《Nature | 通过巴西的前哥伦布时期基因组重新定义密螺旋体历史》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-01-29
  • 2024年1月24日,苏黎世大学等机构的研究人员在杂志Nature上发表了题为Redefining the treponemal history through pre-Columbian genomes from Brazil的文章。

    梅毒螺旋体病的起源长期以来一直不为人知,特别是考虑到 15 世纪后期欧洲第一次梅毒流行突然爆发,以及哥伦布探险队从美洲传来的假设。最近,古代DNA证据揭示了在现代早期欧洲和殖民时期的墨西哥流行的各种密螺旋体感染。然而,据我们所知,没有从美洲或旧大陆发现的密螺旋体病的基因组证据可以可靠地追溯到第一次跨大西洋接触之前的时间。

    该研究展示了来自巴西近 2,000 年前的人类遗骸的密螺旋体基因组。研究人员重建了一种史前密螺旋体病原体的四个古老基因组,与引起贝杰尔病原体的梅毒螺旋体地方性梅毒螺旋体关系最密切。与世界干旱地区贝杰尔的现代地理生态位相矛盾,这些结果质疑了以前对密螺旋体亚种的古病理学特征,并展示了它们的适应潜力。高覆盖率的基因组用于改进分子钟日期估计,将现代梅毒螺旋体亚种的分化牢牢地置于前哥伦布时代。总体而言,该研究证明了考古遗传学中揭示病原体进化和出现中关键事件的机会,为关于密螺旋体起源和传播的新假设铺平了道路。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06965-x
相关报告
  • 《Nature | 噬菌体通过 RNA 和 DNA 结合的螺旋转螺旋蛋白控制抗CRISPR》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-07-12
    • 2024年7月10日,奥塔哥大学等机构的研究人员在Nature发表题为Phage anti-CRISPR control by an RNA- and DNA-binding helix–turn–helix protein的文章。 在所有生物体中,基因表达的调控都必须根据细胞的需要进行调整,这通常涉及到螺旋-翻转-螺旋(HTH)结构域蛋白。例如,在细菌和噬菌体之间的竞赛中,噬菌体的抗CRISPR(Acr )基因在感染后迅速表达,从而逃避CRISPR-Cas的防御;转录随后被含有HTH结构域的抗CRISPR相关(Aca)蛋白抑制,这可能是为了降低过度表达带来的健康代价。然而,单个 HTH 调节器如何调整抗CRISPR 的产生以应对噬菌体基因组拷贝的增加和Acr mRNA 的积累,目前尚不清楚。 该研究发现调节因子 Aca2 的 HTH 结构域除了通过 DNA 结合抑制 Acr 的转录合成外,还通过结合保守的 RNA 干环和阻断核糖体的进入来抑制 mRNA 的翻译。约 40 kDa Aca2-RNA 复合物的冷冻电子显微镜结构展示了多功能 HTH 结构域如何从 DNA 结合位点特异性地识别 RNA。这些组合调控模式在 Aca2 家族中非常普遍,有助于在噬菌体 DNA 快速复制的情况下抑制 CRISPR-Cas,而不会出现有毒的 Acr 过表达。鉴于含 HTH 域蛋白的普遍性,预计还会有更多的含 HTH 域蛋白通过 DNA 和 RNA 的双重结合进行调控。
  • 《巴西马瑙斯P.1SARS-CoV-2谱系的基因组学和流行病学》

    • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
    • 编译者:蒋君
    • 发布时间:2021-06-10
    • 巴西马瑙斯的SARS-CoV-2感染病例在2020年底重新出现,尽管此前感染率很高。对2020年11月至2021年1月在马瑙斯采样的病毒进行基因组测序,发现了一种新的SARS-CoV-2变种的出现和传播。谱系P.1获得17个突变,包括与人类ACE2受体结合增强相关的棘突蛋白(K417T、E484K和N501Y)中的三个突变。分子钟分析显示,P.1的出现发生在2020年11月中旬左右,之前是一个分子进化较快的时期。利用整合基因组和死亡率数据的两类动力学模型,我们估计P.1的可传播性可能高出1.7-2.4倍,并且先前(非P.1)感染提供了54-79%的P.1感染保护,而非P.1感染提供了54-79%的保护。增强的全球基因组监测关注的变种,可能表现出增加的传染性或免疫逃避,是至关重要的,以加速大流行反应。