欢迎收看2021年5月14日的《研究综述》，这是由布罗德研究所的科学家及其合作者发布的最新研究的重复快照。
病毒比较可以解析SARS-CoV-2的全部基因集
虽然SARS-CoV-2的基因组在大流行的早期就已被测序，但其基因含量迄今仍未得到确定。Irwin Jungreis, Rachel Sealfon (Flatiron研究所)和Epigenomics项目的副成员Manolis Kellis利用44株沙贝病毒的比较基因组学，确认了6个辅助蛋白，拒绝了几个候选基因，并发现了一个新的重叠的替代框架基因ORF3a。他们还利用他们的比较对2544个大流行病毒分离株的功能突变进行了排序，确定了异常快速或缓慢进化的基因(与它们的进化历史相比)，以及可能导致变异之间传染性差异的标记突变。
耐药性的进化
抗生素耐药性是对公共卫生最紧迫的威胁之一，但研究人员对病原体如何进化耐药性的理解仍然有限。为了解决这一缺口，传染病和微生物组项目(IDMP)的联合主任马培军(音译)和同事们研究了肺炎克雷伯菌碳青霉烯耐药的进化，肺炎克雷伯菌是一种可以导致致命的多重耐药感染的细菌。他们确定了促进碳青霉烯类耐药性上升的多种遗传因素，并提出以更高的遗传粒度(不仅仅是物种识别和抗生素敏感性)定义感染病原体对诊断和治疗此类感染具有重要意义。
细菌酶使特定的抗菌活性成为可能
前药，即在体内代谢成为活性药物的化合物，如果其激活依赖于仅在其微生物目标中发现的酶的活性，则可作为抗菌药物使用。在ACS化学生物学，Kenton Hetrick, Miguel Aguilar Ramos (MIT)，化学生物学和治疗科学项目的副成员Ron Raines报道，抗生素反式-3-(4-氯苯甲酰)丙烯酸的硫醚酯前药对耻垢分枝杆菌更有效，因为一种内源性酯酶使其对前药敏感。未来的工作可能利用一系列细菌酶开发窄谱抗生素，以帮助解决目前的抗菌素耐药性对公共卫生的威胁。
ibd相关微生物的炎症性不一致
炎症性肠病(IBD)患者的肠道微生物瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)水平经常升高。Matthew Henke(哈佛医学院)，传染病和微生物组项目(IDMP)的高级副成员Jon Clardy和他的同事们利用患者的斑马鱼分离株来研究这种微生物在炎症中作用的分子机制。该研究小组发现了一种基因簇，一旦存在，就会引导一种厚厚的多糖保护胶囊的产生，将细胞完全覆盖。他们发现，与那些含有荚膜产生菌株的小鼠相比，缺少这类菌株的小鼠有更多的肠道炎症，这表明并非所有的斑马鱼菌株都具有炎症性。请阅读PNAS。
SOX2是食道鳞状细胞癌(ESCC)中染色体扩增的转录因子。Wu Zhong, Jin Zhou, Xiaoyang Zhang，前癌症项目助理成员Adam Bass(现在在哥伦比亚大学欧文医学中心)和他的同事开发了代表从正常食道到sox2诱导的鳞状细胞癌表型的工程鼠类器官，并绘制了Sox2结合以及从正常到癌症进化过程中的表观遗传和转录景观。致癌Sox2重新编程肿瘤细胞表观基因组，促进对RNA编辑酶ADAR1的依赖。这项工作指出了可以用新的治疗方法针对的弱点。
