《Immunity:上海药物所合作揭示CD4+T细胞中新的DNA感知通路及其介导衰老相关自身免疫病的调控机制》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2021-03-09
  • 人口老龄化是世界面临的重大社会问题。随着年龄增大,正常机体会表现为衰老的状态,而免疫系统的衰老是其中突出和重要的问题,也是老年个体易发慢性炎症与自身免疫疾病的重要原因。T细胞介导的适应性免疫是机体诱发自身免疫性炎症的关键驱动力,虽然衰老引起的胸腺萎缩会导致初始T细胞输出减少,然而老年个体外周T细胞的数量并没有减少,原因是由于外周T细胞在衰老的状态下会发生稳态增殖(homeostatic proliferation)与活化,进而促进炎症的发生发展。然而,衰老诱导T细胞稳态增殖进而促进自身免疫性炎症发生发展的具体调控机制尚不清楚。

      衰老会促进细胞内与循环系统中游离DNA的增加,而对自身DNA的反应会增加机体诱发自身免疫性疾病的风险,如果细胞质中降解DNA的酶(如Trex1、Dnase I或DNase II)的基因缺失,则会使小鼠诱发自发的全身性自身免疫炎症。同样人类DNASE1或TREX1的功能丧失突变(loss-of-function mutation)也与部分人群的自身免疫性疾病有关。因此,衰老诱导的DNA积累可能是其自身免疫发展的关键所在。此外,有研究表明T细胞去除后可显著抑制Trex1基因敲除小鼠自发的自身免疫性炎症和死亡,提示T细胞可能在调节DNA诱导的自身免疫中的潜在作用。

      2021年3月4日,中国科学院上海营养与健康研究所肖意传课题组与中国科学院上海药物研究所郑明月研究员合作在Immunity 期刊上发表了研究论文 Cytoplasmic DNA sensing by KU complex in aged CD4+ T cell potentiates T cell activation and aging-related autoimmune inflammation 。该研究揭示KU复合物介导CD4+T细胞中的DNA感知,进而介导衰老相关自身免疫病的调控机制。

      在本研究中,研究人员发现在老年小鼠和人的CD4+T细胞胞质中存在DNA大量累积的现象,且这些积累的DNA会促进TCR诱导的CD4+T细胞的增殖与活化,并促进小鼠自身免疫性炎症的发生发展,说明T细胞自身会通过DNA感知促进其功能活化。固有免疫细胞中DNA的感知主要依赖于cGAS/STING系统,进而通过激活IRF3介导I性干扰素的产生。进一步研究发现,CD4+T细胞中cGAS的表达水平非常低,因此DNA的增加并不会促进cGAS/STING下游IRF3的激活与I性干扰素的产生。研究人员接着通过质谱结合免疫印迹技术发现T细胞中细胞质DNA并不与cGAS,而是与KU复合物(KU70/KU80)进行结合。如果利用小分子抑制剂STL127705阻断KU复合物与DNA的结合,则显著抑制了DNA诱导的CD4+T细胞的增殖与活化,进而缓解了老年小鼠自身免疫性炎症的发生发展,说明DNA诱导的T细胞功能活化确实是通过KU复合物感知DNA介导的。通常情况下,KU复合物与DNA依赖的蛋白激酶的催化亚基(DNA-PKcs)一起介导细胞核中的DNA损伤修复。而本研究发现KU复合物在T细胞的细胞质中大量表达,其感知CD4+T细胞质中积累的DNA后促进了DNA-PKcs的磷酸化激活,进而介导了ZAK的T169位点的磷酸化,ZAK再通过磷酸化AKT激活下游mTOR通路,从而增强了CD4+T细胞的增殖和活化。因此,CD4+T细胞中KU复合物介导的DNA感知通路的激活是导致老年小鼠自身免疫性炎症的发生发展的关键机制。

      为了探索干预这一新发现的DNA感知通路进而抑制衰老相关自身免疫性炎症的治疗策略,研究人员利用热量限制(CR)或模拟间歇性进食(FMD)处理老年小鼠,发现这两种节食模式都能显著降低老年小鼠CD4+T细胞的DNA损伤和细胞质DNA累积,从而抑制了ZAK-T169位点的磷酸化以及下游AKT/mTOR信号的激活,最终抑制了CD4+T细胞的活化和衰老相关自身免疫病症状。进一步研究表明,基于DNA感知通路中鉴定到的关键蛋白激酶ZAK,研究人员利用深度学习结合分子模拟的方法从大约13万个化合物库中筛选获得了可特异性抑制ZAK激酶活性的小分子化合物iZAK2,发现iZAK2可有效地抑制DNA诱导的CD4+T细胞增殖活化,由此缓解了老年小鼠自身免疫病的病理症状。

      综上所述,该研究揭示了衰老CD4+T细胞中不依赖于cGAS/STING的DNA感知信号通路,其可促进T细胞的活化和增殖并导致衰老相关自身免疫病的发生发展。进一步研究和开发阻断T细胞中DNA感知信号传导的抑制剂可能有利于临床治疗衰老相关的自身免疫性疾病。

      上海营养与健康研究所博士生王艳为该论文的第一作者,肖意传研究员和上海药物所郑明月研究员为论文的共同通讯作者。

      原文链接:https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.02.003

  • 原文来源:https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.02.003;http://www.simm.ac.cn/web/xwzx/kydt/202103/t20210309_5971479.html
相关报告
  • 《NSR | 上海药物所合作揭示肝细胞癌癌旁组织临床相关的分子特征》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-06-06
    • 现有肿瘤学研究大多聚焦肿瘤组织,通常将癌旁组织作为对照,很少进行深入研究。然而,基因测序和转录组分析表明,癌旁组织存在一定的基因突变和染色质拷贝数变异,与正常组织明显不同,被认为是一种介于正常组织和肿瘤组织的中间态。原发性肝癌是我国发病率第四位、死亡率第二位的恶性肿瘤。早期研究通过转录组测序,在肝细胞癌癌旁组织FFPE样本中报道了预后相关的基因表达特征,揭示了癌旁组织的分子异质性。蛋白质是生命活动的主要执行者,是95%以上药物的作用靶点,目前尚缺乏从蛋白质组层面对肝细胞癌癌旁组织的系统研究。   2023年6月2日,中国科学院上海药物研究所周虎研究员团队与复旦大学附属中山医院樊嘉院士和高强教授团队合作,在National Science Review(NSR)杂志发表了题为“Proteomics of adjacent-to-tumor samples uncovers clinically relevant biological events in hepatocellular carcinoma”的研究成果,该研究采用蛋白质组学技术系统揭示了肝细胞癌癌旁组织临床特征相关的分子特征,并深入探讨了肝癌癌旁组织与正常肝组织的蛋白质组学差异。   研究人员前期根据蛋白质组特征将肝细胞癌分成了三个亚型,即代谢驱动型、微环境失调型和增殖驱动型(Cell,2019),对三个亚型的配对癌旁组织进行蛋白质组分析发现其具备对应癌组织的分子分型特征,提示癌旁组织蛋白质组具有分子异质性(图a)。基于此,科研人员采用非监督聚类方法,根据蛋白质组数据将癌旁组织分为两个亚型S1型和S2型。其中S2型病人约占病人总数的15%,病人年龄偏大,ALT和γ-GT含量较高,预后较差且有较高的复发风险;S2型癌旁组织高表达的蛋白显著富集到ECM-受体相互作用通路、抗原处理和呈递、细胞粘附、PI3K-Akt信号通路等,而低表达的蛋白显著富集到各种代谢相关通路。上述癌旁组织分型标准在前期贺福初院士团队与樊嘉院士团队合作发表的高质量肝癌癌旁蛋白质组数据集(Nature,2019)中得到了验证(图b)。利用解卷积算法,研究团队在癌旁组织中预测了组织浸润免疫细胞组成,发现S2型癌旁组织中树突状细胞、CD8+T细胞、成纤维细胞等含量较高,并采用多重荧光免疫组化在癌旁组织芯片中进行了验证(图c)。进一步,团队采用DIA-MS技术,对正常肝组织、两个亚型的癌旁组织及其配对癌组织进行了定量蛋白质组学分析,聚类分析发现S1型癌旁与正常肝组织类似,而S2型癌旁与癌组织更为接近。相比于正常组织,在S1型癌旁组织中有112个上调蛋白和71个下调蛋白;其中13个上调蛋白为分泌蛋白,可作为潜在血液生物标志物用于肝癌的早期诊断;另一些差异蛋白,可能会参与肿瘤的免疫微环境重塑或促进肿瘤的复发(图d)。   近年来,周虎研究员团队通过开展合作,采用以蛋白质组学为核心的多组学技术,在肝癌肿瘤蛋白基因组研究(Cell,2019;Cancer Cell,2022)、肝癌发生发展相关重要蛋白的发现和功能研究(Advanced Science,2023)等方面取得了一系列科研成果。这些研究成果为肝癌的发生发展机制和潜在精准化靶向治疗方案提供了理论基础,研究产出的高质量大数据集将为肝癌的基础与临床研究提供重要支持。   上海药物所副研究员朱洪文博士、复旦大学附属中山医院林友培博士、南京中医药大学鲁大运博士和四川大学华西医院王诗盛博士为该论文的共同第一作者;朱洪文、高强教授和周虎研究员为该论文的共同通讯作者。该项工作得到了中山医院樊嘉院士、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心高大明研究员、美国贝勒医学院章冰教授、华盛顿大学医学院丁丽教授、美国西奈山伊坎医学院王沛教授的大力支持。该研究依托于中国科学院上海药物研究所公共技术中心的重大科研产出。该研究获得了科技部国家重点研发计划、上海市科委青年科技英才扬帆计划、中国科学院青年创新促进会、赛诺菲优秀青年科技人才等项目的资助。   论文全文链接:https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwad167/7189878 参考文章: 1.Gao Q. et al. Integrated Proteogenomic Characterization of HBV-Related Hepatocellular Carcinoma. Cell 2019;179:561–77. 2.Jiang Y. et al. Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma. Nature 2019;567:257–61. 3.Dong L. et al. Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma. Cancer Cell 2022;40:70–87. 4.Zhu H. et al. Elevated Nuclear PHGDH Synergistically Functions with cMyc to Reshape the Immune Microenvironment of Liver Cancer. Adv Sci 2023:e2205818.
  • 《Cell Discovery | 上海药物所高召兵课题组合作揭示MLKL通道执行细胞死亡和神经炎症分子机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-10-19
    •   MLKL(mixed-lineage kinase domain-like)是程序性坏死的执行蛋白,在发育、免疫、炎症等多种生理病理过程中起关键作用,与神经系统、免疫系统、肿瘤等疾病密切相关。然而,关于MLKL离子通道在细胞死亡及炎症等病理过程中如何发挥作用仍未阐明。   二磷酸磷脂酰肌醇(PIP2)分布于与细胞膜和多种细胞,是重要的细胞信号分子,参与多种生理和病理功能。近日,中国科学院上海药物研究所高召兵研究员团队联合复旦大学王盛博士等,证明PIP2是MLKL通道的内源性激动剂,PIP2增强通道功能并“点燃”MLKL介导的程序性坏死以及炎症免疫反应。该项研究成果以“Enhanced channel activity by PI(4,5)P2 ignites MLKL-related pathogenic processes”为题在国际期刊Cell Discovery发表。   该研究中,团队通过考察不同膜磷脂成分对MLKL通道的调控作用,发现PIP2浓度升高,MLKL通道电流幅度增大、电导提高,说明PIP2参与调控MLKL通道基本属性。通过突变扫描,研究团队找到了PIP2调控MLKL通道的关键氨基酸位点。随后,借助蛋白质组学研究,科研人员发现LPS刺激的BV2细胞中,PIP2合成代谢通路及炎性应答通路显著升高,同时MLKL的表达水平也明显升高。紧接着研究团队考察了MLKL通道被PIP2增强后的生物学效应。首先在程序性坏死模型中,PIP2显著增强程序性坏死,并与通道功能呈正相关;其次,在神经炎症模型中,发现MLKL通道可直接介导胞内钾离子耗竭,而细胞膜升高的PIP2可调节神经炎症的水平(图1)。该项研究为理解MLKL通道生理病理功能和靶向该通道调控细胞死亡和炎症相关疾病提供了新思路。   上海药物所夏冰清副研究员为该研究的第一作者,复旦大学郄静波博士为共同第一作者。高召兵研究员与王盛博士为共同通讯作者。上海药物所为本研究的第一完成单位。该工作得到国家重点研发计划、上海市启明星、国家自然科学基金委、中国科学院青年创新促进会等项目的资助。   原文链接:https://www.nature.com/articles/s41421-022-00451-w