SARS-CoV-2的宿主内基因组变异性在开发有效的抗病毒药物和疫苗以及设计准确的诊断方面起着关键作用。我们分析了来自中国3例SARS-CoV-2患者临床样本的NGS数据，以确定病毒基因组中较小和较大的宿主内变异。我们在整个病毒基因组中发现了数十个低频率或高频率的单核苷酸变异(SNVs)，它们的密度各不相同，影响了10个蛋白编码病毒基因中的7个。这些snv中的大多数对应于错误的变化。经鉴定的SNVs以及所有当前流通的菌株变异的注释揭示了宿主内的共域化，以及目前在分子诊断分析中使用的引物和探针的菌株特异性SNVs。此外，我们重新组装了病毒基因组，以分离和验证宿主内部的结构变异和重组断点。生物信息学分析揭示了位于ORF1ab和spike (S)基因上的poly-A / poly-U区域的基因组重排，包括S基因内一个潜在的重组热点。我们的结果突出了SARS-CoV-2的宿主内基因组多样性和可塑性，指出了容易发生改变的基因组区域。分离出的SNVs和基因组重排反映了多态准种在患者体内的能力，这些准种可能在疫情暴发期间迅速出现，使病毒得以免疫逃逸，对抗病毒药物产生耐药性，并影响分子诊断化验的敏感性。
