《武汉2019冠状病毒基因组的生物信息学分析》

  • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
  • 编译者: 蒋君
  • 发布时间:2020-02-02
  • 2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种。不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2018年在国际上首次提出分子功能与进化分析相结合的研究思想,并应用于冠状病毒基因组的研究。在这一思想指导下,本研究使用beta冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为NankaiCDS)对新发布的武汉2019冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行分析以期准确溯源,并对beta冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持武汉2019冠状病毒源自中华菊头蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。本研究的最重要发现是beta冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了该病毒变异快、多样性高的特点,为beta冠状病毒的防控提供了依据。从beta冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,我们推断beta冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。本研究是基于大量基因组数据的实证分析,在国际上首次从分子水平尝试解释了beta冠状病毒变异快、宿主多且具有较强的宿主适应性的原因。

  • 原文来源:;http://kns.cnki.net/KCMS/detail/23.1513.Q.20200120.0839.002.html
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    • 1.时间:2020年1月22日 2.机构或团队:南开大学 3.事件概要: 2020年1月22日,中文核心期刊《生物信息学》发表了南开大学高山副教授等人的研究文章《武汉2019冠状病毒基因组的生物信息学分析》。 该研究使用β冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为NankaiCDS)对新发布的武汉2019冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行溯源分析,并对β冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持武汉2019冠状病毒源自中华菊头蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。该研究的最重要发现是β冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了该病毒变异快、多样性高的特点,为β冠状病毒的防控提供了依据。从β冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,研究人员推断β冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。 4.附件: http://kns.cnki.net/kcms/detail/23.1513.Q.20200120.0839.002.html?from=timeline&isappinstalled=0
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