《Cell | DNA引导的转录因子协同作用塑造面部》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-01-29
  • 2024年1月22日,斯坦福大学Joanna Wysocka团队在Cell发表题为DNA-guided transcription factor cooperativity shapes face and limb mesenchyme的文章。

    研究人员在前期意外发现了一个17个碱基对的DNA序列模式,具有内源性细胞功能,命名为Coordinator ,通过比较人类和黑猩猩面部祖细胞(CNCCs)的增强子景观,并分析潜在的DNA序列变化,发现了Coordinator的增加和减少与增强子活性变化相关,进一步分析发现Coordinator motif比任何已知motif都能更好地预测增强子活性。该基序未被注释为调控因子,但研究者注意到Coordinator包含由许多HD因子结合的TAATT[a /G]基序和由大多数bHLH因子结合的CANNTG E-box基序。

    因此,研究试图系统地识别结合Coordinator 的TFs如何独特地定义胚胎面部和肢体间充质的调控区域,确定它们在内源性细胞环境中的分子功能,并分析它们的协同性和选择性的机制。研究发现Coordinator指导bHLH家族间质调节因子TWIST1和一组与面部和肢体区域特性相关的HD因子之间的合作和选择性结合。TWIST1招募了HD因子的结合,打开Coordinator位点染色质开发程度,同时HD因子稳定了TWIST1在Coordinator的占位,并使TWIST1远离那些没有HD因子的位点。这种合作导致参与细胞类型和位置身份的基因共享调节,并最终形成面部形态和进化。

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    • 编译者:xuxue
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    • 利用信息理论,我们对850万家美国公司的创新系统的规模等级、邮政编码和技术等级(NACE编码)之间的协同效应来衡量。国家层面的协同作用可分解为国家层面、核心统计区域(Core‐Based Statistical Areas,简称CBSA)和综合统计区域(Combined Statistical Areas,简称CSA)。我们放大到加利福尼亚州和硅谷。我们的研究结果并不支持美国建立国家创新体系的假设。创新体系似乎在各州层面运行;核心统计区域太小,以至于系统性溢出了边界。从高科技制造业(High‐Tech Manufacturing,简称HTM)、中高科技制造业(Medium‐High‐Tech Manufacturing,简称MHTM)、知识密集型服务业(Knowledge‐Intensive Services,简称KIS)和高科技服务业(High‐Tech Services,简称HTKIS)的角度对样本进行分解,并没有改变这种模式,而是对其进行了改进。