与多年来益生菌的安全使用相反，它们的威胁仍然值得关注。在病例报告、临床试验和实验研究中解释或提到了一些风险。由于全球有大量的益生菌产品，这些产品的安全性是一个值得关注的问题。目前的审查评估了关于益生菌在不同消费者群体中产生的一系列不良影响的所有现有信息，以及几乎所有有关益生菌不良影响的合格调查和报告。此外，还研究了益生菌的基本或原始来源的影响。益生菌的主要不良反应为全身感染、胃肠道副作用、皮肤并发症、心内膜炎症、益生菌向正常菌群的基因转移、益生菌对代谢的有害影响以及免疫系统的刺激。最危险的群体包括婴儿、老年人、住院病人和因遗传或后天疾病而有免疫缺陷的人。现有证据表明，在处方或推荐使用益生菌之前，应仔细评估益生菌的风险效益比。
