《珊瑚菜的内参基因及其筛选方法与应用》

  • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
  • 编译者: 陈方
  • 发布时间:2020-04-08
  • CN110331228A 珊瑚菜的内参基因及其筛选方法与应用
    专利申请人:江苏省中国科学院植物研究所
    本发明公开了珊瑚菜的内参基因及其筛选方法与应用,属于植物基因工程技术领域。具体涉及珊瑚菜的内参基因及其引物,所述内参基因为PP2A、UBQ10、ACT、EF1-α、GAPDH、α-TUB、β-TUB、PTBP1、EXP1、EXP2、TIP41-like、SAND family、CYP2;并提供了一种珊瑚菜内参基因的实时荧光定量PCR筛选方法,填补了珊瑚菜研究领域中缺少合适的、通用的内参基因的空白。

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    • 编译者:liguiju
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    • 佛罗里达珊瑚礁区的石珊瑚组织损失疾病自2014年开始爆发并持续蔓延,在佛罗里达基韦斯特附近十分活跃,逐渐向加勒比地区扩张。虽然疾病暴发并不罕见,但该次疾病爆发地理范围广,持续时间长,进展迅速,死亡率高以及受影响物种数量多。石珊瑚组织损失疾病至少影响了22种造礁珊瑚,一旦致病,珊瑚群通常会在几周到几个月内死亡。 这种疾病被认为是由细菌引起的,可以通过直接接触和水循环传染给其他珊瑚。研究人员正在努力确定潜在的病原体和与环境因素的关系,制定治疗患病群体的策略,并确定对这种疾病有抵抗力的珊瑚基因型。佛罗里达珊瑚礁区主要位于佛罗里达群岛国家海洋保护区的3800平方英里内。该保护区允许疾病干预,珊瑚拯救和恢复,与美国国家海洋和大气管理局(NOAA)渔业部门、佛罗里达鱼类和野生动物委员会以及其他机构合作进行规划、实施和评估。NOAA正在联合领导珊瑚救援小组,该小组正在收集健康珊瑚,并将它们安置在陆上的水族馆,防止它们患病,保护遗传多样性,并作为未来恢复活动的繁殖源。 此外,NOAA的另一项珊瑚救援工作正在进行中。随着疫情的爆发,潜水员试图从佛罗里达珊瑚礁区拯救其余的基因型珊瑚。将收集的珊瑚碎片转移到NOAA位于南卡罗来纳州的国家海岸海洋科学中心(NCCOS)的珊瑚重症监护和培养设施内。NCCOS团队率先将抗生素和其他疗法直接应用于珊瑚碎片,通过将抗生素混合到一种改良过的膏体中,并将膏体涂在患病组织上。通过这种新方法,研究小组保存了大量石斛属植物的碎片,且数量还在不断增加。 (刘思青 编译)
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    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2020-09-03
    • Enable Ginger美国宾州州立大学团队最近开发的基因分型“芯片”可以促进珊瑚保护工作。该芯片让研究人员能够通过基因鉴定珊瑚和生活在珊瑚细胞内的共生藻类,这是在珊瑚礁恢复工作中建立和维持遗传多样性的重要步骤。芯片及其附带的在线分析管道有助于使珊瑚生物多样性的遗传识别更容易。这项研究成果已发表在《科学报告》(Scientific Reports)杂志上。 Acroporid珊瑚家族包含所有珊瑚家族中数量最多的不同物种,并且在加勒比海和太平洋中很常见。该芯片是使用加勒比海珊瑚设计的,但也可用于分析太平洋物种,并使研究人员能够鉴定出存在于珊瑚细胞中的共生藻类。 该芯片也称为微阵列,使用超过3万个单核苷酸多态性(简称SNP)。它足够灵敏,可以使研究人员可靠地区分同一珊瑚物种内不同种系的成员。宾夕法尼亚州立大学生物学教授、研究团队负责人Iliana Baums提到,增加珊瑚礁遗传多样性的一种方法是确保它是由一个以上的个体组成的。由于礁石上的所有珊瑚都可能属于同一物种,因此重要的是找到一种可靠的方法来对其进行识别,而他们的芯片可以将其提供给该领域的研究人员。 该芯片已授权给生产Affymetrix微阵列的Thermo Fisher Scientific公司,研究人员使用只需要将珊瑚样品发送到商业实验室即可。在实验室中,提取DNA并在芯片上运行,然后将所得数据返回给研究人员。然后,研究人员可以将数据文件上传到称为Acroporid基因分型标准工具(简称STAG)的在线分析管道中。在基于开源Web的Galaxy平台中的自定义“科学网关”中执行分析并维护数据。 Baums提到,基于SNP芯片和STAG管线,可以帮助并确保世界各地的研究人员能够以标准化的方式从基因上鉴定珊瑚。科学门户网站中维护的数据库使研究人员可以比较样品、识别新的菌株并随时间追踪珊瑚的多样性。 (傅圆圆 编译) Cannot connect to Ginger Check your internet connection or reload the browserDisable in this text fieldEditEdit in GingerEdit in Ginger×