本发明属于生物技术领域,具体为一种以菊芋、菊苣等果糖基生物质为原料制备富含阿洛酮糖的高果糖浆的方法。果聚糖是继蔗糖、淀粉之后,植物中第三大储藏性碳水化合物,菊芋、菊苣等抗逆植物富含果聚糖,是果糖的天然来源。本发明公开一种以果糖基生物质为原料,通过外切菊粉酶和阿洛酮糖差向异构酶双酶偶联,一步法制备富含阿洛酮糖的高果糖浆的方法。获得高果糖浆产品中阿洛酮糖占总还原糖的20%以上,具有低热量、降低血糖、促进血液健康、改善脂肪代谢等特殊生理功能,可广泛应用于功能性食品、保健品、饲料等领域。