《1月22日_南开大学溯源分析的结果支持武汉2019冠状病毒源自中华菊头蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: zhangmin
  • 发布时间:2020-01-28
  • 1.时间:2020年1月22日

    2.机构或团队:南开大学

    3.事件概要:

    2020年1月22日,中文核心期刊《生物信息学》发表了南开大学高山副教授等人的研究文章《武汉2019冠状病毒基因组的生物信息学分析》。

    该研究使用β冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为NankaiCDS)对新发布的武汉2019冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行溯源分析,并对β冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持武汉2019冠状病毒源自中华菊头蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。该研究的最重要发现是β冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了该病毒变异快、多样性高的特点,为β冠状病毒的防控提供了依据。从β冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,研究人员推断β冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。

    4.附件:

    http://kns.cnki.net/kcms/detail/23.1513.Q.20200120.0839.002.html?from=timeline&isappinstalled=0

  • 原文来源:http://kns.cnki.net/kcms/detail/23.1513.Q.20200120.0839.002.html?from=timeline&isappinstalled=0
相关报告
  • 《武汉2019冠状病毒基因组的生物信息学分析》

    • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
    • 编译者:蒋君
    • 发布时间:2020-02-02
    • 2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种。不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2018年在国际上首次提出分子功能与进化分析相结合的研究思想,并应用于冠状病毒基因组的研究。在这一思想指导下,本研究使用beta冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为NankaiCDS)对新发布的武汉2019冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行分析以期准确溯源,并对beta冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持武汉2019冠状病毒源自中华菊头蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。本研究的最重要发现是beta冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了该病毒变异快、多样性高的特点,为beta冠状病毒的防控提供了依据。从beta冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,我们推断beta冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。本研究是基于大量基因组数据的实证分析,在国际上首次从分子水平尝试解释了beta冠状病毒变异快、宿主多且具有较强的宿主适应性的原因。
  • 《1月22日_2019新型冠状病毒资源库发布》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:liuzh
    • 发布时间:2020-01-28
    • 1.时间:2020年1月22日 2.机构或团队:国家基因组科学数据中心 3.事件概要: 2020年1月22日,国家基因组科学数据中心正式发布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时,对不同冠状病毒株的基因组序列做了变异分析与展示。 2019新型冠状病毒资源库收录了来源于NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地点、样本提供单位、数据递交单位等元信息。通过该资源库还可访问到国家基因组科学数据中心基因组数据库GWH从公共数据库收录的冠状病毒科基因组和蛋白序列,用户可基于Accession号、种名、属名、采样日期、采样地点、宿主、分离源、发布日期等元信息筛选感兴趣的冠状病毒株,个性化选取序列进行下载以开展相关的科学研究。 2019新型冠状病毒资源库将持续更新元信息与基因组序列数据,实时监控NCBI的PubMed数据库中发表的2019新型冠状病毒和其他冠状病毒的学术文献、中新网与新华网发布的新闻,同步更新世界卫生组织与中国疾病预防控制中心发布的科普介绍,为用户开展学术研究、掌握科研进展、了解新闻动态与科学知识提供资源与窗口。 2019新型冠状病毒资源库基于不同参考基因组序列开展2019-nCoV病毒株基因组变异分析,并对结果进行了统计与可视化展示。通过对全基因组序列相似性比较和变异位点分析,获取2019-nCoV病毒株之间、2019-nCoV病毒株与SARS冠状病毒以及与类SARS冠状病毒蝙蝠株之间的变异程度、变异区域、变异碱基的详细信息。经数据分析,2019-nCoV与2003年爆发的SARS病毒基因组序列相似度为80%,与2017年2月从国内的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因组序列相似性最高,相似度为88%。对2019-nCoV病毒株的基因组变异分析可为追溯病毒来源、追踪病毒株变异路径、防控新型冠状病毒引发的疫情、治疗病毒性肺炎提供重要的数据基础与决策支持。 4.链接:http://www.big.ac.cn/xwzx/kyjz/202001/t20200122_5494163.html