《Cell | 在宿主细胞中可视化蓝舌病毒RNA基因组与衣壳蛋白的组装过程》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-04-18
  • 2024年4月12日,加州大学洛杉矶分校周正洪团队在Cell上发表题为RNA genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus visualized in host cells的论文,利用cryo-EM和cryo-ET等多种方法探究dsRNA病毒BTV在宿主细胞内复制组装的的机理。

    该研究团队多年来一直以蓝舌病毒(bluetongue virus,BTV)为模式系统来研究dsRNA病毒的生命周期。蓝舌病毒是无囊膜双链RNA病毒的一个典型代表,其能够感染牛、羊、鹿等动物而引起严重的传染性疾病蓝舌病,致死率超过90%。BTV病毒颗粒由三层衣壳蛋白包裹着10段双链RNA基因组构成。内层蛋白为VP3,中间层为VP7,外层为膜穿孔蛋白VP5和受体结合蛋白VP2。10段基因组首先以ssRNA的形式包装进衣壳内然后复制成为dsRNA,这个过程极为复杂,一直都是领域内悬而未解的难题之一。BTV病毒组装的研究难点在于病毒具有多层复杂结构,组装过程高度动态,其中间状态难以捕捉。

    继2021年在Nature Microbiology发文阐明BTV病毒在低pH条件入侵宿主细胞的机理后,研究团队紧接着利用聚焦离子束减薄(cryo-FIB)和冷冻电子断层成像(cryo-ET)相结合的技术来探究病毒在宿主细胞内复制组装过程的原位信息(图1)。在这个流程中,首先在冷冻电镜载网上培养宿主细胞然后用BTV病毒感染。感染的宿主细胞通过cryo-FIB切割减薄为厚度大约200 nm的细胞薄层然后收集cryo-ET原位数据以分析宿主细胞内病毒的各种状态。进一步通过亚断层平均分析捕获了多种病毒组装的中间状态,包括单层的pre-subcore,双层的core,三层的pre-virion和virion等。其中pre-subcore是此研究中首次发现的一个状态,它属于病毒组装的早期中间体,对于理解病毒基因组包装至关重要。

    在此基础上,通过结合单颗粒分析、体外重组和突变体的生化细胞功能验证,研究者们一共解析了11个病毒基因组包装和衣壳组装的中间体。之前的研究表明病毒蛋白VP6对于BTV基因组RNA的组装至关重要,在VP6突变株中,病毒组装的衣壳都是空心的,不含RNA。在以上解析的11个中间体中,pre-subcore是一个5次轴处有内陷的VP3组成的单层颗粒,内部含有部分RNA密度。之前未知的VP6蛋白以五聚体的形式结合在VP3下方,具有RNA结合功能,可以将基因组ssRNA从衣壳外部通过5次轴通道运送到衣壳内部。而体外生化实验表明ssRNA又能反过来促进衣壳蛋白的组装。这些研究揭示了BTV组装过程同时具有ssRNA病毒衣壳蛋白和基因组共组装的特性和dsDNA病毒衣壳蛋白预组装的特性,统一了先前相互矛盾的模型。在10段ssRNA基因组相互作用同时被包裹进衣壳后,由RNA聚合酶VP1复制成为dsRNA,此过程中内陷的VP3向外扩张成为球形,紧接着中间层和外层蛋白依次组装形成一个完整的病毒颗粒并释放到细胞外。

    综上,该研究结合多项技术同时探究dsRNA病毒在宿主细胞内复制组装的机理,提出了BTV病毒组装的“二重性”模型,为其他类型病毒的研究提供了参照,也为相应抗病毒疫苗和药物的开发提供可宝贵的科学依据。

  • 原文来源:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00299-X
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  • 《Semliki森林病毒的衣壳蛋白拮抗哺乳动物细胞中的RNAi。》

    • 来源专题:实验室生物安全
    • 编译者:张虎
    • 发布时间:2019-11-26
    • RNA干扰(RNAi)是真核生物中保守的抗病毒免疫防御,已发现许多病毒编码RNAi(VSR)的病毒抑制剂来抵消抗病毒RNAi。甲病毒是一大类正链RNA病毒,它们在蚊子和哺乳动物中均保持其传播和生命周期。然而,关于α病毒在两种宿主生物中如何拮抗RNAi的知识很少。在这项研究中,我们确定了Semliki森林病毒(SFV)衣壳蛋白可以通过隔离dsRNA和siRNA来有效抑制昆虫和哺乳动物细胞中的RNAi。更重要的是,当SFV衣壳的VSR活性被反向遗传基因灭活时,所得的VSR缺陷型SFV突变体在哺乳动物细胞中显示出严重的复制缺陷,可以通过阻断RNAi途径来挽救它。此外,辛德比斯病毒(SINV)的衣壳蛋白也抑制细胞中的RNAi。总之,我们的发现表明SFV使用衣壳蛋白作为VSR拮抗感染的哺乳动物细胞中的RNAi,这种机制可能被其他α病毒利用,这为SFV和α病毒的知识提供了新的认识。链RNA病毒,包括许多重要的人类病原体,例如基孔肯雅病毒,罗斯河病毒,西方马脑炎病毒等,这些病毒在全球范围内构成了正在出现和重新出现的公共卫生威胁。 RNA干扰(RNAi)是植物和昆虫中最重要的抗病毒机制之一。越来越多的证据为哺乳动物中抗病毒RNAi的存在提供了有力的支持。响应于抗病毒RNAi,病毒已进化为编码RNAi的病毒抑制剂(VSR)以拮抗RNAi途径。尚不清楚α病毒是否编码在哺乳动物感染过程中能抑制抗病毒RNAi的VSR。在这项研究中,我们首先发现由原型甲病毒Semliki Forest病毒(SFV)编码的衣壳蛋白具有强大的VSR活性,可以在哺乳动物细胞中感染SFV的情况下拮抗抗病毒RNAi,并且这种机制可能被其他甲病毒。
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-10-31
    • 核衣壳蛋白(Nucleocapsid,N蛋白)作为冠状病毒的主要结构蛋白之一,在新冠病毒的生命周期中起着至关重要的作用。它可以与病毒RNA形成核糖核蛋白(Ribonucleoprotein,RNP)复合物,以保护病毒基因组,参与病毒粒子的组装【1,2】。同时,N蛋白还可以调节病毒的复制、转录、与膜蛋白的相互作用,一些研究也发现,N蛋白还与宿主蛋白相互作用,来诱导宿主的免疫反应或调控被感染细胞的细胞周期。   N蛋白由N端结构域(NTD),C端结构域(CTD)以及三个内源的无序区(IDRs)所组成,N端主要发挥与RNA结合的功能,C端的功能主要是多聚化【3,4】。鉴于N蛋白的重要性,NTD和CTD可能成为药物开发的关新型靶点,而且帮助人们加深对RNP形成过程的理解,因此相关研究十分必要。   2022年10月27日,北京协和医院张抒扬课题组联合清华大学生命学院薛毅课题组以及中国科学院上海药物研究所徐华强课题组,在 Science Bulletin 期刊上发表题为Antiviral drugs design based on structural insights into the N-terminal domain and C-terminal domain of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 的研究论文。 研究团队分别解析了SARS-CoV-2 N蛋白的NTD和CTD的晶体结构,同时首次解析了NTD与RNA复合物(NTD-RNA)的晶体结构(图1 左,右上)。   整体上,NTD的晶体结构表现为独特的四聚体结构,NTD-RNA复合物的晶体结构揭示了不同的RNA结合模式,这可能有助于帮助人们加深对RNP的形成过程的认知。同时,研究团队还通过药物筛选,发现第三代抗生素头孢曲松钠(Ceftriaxone Sodium),是一种能够同时与NTD和CTD结合的小分子化合物。   通过进一步的核磁滴定实验发现,得到NTD与头孢曲松钠关键的结合位点,并通过分子对接获得了复合物模型(图1右下),与NTD-RNA复合物的结构相比,发现二者与NTD的结合位点是相似的(图2)。所以,头孢曲松钠通过阻断RNA与NTD的结合,抑制RNP的形成,从而阻断SARS-CoV-2病毒的生活周期。该项工作为研究SARS-CoV-2中RNP形成的分子机制提供了基础,也为靶向N蛋白的抗病毒药物设计的后续研究提供新的见解。 清华大学博士生栾晓东、黎欣明(已毕业)、李宇凡和苏庚辰为共同第一作者,北京协和医院张抒扬教授、清华生命科学学院薛毅以及中国科学院上海药物所徐华强研究员为共同通讯作者。研究得到了北京市自然科学基金、中国医学科学院创新工程、清华-北大生命联合中心等项目和单位的经费支持。 参考文献: [1]Yao H, Song Y, Chen Y, et al. Molecular architecture of the sars-cov-2 virus. Cell 2020;183:730-738 e713. [2] Klein S, Cortese M, Winter SL, et al. SARS-CoV-2 structure and replication characterized by in situ cryo-electron tomography. Nat Commun 2020;11:5885. [3] Chang CK, Hou MH, Chang CF, et al. The SARS coronavirus nucleocapsid protein – Forms and functions. Antiviral Research 2014;103:39-50. [4] Peng TY, Lee KR, Tarn WY. Phosphorylation of the arginine/serine dipeptide-rich motif of the severe acute respiratory syndrome coronavirus nucleocapsid protein modulates its multimerization, translation inhibitory activity and cellular localization. FEBS J 2008;275:4152-63.