《基因组机器学习分析表明武汉2019-nCoV与蝙蝠β冠状病毒之间存在关联》

• 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
• 编译者： 蒋君
• 发布时间：2020-02-09
• 原文来源：;https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/02/04/2020.02.03.932350.full.pdf

该研究使用MLDSP和MLDSP-GUI对2019-nCoV进行了分类，这是使用机器学习（ML）和数字信号处理（DSP）进行基因组分析的免比对方法。使用二维数值表示将基因组序列映射到其各自的基因组信号中。通过对基因组信号应用离散傅里叶变换来计算幅度谱。利用距离矩阵构造特征向量，并将其用作监督机器学习算法的输入。应用10倍交叉验证来计算平均分类准确性得分。经训练的分类器模型用于预测29个2019-nCoV序列的标签。分类策略使用了5000多个基因组，并在域到种的分类学水平上测试了关联。通过使用MLDSP-GUI的基于机器学习的无比对分析，研究人员证实了蝙蝠起源的当前假说，并将2019-nCoV分类为β冠状病毒中的Sarbecovirus。