《中国科学院海洋研究所利用基因编辑技术获得优质抗虫的经济微藻新种质》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2022-12-13
  • 近日,中国科学院海洋所藻类生理过程与精准设计育种研究团队在基因编辑技术创制新种质研究方面取得新进展,获得了抗虫且油脂含量高的海洋硅藻--三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)新种质,相关研究成果在国际生物技术领域TOP期刊Biotechnology for Biofuels and Bioproducts上发表。同时,该团队利用基因编辑技术敲除了三角褐指藻的隐花色素基因获得了高岩藻黄素含量的新种质,近期在藻类学期刊Algal Research上发表。

    三角褐指藻是一种重要的经济微藻,不仅可作为重要的水产饵料,还是一种高值产物的原材料。然而,原生动物的污染已成为三角褐指藻大规模养殖的主要限制性因子。因此,培育优质抗虫的三角褐指藻新种质势在必行。

    藻类生理过程与精准设计育种研究团队经过多年的努力,在三角褐指藻中发现了一个新基因(Pt2015)。该团队利用CRISPR/Cas9基因编辑技术敲除了Pt2015,发现Pt2015的敲除藻株在细胞形态和生长速度,与野生型无显著差异。该团队发现Pt2015的过表达可导致三角褐指藻的细胞形态由梭型向具有特殊空间结构的三出放射型转变,表明Pt2015蛋白是三角褐指藻细胞梭型向三出放射型转变的正向触发因子。研究还发现,由Pt2015过表达导致的三出放射型藻株经济性状极其稳定。该Pt2015过表达藻株呈现立体的三出放射型,对主要敌害动物(阿米巴)表现出明显的抵抗能力(增强了2倍),同时细胞内总脂含量比野生型高约30%,而且生长速度与野生型无差异。这一基因的发现以及敲除和过表达藻株的获得,不仅有助于我们深入认识硅藻细胞形态转变机制,而且将为三角褐指藻的大规模培养提供油脂含量高且抗虫能力强的新种质。

    三角褐指藻还富含活性物质如EPA,DHA和岩藻黄素等,其中岩藻黄素具有抗肿瘤、抗炎、抗氧化、减肥等多种功效,已成为海洋产业中的“明星产品”。过去主要从大型褐藻中提取岩藻黄素,然而得率低且品质不佳。目前,三角褐指藻已成为提取岩藻黄素的重要原材料。藻类生理过程与精准设计育种研究团队利用基因编辑技术敲除了三角褐指藻的隐花色素基因(CryP),突变藻株的岩藻黄素含量显著升高。 这一研究成果将为岩藻黄素相关产业提供备选经济藻株。

    发表在Biotechnology for Biofuels and Bioproducts的研究论文第一作者为高山副研究员和周璐博士, 通讯作者为王广策研究员。发表在Algal Research的研究论文第一作者为硕士研究生杨文婷,通讯作者为高山副研究员和王广策研究员。研究得到了国家重点研发计划、山东省重点研发计划、国家藻类产业技术体系及国家自然科学基金等项目的资助。

    相关研究成果:

    Gao Shan#, Zhou Lu#, Yang Wenting, Wang Lijun, Liu Xuehua, Gong Yingchun, Hu Qiang and Wang Guangce*. Overexpression of a novel gene (Pt2015) endows the commercial diatom Phaeodactylum tricornutum high lipid content and grazing resistance. Biotechnology for Biofuels and Bioproducts, 2022, 15:131, 1-19

    https://doi.org/10.1186/s13068-022-02221-y

    Yang Wenting, Zhou Lu, Wang Jing, Wang Lijun, Gao Shan*, Wang Guangce* Knockout of a diatom cryptochrome by CRISPR/Cas9 causes an increase in light-harvesting protein levels and accumulation of fucoxanthin. Algal Research, 2022, 66,102822.

    https://doi.org/10.1016/j.algal.2022.102822

  • 原文来源:http://www.qdio.cas.cn/2019Ver/News/kyjz/202212/t20221205_6566380.html
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    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2022-06-07
    • 近日,中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室张琳琳团队在牡蛎基因组编辑方面获新进展,相关成果在学术期刊Frontiers in Marine Science发表。 随着对高品质动物蛋白需求的迅速增长,水产养殖正成为人类食用海产品的主要来源。然而,与许多成熟的陆生牲畜和作物系统相比,大多数水产养殖物种育种仍处于驯化的早期阶段。传统的育种方式,如选择、杂交和标记辅助育种系统,已经推进了水产养殖物种经济性状(包括抗病性、营养价值和生长质量等)的遗传改良。基因组编辑技术是近年来研究基因功能和解析性状最直接有效的方法,其中CRISPR/Cas9基因编辑技术因具有操作简单、靶点选择广、成本低、效率高等优点,为重要水产物种经济性状的遗传解析和良种培育提供了最直接有力的工具。 牡蛎为世界大宗水产养殖贝类,但和水产鱼类相比,基因组编辑育种技术在牡蛎中应用还处于起步阶段。针对牡蛎卵径小(~50 μm)、显微操作难、幼虫死亡率高、间接发育时间时间长以及在获得可遗传纯系方面难度大、成本高、耗时长的难题,中国科学院海洋所张琳琳研究团队经过长期的研究攻关,搭建了一套基于电穿孔的Cas9/sgRNA复合物高通量递送和突变体快速检测的技术平台,成功实现了对牡蛎(Crassostrea gigas angulate)基因组中标记基因(β-tubulin)的高效编辑。 研究采用作者前期研发的“长片段缺失镶嵌性突变技术”(Zhang L., et al, 2016, Nature Communications; Zhang L., et al., 2017, PNAS)。通过同时电穿孔多个靶基因sgRNAs,研究人员在长牡蛎靶向基因中检测到超过300 bp的长片段缺失突变,这使得研究人员可以使用PCR和常规琼脂糖凝胶电泳对突变体进行快速筛选和基因分型。这种同时传递两个以上sgRNAs以获得长片段缺失的策略是一个显著的改进,大大简化了基因组编辑基因型检测的工作流程。此外,利用原位杂交和行为学分析等表型检测手段,研究人员在牡蛎G0代幼虫中观察到了表型的镶嵌型突变(纤毛的缩短、缺失)和运动能力下降。这种镶嵌型突变有利于研究人员在G0代个体中对突变表型进行快速的鉴别,同时也能规避目标基因完全缺失导致的胚胎致死性。该研究在海洋经济贝类牡蛎中建立了基于电穿孔和长片段缺失镶嵌性突变的CRISPR/Cas9基因编辑平台,可为今后基于CRISPR/Cas9基因组编辑技术在海洋贝类中开展基因功能研究提供有益的参考,同时也为牡蛎以及其他水产养殖物种的基因组编辑育种提供有力的工具。 实验海洋生物学重点实验室博士后产久林和硕士研究生张韦为论文的共同第一作者,张琳琳研究员为通讯作者,科研助理许悦、研究生薛雨、吴富村副研究员、张国范研究员和李莉研究员参与了该项目。研究得到了山东省“海洋生命资源绿色发展技术与应用”工作站,中国科学院先导专项B和国家海外引才计划青年项目等项目的资助。 相关成果如下: 1.Chan, J.#, Zhang, W.#, Xu, Y., Xue, Y. & Zhang, L.* (2022). Electroporation-based CRISPR/Cas9 mosaic mutagenesis of β-tubulin in the cultured oyster. Frontiers in Marine Science, 9: 912409. doi: 10.3389/fmars.2022.912409. 2.张琳琳,许悦,张韦,产久林。快速获得基因型和表型突变的CRISPR/Cas9基因敲除方法及应用,专利申请号202210378237.8。 3.张琳琳,张韦,许悦,产久林。长牡蛎β-tubulin基因的电穿孔基因编辑方法及应用,专利申请号202210378335.1。 4.张琳琳,许悦,吴富村。一种皱纹盘鲍CRISPR/Cas9基因编辑的方法,专利申请号202111053880.5。 5.Zhang, L., Mazo-Vargas, A. & Reed R.* (2017). A single master regulatory gene coordinates the evolution and development of butterfly color and iridescence. Proceedings of the National Academy of the USA, 114(40):10707-12. 6.Zhang, L. & Reed R.D.* (2016). Genome editing in butterflies reveals that spalt promotes and Distal-less represses eyespot colour patterns. Nature Communications, 7, 11769.
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    • 编译者:liguiju
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    • 近日,中国科学院海洋研究所刘建国研究员课题组在深海微生物主导参与锰结核成矿研究上取得重要突破,相关结果以2篇研究论文分别在国际TOP学术期刊Chemosphere(IF=8.94)和Ecotoxicology and Environmental Safety(IF=7.129)上发表,该成果诠释了微生物代谢在锰离子富集及成矿中的作用机制。 锰结壳广泛分布于2000米以深的海底,在密集区每平米可达到百公斤以上,全球海底总储量估计约3万亿吨以上,是重要的战略性矿产资源。海底锰结壳通常生长于海底坚硬的海山或基岩上,其成因可能与深海特殊地质环境的物理化学条件或生物过程有关,但至今尚未有一致的观点。除了海底地质环境和物理化学条件以外,微生物矿化作用也非常值得关注。一些微生物的成矿效率可达物理化学作用的105倍以上,在锰结壳形成过程中可能发挥着重要作用。 研究团队从深度为~2500 m西太平洋海底获得的锰结壳样品中,首先分离获得一株耐高浓度锰离子的深海菌株寡养单胞菌(Stenotrophomonas sp. MNB17),进而利用该菌株开展模式实验。结果表明:单胞菌菌株MNB17直接参与锰元素的富集与成矿过程,并证实其催化成矿类型与锰离子浓度有关,即锰离子浓度的高低决定着不溶性的碳酸锰和氧化锰形成。其中,在相对低浓度中,菌株MNB17可形成以菱锰矿(JCPDS#44–1472)为主的矿物;而在相对高浓度中,则形成以氧化锰矿(JCPDS#81–2261)为主的矿物。 研究团队通过代谢组学诠释了菌株在不同锰离子浓度下如何调控形成不同锰矿的过程。结果表明:在不同锰浓度下该菌株的能量代谢存在明显差异。其中,在相对低浓度锰离子溶液中,菌株MNB17有氧及无氧呼吸旺盛,同时脂肪酸发生降解,可为菌株代谢提供充足的能量,进行氨化作用形成菱锰矿;而在相对高浓度锰离子溶液中,菌株有氧及无氧呼吸下降,导致氨化作用减弱,负责锰离子氧化的多铜氧化酶的表达显著提高,因此氧化锰矿占比相应增加。此外,研究人员还通过向高浓度锰离子溶液中添加外源有氧呼吸底物,成功地将氧化锰矿转变为菱锰矿,验证菌株MNB17可通过调节能量代谢,参与不同浓度锰离子中的成矿过程,并决定最终成矿类型。 研究团队的另一结果还发现:高浓度锰离子条件下,菌株胞内ROS生成明显增加,ROS也参与催化氧化锰矿的形成。转录组学揭示:在锰离子培养条件下,菌株MNB17的组氨酸合成通路基因显著上调。组氨酸是α-酮戊二酸的前体,α-酮戊二酸通过非酶催化反应消除胞内过剩的ROS,减少氧化锰矿的生成。在此基础上,研究人员通过向高浓度锰离子溶液中外源添加组氨酸,成功地将氧化锰矿转变为菱锰矿,进而也验证了组氨酸代谢也参与了菌株MNB17锰成矿形式。 上述成果为微生物参与锰矿形成过程提供了实验证据,并诠释了其作用机制。我所实验海洋生物学重点实验室藻类与藻类生物技术团队的杨娜副研究员为上述论文的通讯作者,深海极端环境与生命过程中心张国良研究员在研究中做出了突出贡献。研究得到了中国科学院战略先导B专项和青岛海洋科学与技术试点国家实验室项目资助。 论文链接: Fuhang Song, Guoliang Zhang, Xiuli Xu, Steven W. Polyak, Kai Zhang, Honghua Li, Na Yang*. 2022. Role of intracellular energy metabolism in Mn(Ⅱ) removal by the novel bacterium Stenotrophomonas sp. MNB17. Chemosphere, 308,136435. https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2022.136435 Fuhang Song, Guoliang Zhang, Honghua Li, Linlin Ma, Na Yang*. 2022. Comparative transcriptomic analysis of Stenotrophomonas sp. MNB17 revealed mechanisms of manganese tolerance at different concentrations and the role of histidine biosynthesis in manganese removal. Ecotoxicology and Environmental Safety, 244, 114056. https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2022.114056