2020年3月4日，Clinical Infectious Diseases杂志出版了南方科技大学团队的文章“2019 novel coronavirus is undergoing active recombination”。
研究人员收集了GISAID（https://www.GISAID.org）中所有公开的84个2019-nCoV基因组信息，并将有相同单核苷酸变异（SNVs）的基因组归为一个单倍型，构建了单倍型网络图。根据2019-nCoV单倍型网络图分析结果，hap_011单倍型具有明显特征：一、网络图呈星形，并集中在hap_011单倍型；二、hap_011单倍型有最多的样本量且大多数样本来自暴发地湖北省；第三，大多数卫星单倍型也同样来自湖北；第四，hap_011单倍型的平均收集日期最早。进一步研究表明，所有的单倍型都来源于hap_011单倍型，并发现有五个单倍型（hap_009，hap_017，hap_023，hap_048和hap_050）形成了环状回路。这表明2019-nCoV发生了遗传重组，并存在重组体。作者指出该研究为2019-nCoV的遗传重组提供了首个证据，这是2019-nCoV除了自身突变外的一种新的进化方式。研究成果也对2019-nCoV肺炎的药物治疗和预防二次传播提供了帮助，并提示传染病医生和疾病控制专家团体应该对2019-nCoV的遗传重组及其潜在影响引起重视。
