欢迎来到2020年5月29日的研究综述，这是布罗德研究所(Broad Institute)的科学家和他们的合作者发表的最新研究的一个循环快照。
研究人类遗传变异的景观
八年来,gnomAD财团——包括科学家从广泛的项目在医学和种群遗传学(MPG),数据科学平台,和基因组学平台,以及超过100名调查人员国际——已经编译现在世界上最大的公开目录的人类基因数据:超过125000和15000全基因组外显子。本周，在《自然》杂志、《自然通讯》杂志和《自然医学》杂志的七篇论文中，该协会成员描述了从这个庞大的数据库中得出的第一组发现。这两篇论文共同展示了迄今为止最全面的关于人类功能丧失(LoF)和结构变异的调查，展示了如何利用工具来解释变异的背景来帮助他们的临床解释，并说明了人口规模的LoF变异数据如何有助于评估拟议的药物靶点。了解更多的广泛的新闻故事，自然社论，并在宇宙，世界报，和法新社的报道。
肿瘤抑制因子在免疫治疗耐药中的新作用
癌症免疫疗法，如PD-1抑制剂，即使在单个病人的肿瘤中，其反应也会有很大的不同。由Cecile Gstalder和Dana-Farber癌症研究所的副成员Rizwan Haq领导的研究小组对一名黑色素瘤患者的肿瘤进行了鉴定，发现具有耐药性的肿瘤的抑癌基因FBXW7发生了功能缺失突变，而对药物敏感的肿瘤则没有。在小鼠模型中，该基因的失活导致抗pd -1治疗的耐药性，并且该基因的丢失损害了对病毒作出反应的信号通路。该研究发表在《癌症发现》杂志上，该研究表明，这些通路的治疗性激活可能会帮助一些患者。
肝脏代谢研究
NADH和NAD+是重要的氧化还原辅助因子，在肝脏代谢中起重要作用。然而，对于NADH/NAD+比值在代谢生理学中的作用，人们的认识还很有限。Broad Metabolism Program的Russell Goodman、研究所成员Vamsi Mootha及其同事使用一种名为LbNOX的细菌遗传工具结合代谢组学来描述降低小鼠NADH/NAD+比值的生化效应。作者认为循环α-hydroxybutyrate水平是一个健壮的生物标志物的肝细胞NADH / NAD +比率升高,反过来影响的人类共同GCKR遗传变异,基因与脂肪肝和糖尿病有关。阅读《自然》杂志。
常见疾病多基因风险预测新方法
在《美国人类遗传学杂志》上，Sung Chun、Maxim Imakaev、MPG副成员Shamil Sunyaev、Nathan Stitziel(华盛顿大学)及其同事提出了一种新的多基因风险预测方法，称为非参数收缩(non- parameter, NPS)，该方法不需要为预测的每种疾病明确建模任何潜在的遗传结构。研究人员在一个模拟的基因结构下评估了这种新方法的性能，该结构在整个基因组中包含500万个密集的单核苷酸多态性。他们还在四个疾病领域使用真实数据测试了该方法:乳腺癌、2型糖尿病、炎症性肠病和冠心病。NPS改善了对这四种疾病高危人群的识别，所有这些人群都有早期干预或预防治疗。
多种疾病诊断
研究所成员瑞秋·科尼维尔和他们的同事开发了一种工具，利用遗传风险评分来计算多种疾病发生的可能性。该团队测试了基因概率工具(G-PROB)对炎症性关节炎疾病的测试，包括类风湿性关节炎、痛风和其他疾病。他们发现，对于所有的病人，基因可以用来排除至少一种疾病。在45%的患者中，一个可能的诊断被确定为有64%的阳性预测值。这实际上是有用的，因为在35%的病例中，临床医生最初的诊断是错误的。了解更多科学转化医学。
地中海东部的基因组历史
MPG高级副领导的研究小组成员David Reich Liran卡梅尔(在耶路撒冷希伯来大学)和他的同事们收集93人的全基因组数据集古DNA研究基因组的南面的历史,这一地区现在公认为以色列、约旦、黎巴嫩、巴勒斯坦权力机构,和叙利亚西南部约会从青铜时代到铁器时代。他们确定这些人来自两个主要来源，随着时间的推移，非本地的贡献也在增加。他们还发现，与黎凡特相关的现代种群的基因组与青铜时代黎凡特种群有关，还有其他不清楚的祖先来源。请阅读《细胞》、《细胞出版社》和《维也纳大学》的新闻稿，以及《国家地理》的报道。
