能，即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来，随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低，越来越多的植物基因组被破译。 目前已经完成全基因组测序的植物超过200种，包括单细胞绿藻，苔藓类植物，蕨类植物，裸子植物以及被子植物。然而，目前仍缺乏一个具有广泛适用性的鉴定不同种类植物重复基因的方法。 ATAC-Seq 表观组学研究新利器，详情请咨询>>领 取 来自南京农业大学园艺学院的研究人员发表了题为“Gene duplication and evolution in recurring polyploidization–diploidization cycles in plants”的文章，系统鉴定了梨等141种植物基因组中不同类型重复基因，构建了世界首个植物重复基因数据库，揭示了重复基因进化的普遍规律。 这一研究成果公布在Genome Biology杂志上，南京农业大学为第一完成单位，文章第一作者为乔鑫，通讯作者为南京农业大学张绍铃教授和美国佐治亚大学Andrew H.Paterson教授。 此前，这一研究组系统鉴定梨基因组中重复基因的基础上，开发了一个具有普遍适用性的生物信息学方法（命名为DupGen_finder），用于鉴定植物界中不同种类植物基因组中的重复基因。 在此基础上，研究人员深入分析141种植物基因组中重复基因含量随时间变化规律发现，基因串联复制和邻近复制在植物漫长的进化过程中始终保持较高的发生频率，为植物适应复杂多变的外界环境提供了源源不断的遗传变异材料。同时该研究还揭示，基因组加倍发生后的较短时间内，重复基因之间发生高频率的基因置换（geneconversion），随着时间的推移，重复基因之间会发生广泛的时空表达分化。最后，利用141种植物基因组中包含的所有蛋白序列构建了大规模的植物直系同源基因家族（86,831）。 此外，研究人员还通过大规模收集整合国内外植物基因组数据资源，构建了世界首个植物重复基因数据库（PlantDGD，http://pdgd.njau.edu.cn:8080），目前已收录141种完成基因组测序的植物，包含大豆、水稻、小麦、玉米等大宗粮食作物，以及梨、桃、葡萄、蔬菜、花卉等园艺作物，并将拓展为植物相关的所有类别。该数据库将为深入研究重复基因的进化机制提供宝贵的数据资源。 张绍铃教授领衔的南京农业大学梨工程技术研究中心主要从事梨种质资源与遗传育种，梨自交不亲和性机理，基因组与功能基因，品质形成机制与调控等方面的研究。已在Genome Biology、Genome Research、Plant Cell、Plant Journal和NewPhytologist等国际著名期刊上发表了多篇高水平研究论文，其中一篇论文入选ESI高被引论文，得到了国内外同行的高度关注和认可。 原文标题： Gene duplication and evolution in recurring polyploidization–diploidization cycles in plants https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1650-2
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    • 编译者：zhangyi8606
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    • 研究论文发现与拟南芥中的BR信号通路不同，水稻qGL3通过调控OsGSK3的磷酸化状态和蛋白水平以及OsBZR1的核质分布，进而调控BR信号通路和水稻粒长。这种调控机制的阐明对于利用油菜素甾醇信号中的关键基因进行水稻分子改良具有重要的应用价值。 水稻粒长不仅关系到水稻的产量也决定了水稻的外观品质，因此水稻粒长的研究具有重要意义。来自南京农业大学的研究人员发表了题为“Rice qGL3/OsPPKL1 Functions with the GSK3/SHAGGY-Like Kinase OsGSK3 to Modulate BrassinosteroidSignaling”的研究论文，发现与拟南芥中的BR信号通路不同，水稻qGL3通过调控OsGSK3的磷酸化状态和蛋白水平以及OsBZR1的核质分布，进而调控BR信号通路和水稻粒长。这种调控机制的阐明对于利用油菜素甾醇信号中的关键基因进行水稻分子改良具有重要的应用价值。 这一研究成果公布在国际著名刊物The Plant Cell杂志上，论的署名单位为南京农业大学，高秀莹为论文的第一作者，黄骥教授和张红生教授为论文通讯作者。 2012年实验室张红生教授课题组从大粒水稻资源材料N411中克隆了控制水稻籽粒长度的基因qGL3/OsPPKL1(Zhang et al., PNAS, 2012)。qGL3编码一个包含两个Kelch结构域的PP2A蛋白磷酸酶（OsPPKL1）。 生物信息学分析发现，qGL3与拟南芥BSU1（Arabidopsis thaliana bri1 SUPPRESSOR1）为同源基因。BSU1是拟南芥油菜素甾醇(BR)信号的正调控因子。最新研究发现，与拟南芥BSU1作用机制不同，qGL3在BR信号途径中发挥负调控作用。 来自于9311和N411的qGL3均能够与GSK3/SHAGGY-Like家族激酶OsGSK3相互作用，而来自于9311的qGL3能够脱磷酸化OsGSK3，来自于N411的qGL3则失去了脱磷酸化OsGSK3的功能，表明来自大粒材料N411的qGL3的功能缺失可能导致了水稻籽粒变长。磷酸化状态的OsGSK3通过蛋白酶体途径被降解，因此qGL3具有稳定OsGSK3蛋白水平的作用。 进一步研究发现，OsGSK3可以与BR信号通路中关键的转录因子OsBZR1相互作用并将其磷酸化，进而导致OsBZR1进入细胞质被蛋白酶体途径降解。相应的，如果qGL3和OsGSK3功能缺失则导致OsBZR1在细胞核中积累，行使转录调控下游BR应答基因的功能。 这项研究结果表明，与拟南芥中的BR信号通路不同，水稻qGL3通过调控OsGSK3的磷酸化状态和蛋白水平以及OsBZR1的核质分布，进而调控BR信号通路和水稻粒长。这种调控机制的阐明对于利用油菜素甾醇信号中的关键基因进行水稻分子改良具有重要的应用价值。 原文标题： Rice qGL3/OsPPKL1 Functions with the GSK3/SHAGGY-Like Kinase OsGSK3 to Modulate BrassinosteroidSignal http://www.plantcell.org/content/early/2019/03/28/tpc.18.00836
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