系统性红斑狼疮（SLE）是一种以慢性炎症和多器官损伤为特征的、典型的自身免疫性疾病，狼疮患者的自身耐受降低并持续产生自身抗体。狼疮发病过程中复杂的自身免疫应答机制尚未被完全阐明。除了某些特定的遗传因素和环境触发因素可能致病外，肠道菌群对宿主免疫系统的重要调节作用也逐渐引起了科学家的注意，但目前尚缺乏对狼疮患者菌群特征的准确描述及相关致病机制的深入了解。
肠道菌群与宿主之间存在复杂的相互作用，其建立与宿主免疫系统的发育和功能密切相关。作者在包括类风湿关节炎、强直性脊柱炎和白塞病等多种自身免疫性疾病的患者中发现了异于常人的肠道菌群组成。最近的一些菌群研究提示在SLE患者肠道中存在某些细菌异常增多，表明肠道细菌失衡与SLE发生发展之间很可能存在某些关联。迄今为止，多种关于失调肠道菌群如何导致自身免疫的假说被提出，其中就包括异常的肠道菌群易位、对自身抗原表位的分子模拟和菌群代谢产物改变导致的异常免疫应答。近年来，有关SLE患者肠道菌群改变的前期报道均基于16s rDNA扩增子测序，随着技术的发展，鸟枪法全基因组测序则可以为SLE患者肠道菌群及其功能的鉴定提供更为丰富而精准的信息。
近日，中国科学院微生物所王军团队与北京协和医院张烜团队联合在Arthritis & Rheumatology期刊（IF=9.58，风湿学顶尖期刊）发表题为“The gut microbiota of non-treated patients with SLE defines an autoimmunogenic and proinflammatory profile” 的封面文章，运用全基因组鸟枪测序法对117名近期未治疗的SLE患者（其中52名包含治疗后样本）和115位性别、年龄匹配的健康对照的粪便菌群进行测序，发现SLE患者的肠道菌群和健康对照在物种组成和功能分布上均具有显著差异。包括Clostridium sp.、Atopobium rimae、Shuttleworthia satelles、Actinomyces massiliensis、Bacteroides fragilis和 Clostridium leptum等多种细菌在SLE患者肠道富集、而治疗后则显著降低（图1）。在菌群功能上，狼疮患者肠道菌群所介导的功能与对照组也存在差别，且功能差异比物种组成差异更为显著。在未经治疗的狼疮患者中，支链氨基酸的合成、肌醇降解和硫胺素（维生素B1）合成通路显著降低、治疗后才得以恢复；LPS合成通路显著上调、治疗后减少。作者进一步通过菌株的SNP特征分析证明狼疮病人肠道富集的菌株可能来源于口腔（图2）。并发现Odoribacter splanchnicus和Akkermansia muciniphila细菌产生的肽段不仅分别与狼疮特征性自身抗原Sm抗原和Fas抗原的表位高度相似，还与这些自身表位一样，可分别激活CD4+T细胞和B细胞，证明二者可能通过分子模拟机制触发自身免疫应答从而参与狼疮的发生发展。该研究建立了狼疮患者肠道菌群改变与免疫异常的密切关系，为今后通过调控肠道菌群来辅助治疗狼疮提供了理论基础。
中国科学院微生物研究所王军研究员、北京协和医院张烜主任为共同通讯作者。北京协和医学院陈蓓迪博士、北京协和医院贾鑫淼博士和中国科学院微生物研究所徐嘉悦博士为该论文的共同第一作者。该研究得到了国家十三五精准医学自身免疫病重大专项、中国科学院战略先导专项“病原体宿主适应性与免疫干预”，国家自然科学基金重点项目和面上项目，科技部重点研发等多项资金的资助。
