《1月26日_2019_ nCoV的全基因组进化分析否定了病毒最近重组事件出现的假设》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: xuwenwhlib
  • 发布时间:2020-01-29
  • 1.时间:2020年1月26日

    2.机构或团队:希腊雅典大学、希腊雅典国家公共卫生组织(NPHO)

    3.事件概要:

    国际著名生物预印本期刊bioRxiv于1月26日在线发表了一篇来自希腊雅典大学等研究团队的文章,通过2019_ nCoV的全基因组进化分析,否定了病毒最近重组事件出现的假设。

    论文的目标是确定2019_nCoV病毒的遗传关系,并在sarbecovirus亚属内寻找可能的重组。通过利用重组检测软件RDP4和SIMPLATE V3.5.1对假定的重组进行研究,通过最大似然法和贝叶斯方法进行系统发育分析,确认个体基因组片段中不一致的系统发育聚类。

    分析表明,2019_nCoV基因组虽与BatCoV-RaTG13序列相近(序列相似性为96.3%),却表现为与Bat-SARS样冠状病毒序列的聚类不一致。尤其是,在5′端第11498个核苷酸位置和3′端第24341-30696位置,2019_nCoV和RaTG13与Bat-SARS样冠状病毒序列形成一个单聚类,而在3′端中间区域的可读框ORF1a、ORF1b和spike基因几乎一半的区域中,2019_nCoV和RaTG13分布在sarbecovirus分支内一个单独的远缘谱系里。

    因此本研究认为,2019_nCoV和RaTG13之间的遗传相似性表明,后者并未提供导致病毒在人群中暴发的明显变异,但2019_nCoV起源于蝙蝠的假设非常可能成立。这个结果证明了此次新型冠状病毒不是镶嵌的,因为其几乎一半的基因组都是由β-冠状病毒的一个明显不同的谱系组成的。2019_nCoV的这些基因组特征,以及与它病毒特性和毒力的潜在联系需要进一步研究。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.26.920249v1.article-info
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    • 内 容:作者的目标是表征2019-nCoV的遗传关系,并寻找sarbecovirus亚属内的推定重组。 方法:使用RDP4和Simplot v3.5.1对推定的重组进行了研究,并使用最大似然法和贝叶斯方法通过系统发育分析确认了各个基因组片段中不一致的系统发育聚类。 结果:分析表明,2019-nCoV虽然在全基因组层面与BatCoV RaTG13序列密切相关(序列相似性为96.3%),但显示出与Bat-SARS样冠状病毒序列不一致的聚类。具体而言,在跨越前11,498个核苷酸的5’部分和跨越24,341-30,696个位置的最后3’部分序列中,2019-nCoV和RaTG13,与Bat-SARS样冠状病毒序列的聚类成一个簇,而在跨越ORF1a、ORF1b的3’末端和几乎一半的spike区域的中间序列,2019-nCoV和RaTG13在sarbecovirus分支内归类于一个远端谱系组。 结论:2019-nCoV和RaTG13之间的遗传相似性水平表明,后者未提供导致人类暴发的变异株,但支持2019-nCoV起源于蝙蝠的假说。
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