《1月25日_武汉地区一种新型冠状病毒的全基因组特征研究》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: wangyb
  • 发布时间:2020-01-29
  • 蝙蝠可能是WHCV的宿主。但是,由于首次报告该病时市场上有多种动物在出售,因此需要更多的工作来确定WHCV的天然宿主和任何中间宿主。

    发表时间:2020年1月25日

    发表团队和机构:复旦大学、同济医学院武汉市中心医院、武汉市疾病预防控制中心、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、悉尼大学玛丽·巴希尔传染病与生物安全研究所

    作者:Fan Wu, Su Zhao, Bin Yu, Yan-Mei Chen, Wen Wang, Yi Hu, Zhi-Gang Song, Zhao-Wu Tao, Jun-Hua Tian, Yuan-Yuan Pei, Ming-Li Yuan, Yu-Ling Zhang, Fa-Hui Dai, Yi Liu, Qi-Min Wang, Jiao-Jiao Zheng, Lin Xu, Edward C Holmes, Yong-Zhen Zhang

    文章主要内容如下:

    通过组装分析,一个最长的重叠群具有很高的丰度,并且与蝙蝠SARS样冠状病毒分离株bat-SL-CoVZC45(GenBank登录号MG772933)密切相关,一致性为89.1%。将该新病毒命名为WH-1型冠状病毒(WH-Human 1 coronavirus, WHCV)(也称为“ 2019-nCoV”),其整个基因组序列(29,903 nt)GenBank登录号MN908947。

    为了确定WHCV与先前鉴定的冠状病毒之间的进化关系,研究人员基于整个基因组序列的核苷酸序列,非结构蛋白基因ORF1a和1b以及主要结构估算了系统发育树。在所有系统发育中,WHCV都与Sarbecovirus亚属成员聚集在一起。但是,基于不同基因的系统发育树,WHCV在Sarbecovirus亚型内的拓扑位置改变,这暗示了该病毒具有重组历史。

    为了更好地了解WHCV感染人类的潜力,研究人员将其刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)与SARS-CoV和蝙蝠SARS样冠状病毒中的受体结合结构域进行了比较。WHCV的RBD序列与SARS-CoV的RBD序列(73.8%-74.9%氨基酸一致性和SARS样冠状病毒的RB4874、Rs7327和Rs4231毒株(75.9%-76.9%氨基酸一致性)密切相关,这些冠状病毒均可以利用ACE2受体进入细胞。并且,与序列比对一致,WHCV的三位预测结构也与SARS-CoV的蛋白质结构密切相关,这些数据表明WHCV可以有效地利用ACE2受体进入细胞,可能促进人对人的传播。

    WHCV与蝙蝠冠状病毒最密切相关,甚至nsp7和E蛋白中与Bat-SL-CoVZC45表现出100%的氨基酸相似性。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.24.919183v1
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