《Cell | 揭示造血干细胞微环境的建立和维持具有不同的对表观转录组调控的依赖性》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-04-24
  • 2024年4月23日,哥伦比亚大学 Irving Medical Center的丁磊团队在Cell上发表了题为Hematopoietic stem cell niche generation and maintenance are distinguishable by an epitranscriptomic program的文章,揭示作为造血干细胞微环境的间充质细胞在建立和维持过程中表现出不同的对表观转录组调控的依赖性。

    因为骨髓造血干细胞微环境是在围产期建立的,那么调节骨髓间充质细胞形成的分子机制应该是在围产期的细胞中特异表达的。根据这条线索,作者们首先从单细胞转录组入手,比较了小鼠围产期和成体骨髓间充质细胞的基因表达差异,发现与mRNA N6-腺苷酸甲基化(m6A)修饰相关的基因在围产期的细胞中明显富集。m6A修饰是由包含多个成分的蛋白质复合物催化的,其中METTL3具有关键的催化活性。围产期骨髓间充质细胞表达更高水平的METTL3,提示m6A和METTL3可能是间充质细胞建立所必需的。接着,为了验证这个假说,作者们敲除了小鼠发育期的骨髓间充质细胞中的Mettl3基因,发现这显著影响骨髓微环境的形成,造成造血干细胞的数量和功能的缺失。

    通过单细胞测序、免疫荧光染色、细胞谱系示踪等技术,作者们发现在骨髓微环境形成的过程中敲除Mettl3后,骨髓间充质细胞的细胞命运发生显著改变,表现为它们表达更低水平的SCF、CXCL12等因子,而更倾向于向成骨细胞的分化。骨髓间充质细胞中的甲基化mRNA测序提示转录因子Klf2是Mettl3的靶基因之一。Klf2的表达量在Mettl3敲除的骨髓间充质细胞中显著增加。在Mettl3敲除的小鼠上进一步敲除Klf2可以弥补骨髓微环境的形成和造血干细胞数目与功能上的缺陷。与此不同的是,敲除成体骨髓间充质细胞中的Mettl3并不影响造血干细胞的数量和功能。换句话说,这个分子机制只在骨髓微环境的间充质细胞在发育过程中的建立起到关键的作用。这是第一个被发现的特异的调节骨髓微环境的形成的分子机制。

    这项研究揭示了作为造血干细胞微环境重要成分的骨髓间充质细胞在建立和维持时具有不同的分子调控机制,为体外和体内构建和再生支持造血干细胞扩增的微环境等再生医学研究提供了重要线索。比如利用这个发现,我们可能将来可以生成更多的微环境来支持造血干细胞用以治疗血液系统疾病。另外,这项工作可以推广到别的组织中的成体干细胞:微环境的形成和发育机制需要更加深入的研究。

  • 原文来源:https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(24)00348-9
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    • 编译者:malili
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    • 导读. 8月10日,中国科学院动物研究所刘峰课题组在Developmental Cell杂志上在线发表了题为“The vascular niche regulates hematopoietic stem and progenitor cell lodgement and expansion via klf6a-ccl25b”的研究论文,揭示了造血微环境对造血干细胞调控的新分子机制,发现Klf6a-Ccl25b/Ccr7信号轴介导造血干细胞的扩增,同时也将为造血干细胞的体外扩增和移植提供理论指导。 战国时期,“孟母三迁”成就一代思想家孟子的典故可谓是家喻户晓,这个故事向人们展示了环境因素的重要性。在生物体内,微环境同样是造血干细胞多步骤、多阶段发育过程中不可或缺的因素。过去的研究表明,造血干细胞发育的不同阶段,都有特定的微环境对其进行调控。微环境是如何调控造血干细胞扩增的问题是该领域研究的热点之一,然而相关的调控机理,长期以来研究的并不清楚。 8月10日,中国科学院动物研究所刘峰课题组在Developmental Cell杂志上在线发表了题为“The vascular niche regulates hematopoietic stem and progenitor cell lodgement and expansion via klf6a-ccl25b”的研究论文,揭示了造血微环境对造血干细胞调控的新分子机制,发现Klf6a-Ccl25b/Ccr7信号轴介导造血干细胞的扩增,同时也将为造血干细胞的体外扩增和移植提供理论指导。 论文解读: 脊椎动物造血干细胞产生于主动脉-性腺-中肾区(Medvinsky and Dzierzak, 1996),随后迁移到胎肝(小鼠和人)(Ema and Nakauchi, 2000) 或尾部造血组织(斑马鱼)(Murayama, et al., 2006) 进行扩增,进而迁移至胸腺向淋系分化,最后迁移至骨髓(小鼠和人)或肾髓(斑马鱼)以维持终生造血(Pietras, et al., 2011)。由此可见,在造血干细胞发育的不同阶段,都有特定的微环境对其进行调控。其中,微环境如何调控造血干细胞扩增成为该领域研究的热点问题之一。 鉴于小鼠胚胎子宫内发育和部分突变体早期致死的局限性,中国科学院动物所刘峰研究员领导的血液与心血管发育研究组以斑马鱼为模式动物,重点研究和阐释了尾部造血组织中血管内皮细胞对造血干细胞扩增的作用及其机制。研究组充分利用斑马鱼体外发育和早期胚胎透明的优势,通过激光共聚焦显微镜实时观察,发现尾部造血组织处的造血干细胞毗邻于血管内皮细胞,并且其迁移和扩增具有尾部静脉特异的方向性。这一现象暗示尾部血管内皮细胞是造血干细胞微环境中的重要因素。 通过对血管内皮细胞、造血干细胞和尾部造血组织中其它细胞类群进行的全基因组表达谱分析,发现一个内皮细胞特异性的转录因子Klf6a。敲低或敲除klf6a会导致斑马鱼尾部造血组织中血管内皮所构成的微环境发生缺陷,从而阻碍了造血干细胞的驻留和扩增。深入的分子机制探索发现,Klf6可以直接调控趋化因子ccl25b的表达,通过Ccl25b/Ccr7 趋化信号影响造血干细胞扩增。另外,小鼠胎肝LSK细胞(Lin-Sca-1+c-Kit+)的体外培养实验结果证明,该分子机制在高等哺乳动物胎肝造血中也是保守的。 附图:血管内皮细胞通过分泌重要的趋化因子调控造血干细胞驻留和增殖。在正常个体中,斑马鱼尾部造血组织不仅为造血干细胞提供物理性的生存环境,同时,血管内皮细胞可以通过分泌趋化因子吸引造血干细胞在其中驻留以促进干细胞的增殖。在klf6a缺陷的个体中,尾部血管的结构紊乱及血管内皮来源的趋化因子ccl25b的急剧减少,破坏了造血干细胞寄居的微环境从而导致造血干细胞在尾部造血组织的驻留和增殖能力下降。 据悉,中国科学院动物所博士研究生薛媛媛为第一作者,刘峰研究员为通讯作者,该课题得到了国家相关人才计划、国家自然科学基金重点项目、国家重点基础研究发展计划和中国科学院干细胞与再生医学战略性先导科技专项的资助。 参考文献: Ema, H., and Nakauchi, H. (2000). Expansion of hematopoietic stem cells in the developing liver of a mouse embryo. Blood 95, 2284-2288. Medvinsky, A., and Dzierzak, E. (1996). Definitive hematopoiesis is autonomously initiated by the AGM region. Cell 86, 897-906. Murayama, E., Kissa, K., Zapata, A., Mordelet, E., Briolat, V., Lin, H.F., Handin, R.I., and Herbomel, P. (2006). Tracing hematopoietic precursor migration to successive hematopoietic organs during zebrafish development. Immunity 25, 963-975. Pietras, E.M., Warr, M.R., and Passegue, E. (2011). Cell cycle regulation in hematopoietic stem cells. J Cell Biol 195, 709-720.
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    • m6A是目前已知的真核细胞mRNA上最为常见的一类化学修饰,它的建立、读取和擦除分别受到相应甲基化酶(writer)、结合蛋白(reader)以及去甲基化酶(eraser)的动态可逆调控。研究表明,m6A能够通过调节mRNA的剪接、出核、稳定性以及翻译等生命周期活动,参与调控机体的诸多生理或病理进程,包括胚胎发育、肿瘤以及神经退行性疾病的发生等。然而,在生理性衰老过程中,m6A对于器官稳态维持的调控作用以及关键分子机制均有待阐明。   2023年4月6日,中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组联合中国科学院北京基因组研究所慈维敏研究组以及张维绮研究组在Nature Aging杂志在线发表了题为“m6A epitranscriptomic regulation of tissue homeostasis during primate aging”的研究论文。该研究利用非人灵长类动物(食蟹猴)生理性衰老的多器官研究模型,同时结合基于基因编辑和人类干细胞定向分化的研究体系,通过系统绘制器官和细胞衰老过程中RNA m6A修饰的动态图谱,解析了RNA甲基化修饰及相关基因表达稳态的变化规律,并深入阐释了METTL3–m6A–NPNT通路调控骨骼肌衰老的新型机制。   在这项工作中,研究人员通过对年轻和年老食蟹猴的肝脏、骨骼肌和心脏进行系统的组织学分析发现,脂肪蓄积增加、炎症因子上调以及核纤层蛋白Lamin B1下调是三种组织衰老的共性特征;此外还发现骨骼肌中的凋亡细胞增加、肌纤维萎缩、以及心脏中的心肌纤维肥大等组织特异的衰老相关退行性变化。随后,通过联合分析三种组织的m6A表观修饰图谱及相应的转录组图谱,研究人员揭示了m6A修饰和基因表达稳态之间的相关性以及不同组织共性和特性的衰老调控规律。相较于肝脏和心脏,研究人员在骨骼肌中特异性地检测到了整体m6A修饰的减少以及核心甲基化酶METTL3表达水平的降低。进而通过CRIPSR/Cas9技术,研究人员建立了由人类胚胎干细胞衍生的METTL3敲除的肌管细胞,发现METTL3的缺失导致肌管细胞发生萎缩、凋亡以及加速衰老等退行性变化,与衰老骨骼肌的表型一致。进一步的机制研究揭示了NPNT作为METTL3的下游效应因子发挥维持骨骼肌细胞稳态的作用,而慢病毒载体介导的METTL3或NPNT回补表达均能一定程度上延缓人类肌管细胞的衰老。最后,通过METTL3酶活抑制剂处理以及METTL3酶活突变体过表达等相关实验,研究人员证实了METTL3通过m6A催化活性依赖的方式促进NPNT的表达以及维持肌管细胞的稳态,并且发现m6A结合蛋白IGF2BP1可以结合并稳定受到m6A修饰的NPNT mRNA。   综上所述,该研究系统揭示了三种重要的灵长类器官/组织在生理性衰老过程中的动态m6A修饰变化及其与基因表达稳态的关系,并且深入阐明了METTL3–m6A–NPNT通路维持人类骨骼肌稳态的作用和机制。研究深化了人们对m6A参与维持人类器官功能稳态的认识以及对衰老的表观转录调控机理的理解,为研究骨骼肌衰老提供了一个有效整合灵长类器官模型和人类干细胞衍生物体系的系统性平台,同时也为延缓骨骼肌衰老或治疗与年龄相关的骨骼肌退行疾病(如肌少症)提供了潜在的分子靶标和干预策略。   该工作由中国科学院动物研究所、中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)、中国科学院干细胞与再生医学创新研究院、首都医科大学宣武医院等多家机构合作完成。中国科学院动物研究所刘光慧研究员、中国科学院北京基因组研究所慈维敏研究员和张维绮研究员、以及中国科学院动物研究所曲静研究员为文章的共同通讯作者。中国科学院动物研究所特别研究助理武泽明、中国科学院北京基因组研究所博士研究生路明明、中国科学院动物研究所硕士研究生刘迪、中国科学院北京基因组研究所史悦副研究员、任捷研究员以及首都医科大学宣武医院王思研究员为文章的并列第一作者。该研究同时得到了中国科学院北京基因组研究所杨运桂研究员、肖景发研究员以及中国科学院动物研究所魏妥研究员的合作与支持,并获得了国家科技部、国家自然科学基金委和中国科学院等项目的大力资助。   原文链接:https://doi.org/10.1038/s43587-023-00393-2