《2019年新型冠状病毒及其他物种冠状病毒的遗传进化分析》

  • 来源专题:实验室生物安全
  • 编译者: 张虎
  • 发布时间:2020-04-07
  • 由严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2(SARS-CoV-2)引起的2019年冠状病毒病(COVID-19)是国际关注的突发公共卫生事件。但是,到目前为止,关于病毒的来源及其中间宿主仍存在争议。在这里,我们发现新型冠状病毒与源自五种野生动物的冠状病毒密切相关,这些动物包括花面狸(Paguma larvata)、椰子狸(Paradoxurus hermaphroditus)、果子狸(Civet)、三叶蹄蝠(Aselliscus stoliczkanus)和中华菊头蝠(Rhinolophus sinicus),并且位于系统发育树的同一分支中。但是,基因组和ORF1a同源性表明该病毒与来自这五种动物的冠状病毒不是同一冠状病毒,而该病毒与蝙蝠冠状病毒分离株RaTG13的同源性最高。

  • 原文来源:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32169616
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    • Trudy M. Wassenaar等于2020年2月14日在Letters in Applied microbiology上发表题为“2019_nCoV: Rapid classification of betacoronaviruses and identification of traditional Chinese medicine as potential origin of zoonotic coronaviruses”的文章 新型SARS样冠状病毒2019-nCoV的暴发,因为各种β冠状病毒物种的编码序列可能高度不同,说明了鉴定新型冠状病毒及其天然宿主的困难。通过全基因组序列比较,发现病毒基因组的非编码侧翼可用于分离公认的四个β冠状病毒亚种,靶序列在理论上可以将新型病毒种分类为其亚种。只用Sarbecovirus的253个上游非编码序列足以鉴定该亚属物种之间的遗传相似性。从蝙蝠物种中获得的许多冠状病毒基因组,这些蝙蝠经常用于中药中,处理它们可能会引起人畜共患病冠状病毒的流行。