《“棉花基因组变异与纤维品质和产量遗传研究”取得新进展》

  • 来源专题:转基因生物新品种培育
  • 编译者: zhangyi8606
  • 发布时间:2018-05-15
  • 5月8日,国际权威期刊Nature Genetics在线发表了由中国科学家完成的一项在棉花基因组变异和纤维性状遗传领域的研究成果,该研究通过首次对来自中、美、澳等主要植棉国的419份陆地棉核心种质的基因组重测序,确定了一系列在长期的自然选择和人工选育过程中,与棉花纤维长度、强度、铃重、衣分等重要性状相关的基因组变异和位点及其分布规律,为棉花重要性状定向育种提供了较为精准的标记和基因资源。

    该研究通过对上述419份陆地棉核心种质进行深度达6.55倍的基因组重测序,鉴定出3665030个单核苷酸多态性(SNP)。研究人员通过与陆地棉野生种系全基因组功能基因SNP变异比较,首次发现23876个(33.88%)基因无任何SNP变异,表明这些基因在长期驯化过程中高度保守;发现33899(40.10%)和6957(9.87%)个基因分别表现为SNP变异数减少和增加,暗示这些基因应是育种改良予以重点关注的基因。同时,研究人员在我国黄河流域、长江流域和西北内陆3大棉区6个地点12个环境鉴定了与纤维长度、强度、铃重、衣分等13个纤维品质和产量性状,获得了近20万个表型数据。基于测定的3665030个SNP的全基因组关联分析,研究人员共鉴定出11026个与13个性状显著关联的SNP,并找到了多个与纤维长度、强度等显著关联的SNP所在的基因位点。

    因其广泛适应性和高产特性,陆地棉的种植占全球棉花的90%以上。马峙英告诉记者,深入挖掘不同种类种质资源特别是核心种质的基因组变异仍是一项重要的研究工作。特别是随着纺织工艺的改进,人们对棉花纤维品质提出更高的要求,通过深化对种质资源表型变异的分子基础研究和优异遗传变异位点发掘,实现棉花品质、产量等重要性状的有效选择与改良仍然是棉花育种的重大科学问题。

    据了解,参与这一长期研究的研究者全部为中国科学家,他们来自于河北农业大学华北作物种质资源研究与利用教育部重点实验室马峙英团队、中国农业科学院棉花研究所杜雄明研究员团队等8个单位。

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  • 《武汉植物园在菱属泛基因组和结构变异研究方面取得新进展》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-10-18
    • 水稻、玉米和小麦为三大主粮作物,占据了世界粮食产量的 80%以上,主粮来源单一也成为全球粮食安全和营养安全的隐患,对“孤儿作物”(orphan crop)的重视利用是应对粮食安全危机的有效手段之一。然而,随着城乡现代化进程的持续推进和现代集约化农业的快速发展,“孤儿作物”野生种和地方品种资源正日趋减少,与主粮作物相比,其种质资源的研究及现代育种技术的应用严重滞后。菱角就是一种典型的“孤儿作物”,自新石器时代以来,长江流域的先民开始有意识地大规模采集、驯化菱角,在南宋时期已成为江南地区的主粮之一,仅太湖地区就形成了包括“乌菱”、“南湖菱”等20多个栽培品种。随着基因组学技术的发展,泛基因组研究已成为全面理解作物重要性状形成机制的重要手段,被广泛应用于作物育种改良。近日,武汉植物园东亚植物演化、保护与利用学科组邱英雄研究员团队在Horticulture Research期刊以Research article形式在线发表了题为“Pangenome of water caltrop reveals structural variations and asymmetric subgenome divergence after allopolyploidization”的研究论文。   菱属(Trapa L.)包含欧菱(T. natans)和细果野菱(T. incisa)两个种,其中欧菱包括异源四倍体(AABB)与二倍体(AA)两种倍性,而细果野菱(BB)为二倍体,栽培菱角即驯化于形态较大的二倍体欧菱(图1)。本论文组装了菱属两个二倍体物种的高质量基因组,结合已发表的四个(亚)基因组,构建了基于基因家族的泛基因组(图2),结果显示:在全部基因家族中,核心基因家族(core gene clusters)、可变基因家族(dispensable gene clusters)与私有基因家族(private gene clusters)分别占所有基因家族的48.05%、28.92%和23.03%。同时,该研究还以栽培南湖菱(欧菱)基因组(TnA_NL)为骨架,基于211,598个非冗余的插入缺失变异(PAVs)构建了菱属的图形化基因组,这种图形化基因组为结构变异的精确分型提供了平台。为了探究PAVs是否与二倍体种之间的表型差异有关,研究团队进一步鉴定到了40,453个PAVs在A/B两种基因组类型间完全分化,这些PAVs涉及2,570个基因。GO富集分析发现,这些基因的功能主要包括器官生长发育、有机物代谢过程、响应外界刺激三类,且在多个器官中呈现差异表达,表明了这些基因可能在二倍体种间表型分化和生殖隔离方面起到了关键作用(图3)。此外,基于亚基因组和亲本基因组之间的比较和泛转座子(TE)分析,我们发现异源四倍体欧菱经历了亚基因组不对称演化,其中B亚基因组为显性亚基因组,而不平衡的PAVs、TE扩增、部分同源互换以及基因表达差异等因素共同驱动了异源多倍体的亚基因组不对称演化(图4)。总之,菱属泛基因组构建和结构变异鉴定为菱角研究提供了重要的资源和平台,研究结果不仅加深了人们对多倍化过程中基因组演化的认识,也为菱角种质资源的遗传评价和种质创新奠定了坚实的基础。   浙江大学/武汉植物园联合培养博士研究生张心怡和陈阳(现任职宁波市农科院)为论文共同第一作者,中国科学院武汉植物园邱英雄研究员和金华市农科院郑寨生研究员为论文的共同通讯作者。武汉植物园水生植物研究中心陈媛媛副研究员参与部分工作,中国农科院深圳基因组研究所周永锋研究员为该研究结果解读提出了宝贵的建议和讨论。该研究得到浙江省金华市农科院院地合作项目的资助。  
  • 《遗传发育所等在棉花抗黄萎病研究中取得进展》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:丁倩
    • 发布时间:2016-07-13
    • 大丽轮枝菌(Verticillium dahliae Kleb.)是一种具有毁灭性的植物病原真菌,寄主非常广泛,能够侵染多达400多种植物,其中包括很多具有重要经济价值的农作物,全世界范围内由大丽轮枝菌引起的黄萎病损失每年超过数十亿美元。大丽轮枝菌引起的棉花黄萎病是世界棉花种植区危害最为严重的真菌病害,不仅显著降低棉花产量而且大大降低纤维质量,一般发生会减产10%~30%,严重棉田减产可达80%以上,甚至绝收。 1935年由美国引进斯字棉时将大丽轮枝菌带入我国,随后迅速传播。目前,我国棉花种植区一半左右面积都受黄萎病害影响,成为棉花生产中最严重的病害,经济损失每年达15-20亿元,损失巨大。 大丽轮枝菌属于土传病菌,在土壤中形成微菌核抵抗不良环境存活达十年以上,至今生产上没有任何有效杀菌剂,因此,培育抗病棉花品种被认为是防治黄萎病的重要手段,但因缺乏有效抗源,目前为止尚未成功培育高抗品种。因此,黄萎病一直被认为是棉花的“癌症”。 天麻(Gastrodia elata Bl.)是一种传统中药材,在我国已有一千多年的药用历史。天麻生活史的大部分时间生活在地下,没有叶片,无法进行光合作用,因此,需要与多种真菌,特别是蜜环菌(Armillaria mellea)营共生生活,在共生过程中,天麻需要依赖蜜环菌侵染提供营养,同时天麻又进化出一套有效的防御体系来抑制真菌在其体内的过度侵染。研究发现,在天麻块茎的表皮和皮层薄壁细胞中存在一种小分子量的天麻抗真菌蛋白(Gastrodia antifungal proteins, GAFPs) 是这一防御体系的基础。离体抗真菌活性实验表明,GAFPs具有非常广谱的抑菌活性,对很多植物病原真菌具有很强的抑制作用,预示着其在植物抗真菌病基因工程中具有很大应用前景。 中国科学院遗传与发育生物学研究所副研究员王义琴通过用蛋白提纯、测序和cDNA文库筛选等方法从天麻中克隆到一个天麻抗真菌蛋白基因,命名为GAFP,并证明GAFP对包括黄萎病在内的多种真菌具有较好抗性,进一步筛选天麻基因组文库发现,天麻中存在着四个GAFP基因。通过对四个成员的活性比较研究发现,一个新的成员GAFP4在体内和体外都具有最强的抑菌活性,且带有胞间质定位的信号肽可以明显增强抗性。通过和中国农科院棉花所研究员李付广课题组、中国农科院植保所简桂良课题组和山西农科院棉花所研究员焦改丽课题组长达十余年的合作,将GAFP4转入2个陆地棉栽培品种,并在山西运城、河南安阳和河北廊坊三地黄萎病病圃中进行连续三年黄萎病鉴定试验表明,GAFP4对不同生理型黄萎病菌株都具有非常明显的抗性,是一个有效的高抗棉花黄萎病蛋白(如图)。尤为重要的是,GAFP4转基因棉花在纤维产量上也有20.7% -51.7%的增加,因此,这项研究成果为通过植物基因工程手段攻克棉花的“不治之症”提供了可能。