《上海瑞金医院开展不同人群中新型冠状病毒受体ACE2的比较遗传分析》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-02-29
  • 2月24日,《Cell Discovery》上发表了上海交通大学医学院附属瑞金医院的题为“Comparative genetic analysis of the novel coronavirus (2019-nCoV/SARS-CoV-2) receptor ACE2 in different populations”的一篇通讯文章。最近的研究和分析表明ACE2可能是新型冠状病毒SARS-CoV-2的宿主受体,但文章作者ACE2在不同群体中的表达和功能遗传基础仍不清楚。
    为了系统地研究ACE2的潜在功能编码变异和群体间等位基因频率(AF)差异,文章分析了中国代谢分析项目(ChinaMAP)和1KGP(1000 Genomes Project)数据库中的ACE2基因区的1700个变异,得到了ChinaMAP、1KGP等大型基因组数据库中ACE2编码区的62个变异的等位基因频率,以及可能影响数据库中ACE2氨基酸序列的32个变异。分析数据表明,缺乏人群中冠状病毒S蛋白结合性的自然抗性突变的有力证据,低频率错义突变对S蛋白结合性的影响有待进一步研究。
    为了分析ACE2的eQTLs分布,作者使用了基因型组织表达数据库(GTEx)(https://www.gtexportal.org/home/datasets),在20个组织中发现了15个q值≤ 0.05的ACE2独特eQTL变异。通过比较发现,与欧洲人群相比,ChinaMAP和东亚人群中的15个eQTL变异具有更高的等位基因频率。最近关于亚洲和高加索人群肺组织中ACE2表达分析的报道仍有争议。文中的分析结果显示不同群体中ACE2的eQTL分布和Afs存在差异,表明了ACE2在不同群体中表达模式的多样性。此外,文中数据显示南亚和东亚eQTL的Afs存在中度差异,这表明亚洲不同群体和人种中ACE2表达可能有差异。
    综上所述,文章结果显示,没有直接证据表明在不同的群体中存在冠状病毒S蛋白结合抗性的ACE2突变。东亚群体在与组织中ACE2表达较高相关的eQTL变异中具有更高的AFs,这可能表明不同群体在相似条件下对SARS-CoV-2的敏感性或反应不同。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41421-020-0147-1
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    • 1.时间:2020年2月24日 2.机构或团队:上海交通大学医学院附属瑞金医院 3.事件概要: 2月24日,《Cell Discovery》上发表了上海交通大学医学院附属瑞金医院的题为“Comparative genetic analysis of the novel coronavirus (2019-nCoV/SARS-CoV-2) receptor ACE2 in different populations”的一篇通讯文章。最近的研究和分析表明ACE2可能是新型冠状病毒SARS-CoV-2的宿主受体,但文章作者ACE2在不同群体中的表达和功能遗传基础仍不清楚。 为了系统地研究ACE2的潜在功能编码变异和群体间等位基因频率(AF)差异,文章分析了中国代谢分析项目(ChinaMAP)和1KGP(1000 Genomes Project)数据库中的ACE2基因区的1700个变异,得到了ChinaMAP、1KGP等大型基因组数据库中ACE2编码区的62个变异的等位基因频率,以及可能影响数据库中ACE2氨基酸序列的32个变异。分析数据表明,缺乏人群中冠状病毒S蛋白结合性的自然抗性突变的有力证据,低频率错义突变对S蛋白结合性的影响有待进一步研究。 为了分析ACE2的eQTLs分布,作者使用了基因型组织表达数据库(GTEx)(https://www.gtexportal.org/home/datasets),在20个组织中发现了15个q值≤ 0.05的ACE2独特eQTL变异。通过比较发现,与欧洲人群相比,ChinaMAP和东亚人群中的15个eQTL变异具有更高的等位基因频率。最近关于亚洲和高加索人群肺组织中ACE2表达分析的报道仍有争议。文中的分析结果显示不同群体中ACE2的eQTL分布和Afs存在差异,表明了ACE2在不同群体中表达模式的多样性。此外,文中数据显示南亚和东亚eQTL的Afs存在中度差异,这表明亚洲不同群体和人种中ACE2表达可能有差异。 综上所述,文章结果显示,没有直接证据表明在不同的群体中存在冠状病毒S蛋白结合抗性的ACE2突变。东亚群体在与组织中ACE2表达较高相关的eQTL变异中具有更高的AFs,这可能表明不同群体在相似条件下对SARS-CoV-2的敏感性或反应不同。 4.附件: 原文链接 https://www.nature.com/articles/s41421-020-0147-1
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    • 利用生物信息学方法解析了新型冠状病毒SARS-CoV-2细胞受体ACE2的表达模式。该研究发现吸烟人群ACE2表达量升高,推测长时间吸烟可能是COVID-19的一个风险因素。同时,ACE2不仅能作为SARS-CoV进入细胞的受体,而且参与了病毒感染后的调控机制,包括免疫反应、细胞因子分泌和病毒的复制。同时,通过构建蛋白质互作网络筛选到了参与免疫反应和病毒复制的关键基因。最后,探讨了ACE抑制剂和阻断剂对COVID-19潜在的影响。