《2019年新型冠状病毒的MRCA时间和流行病动态》

  • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
  • 编译者: 蒋君
  • 发布时间:2020-02-08
  • 使用贝叶斯框架,从GISAID提供的33个基因组序列中,推断出以有效繁殖数(Re)随时间变化所代表的时间校准的系统发育和流行动态。预测了新型冠状病感染肺炎疫情的起始时间为2019年12月17日(95%置信区间为2019年12月5日-2019年12月23日),中位有效传染数Re在0.2~2.2之间,具体数值随着时间发生显著变化。这项研究为2019-nCoV流行提供了一个早期视角。然而,由于数据量有限,在这个阶段解释结果时应该谨慎。

  • 原文来源:;https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/01/31/2020.01.25.919688.full.pdf
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    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:wangyb
    • 发布时间:2020-01-29
    • 【预测2019-nCoV疫情开始时间为2019年12月17日,目前处于早期阶段。】 发表时间:2020年1月26日 发表团队和机构:中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、中国科学院生物演化与环境卓越创新中心 作者:Chi Zhang, Mei Wang 文章主要内容如下: 系统发育数据揭示了24种BetaCoV病毒的分歧时间和关系,来自武汉的样本形成了一个并系群,其余样本则形成了一个单系进化枝。研究人员认为,这两个支系之间并没有分歧,因为它们的序列非常相似,这说明暴发还处于早期阶段。 该研究估计疫情开始时间为最新样本日期2020年1月18日之前的31.9天(中位数31.9天,95%的最高后验密度区间:26.3天到43.8天),即预计为2019年12月17日(2019年12月5日到2019年12月23日)。这在最初这些群集报告之前的平均14天之内,再次表明该暴发处于早期阶段。 研究人员使用在BEASK2的BDSKY软件包中实现的BDSS模型来推断系统发育、分歧时间和2019-nCoV的流行动态。该模型具有重要的流行病学参数,即有效生殖数Re,其定义为在流行期间由感染者引起的预期的继发感染数。该模型允许Re随时间变化,从而使其动力学估算变得可行。Re > 1.0表示病例数在增加,疫情在扩大,而Re <1.0表示疫情在减弱,将会消失。其它两个参数是非传染性比率δ和采样比例p,假定为随时间恒定。该疫情在12月31日之前呈早期上升趋势,Re约为2.0,从2020年1月13日至15日,这一数值增加到2.5以上。这与其它一些报道Re在3.3到5.5之间的研究一致。相比之下,香港在控制前阶段SARS的Re值估计为2.7至3.6。
  • 《2月20日_中国最新的2019年新型冠状病毒疾病流行动态:描述性研究》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:zhangmin
    • 发布时间:2020-02-22
    • 1.时间:2020年2月20日 2.机构或团队:上海交通大学;上海同济医院肾内科;大连医科大学第一附属医院肾内科;瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所;上海交通大学附属第六人民医院肾内科 3.事件概要: 2020年2月20日,上海交通大学和上海同济医院肾内科等在《柳叶刀》预印平台上发表题为“Dynamics of the Latest 2019 Novel Coronavirus Disease Epidemic in China: A Descriptive Study”的文章。 2019年12月,中国湖北发生新型冠状病毒(COVID-19)病例。COVID-19的暴发已迅速蔓延,但很少对流行病学特征的细节进行评估。本研究报道了COVID-19在中国的流行动态。通过回顾分析了由中国国家卫生委员会和世界卫生组织共享的COVID-19病例报告,描述了COVID-19在湖北和疫区以外地区的流行病学分布和动态特征。结果表明,截至2020年2月14日,全球COVID-19确诊病例达66997例,其中66492例分布于中国大陆、港澳台地区31个省市全球四大洲505例,病死率为2.28%;大部分确诊病例(82.10%),疑似病例(61.70%),重症病例(91.84%)和死亡病例(95.67%)集中在湖北。全国范围内的病死率为2.28%,湖北为2.67%,其余地区为0.55%;湖北省内外重症病例所占比例分别为18.60%和6.73%,治愈率分别为8.77%和27.49%;从2月4日起,湖北以外地区每日确诊的病例有所减少,2月12日以后,日治愈病例超过新确诊病例。 解释:COVID-19主要在湖北省暴发。湖北以外地区的病死率较低,这反映了有效的检疫措施和医疗护理。由于假阴性核酸检测而被低估的病例意味着实际死亡人数低于当前的估计数。湖北扩大临床诊断标准的结果导致COVID-19病例急剧上升,但这可以抵消诊断的低估并确保对高度怀疑的病例进行及时的医学干预。需要通过调查各个地区人口的人口统计学特征和风险因素来弥补对COVID-19实际动态知识的临时差距和地理差异的异质性。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件:https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3539671