【预测2019-nCoV疫情开始时间为2019年12月17日，目前处于早期阶段。】
发表时间：2020年1月26日
发表团队和机构：中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、中国科学院生物演化与环境卓越创新中心
作者：Chi Zhang, Mei Wang
文章主要内容如下：
系统发育数据揭示了24种BetaCoV病毒的分歧时间和关系，来自武汉的样本形成了一个并系群，其余样本则形成了一个单系进化枝。研究人员认为，这两个支系之间并没有分歧，因为它们的序列非常相似，这说明暴发还处于早期阶段。
该研究估计疫情开始时间为最新样本日期2020年1月18日之前的31.9天（中位数31.9天，95%的最高后验密度区间：26.3天到43.8天），即预计为2019年12月17日（2019年12月5日到2019年12月23日）。这在最初这些群集报告之前的平均14天之内，再次表明该暴发处于早期阶段。
研究人员使用在BEASK2的BDSKY软件包中实现的BDSS模型来推断系统发育、分歧时间和2019-nCoV的流行动态。该模型具有重要的流行病学参数，即有效生殖数Re，其定义为在流行期间由感染者引起的预期的继发感染数。该模型允许Re随时间变化，从而使其动力学估算变得可行。Re > 1.0表示病例数在增加，疫情在扩大，而Re <1.0表示疫情在减弱，将会消失。其它两个参数是非传染性比率δ和采样比例p，假定为随时间恒定。该疫情在12月31日之前呈早期上升趋势，Re约为2.0，从2020年1月13日至15日，这一数值增加到2.5以上。这与其它一些报道Re在3.3到5.5之间的研究一致。相比之下，香港在控制前阶段SARS的Re值估计为2.7至3.6。
