《新冠状病毒（2019 nCoV）的全基因组进化分析否定了病毒近期重组导致其流行的假说》

• 来源专题：实验室生物安全
• 编译者： 张虎
• 发布时间：2020-02-07
• 原文来源：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820300447?via%3Dihub

内 容：作者的目标是表征2019-nCoV的遗传关系，并寻找sarbecovirus亚属内的推定重组。

方法：使用RDP4和Simplot v3.5.1对推定的重组进行了研究，并使用最大似然法和贝叶斯方法通过系统发育分析确认了各个基因组片段中不一致的系统发育聚类。

结果：分析表明，2019-nCoV虽然在全基因组层面与BatCoV RaTG13序列密切相关（序列相似性为96.3％），但显示出与Bat-SARS样冠状病毒序列不一致的聚类。具体而言，在跨越前11,498个核苷酸的5’部分和跨越24,341-30,696个位置的最后3’部分序列中，2019-nCoV和RaTG13，与Bat-SARS样冠状病毒序列的聚类成一个簇，而在跨越ORF1a、ORF1b的3’末端和几乎一半的spike区域的中间序列，2019-nCoV和RaTG13在sarbecovirus分支内归类于一个远端谱系组。

结论：2019-nCoV和RaTG13之间的遗传相似性水平表明，后者未提供导致人类暴发的变异株，但支持2019-nCoV起源于蝙蝠的假说。