为了促进农业的可持续性，正在全球开展广泛的研究，调查生物肥料的开发。近年来，人们认识到一些用作生物肥料的微生物表现为条件致病菌，属于生物安全二级(BSL-2)分类。这对环境和人类健康构成严重威胁。各种科学论坛上提出的证据越来越倾向于使用BSL-2微生物作为生物肥料的优点。在这篇综述中，我们强调，基于传统微生物学方法和小亚基rRNA基因序列/保守区域的部分表征对于生物利用菌株的表征是不够的。在此建议，开发用于商业化或环境释放的生物肥料的研究和工业实验室必须使用微生物分类学的多边多相方法来确定感兴趣的微生物的特征。在进行配方开发和环境应用之前，这将确定它们的风险群体和生物安全特征。也有人建议，属于risk- 1和BSL-1类的微生物应用于配方开发和现场大规模应用。同时，BSL-2微生物应使用符合严格规定的遏制措施限制研究。
