1.时间:2020年1月26日
2.机构或团队:希腊雅典大学、希腊雅典国家公共卫生组织(NPHO)
3.事件概要:
国际著名生物预印本期刊bioRxiv于1月26日在线发表了一篇来自希腊雅典大学等研究团队的文章,通过2019_ nCoV的全基因组进化分析,否定了病毒最近重组事件出现的假设。
论文的目标是确定2019_nCoV病毒的遗传关系,并在sarbecovirus亚属内寻找可能的重组。通过利用重组检测软件RDP4和SIMPLATE V3.5.1对假定的重组进行研究,通过最大似然法和贝叶斯方法进行系统发育分析,确认个体基因组片段中不一致的系统发育聚类。
分析表明,2019_nCoV基因组虽与BatCoV-RaTG13序列相近(序列相似性为96.3%),却表现为与Bat-SARS样冠状病毒序列的聚类不一致。尤其是,在5′端第11498个核苷酸位置和3′端第24341-30696位置,2019_nCoV和RaTG13与Bat-SARS样冠状病毒序列形成一个单聚类,而在3′端中间区域的可读框ORF1a、ORF1b和spike基因几乎一半的区域中,2019_nCoV和RaTG13分布在sarbecovirus分支内一个单独的远缘谱系里。
因此本研究认为,2019_nCoV和RaTG13之间的遗传相似性表明,后者并未提供导致病毒在人群中暴发的明显变异,但2019_nCoV起源于蝙蝠的假设非常可能成立。这个结果证明了此次新型冠状病毒不是镶嵌的,因为其几乎一半的基因组都是由β-冠状病毒的一个明显不同的谱系组成的。2019_nCoV的这些基因组特征,以及与它病毒特性和毒力的潜在联系需要进一步研究。