《野生稻中BTB/POZ蛋白家族的新基因和等位基因》

  • 来源专题:农业生物安全
  • 编译者: 任洁
  • 发布时间:2023-10-06
  • BTBPOZ蛋白家族广泛存在于植物和动物中,在发育、生长、代谢和环境反应中发挥重要作用。虽然已经在栽培水稻(Oryza sativa)中发现了扩展的BTBPOZ基因家族(OsBTB)成员,但它们的保守性、新颖性以及在水稻(o.s rufipogon)中等位基因挖掘的潜在应用。粳稻和潜在的广泛渗入供体,尚未被探索。本研究描述了110个BTBPOZ编码基因位点(OrBTB)作为串联重复事件的结果在O. rufipogon基因组的分析。通过对基因序列和蛋白结构域结构的分析,支持了重复的OrBTB基因的系统发育分组,揭示了它们的进化和功能分化。O. rufipogon基因组编码了9个新的BTBPOZ基因,这些基因在其远亲Poaceae家族(Sorghum bicolor, Brachypodium distachyon)中具有同源物,但这些同源物在其驯化的后代O. sativa ssp中似乎已经丢失。对新基因的比较序列分析和结构比较表明,上游调控序列的分化和调控结构的重组是这个大基因家族进化的关键特征。来自野生稻的新基因是潜在的新等位基因的储存库,当通过广泛杂交渗入时,可以给栽培品种带来新的功能。本研究为假设驱动的功能基因组学研究及其应用奠定了基础,从而通过从外来基因库中引入新基因或等位基因来扩大水稻品种的遗传基础。
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    • 编译者:佟琦
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    • 斑型POZ蛋白(SPOP)是一种E3泛素连接酶衔接蛋白。SPOP在前列腺癌和子宫内膜癌中经常发生突变。到目前为止,报道的所有癌症相关的SPOP突变集中在meprin和TRAF同源结构域,推测其可能影响底物的结合。前列腺癌中,SPOP突变与ETS家族基因重排互斥,定义了一个与众不同的前列腺癌分子亚家族。SPOP突变通过改变雄激素信号通路关键组分的表达水平,促进前列腺癌的发生和发展。
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    • 编译者:任洁
    • 发布时间:2024-01-27
    • 恰加斯病是拉丁美洲热带地区的一种地方病,由寄生虫克氏锥虫引起。高种内变异性和基因组复杂性一直是组装进化、群体基因组学、诊断和药物开发研究所需的高质量基因组的挑战。在这里,我们提出了TcI克氏锥虫菌株(Dm25)的染色体水平分阶段组装。虽然29条染色体与巴西A4菌株的组装显示出较大的共线性,但与之前的TcI克氏锥虫菌株组装相比,3条染色体表现出较大的杂合性和较大的分歧。核苷酸和蛋白质进化统计表明,克氏锥虫在已知的DTU中克氏锥虫多样化之前就分离了。分散基因家族和组蛋白的染色体间旁系同源物之前出现过,但同时与其他重复家族相比具有更严格的纯化选择。在该组装中鉴定了以前未报道的蛋白激酶和组蛋白的大型串联阵列。从与初级组装体对齐的Illuminaread中获得的超过100万个变体清楚地区分了主要DTU。我们预计这种新的组装将成为进一步研究锥虫进化和功能基因组学的宝贵资源。