《6月21日_减弱SARS-CoV-2毒性的途径:CTP合成的代谢压力决定了病毒的进化》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: zhangmin
  • 发布时间:2020-06-23
  • 1.时间:2020年6月21日

    2.机构或团队:深圳华大基因、希腊化学过程和能源研究所、中国科学院大学、欧洲合成科学家和工业家联合会(TESSSI)、法国巴黎科钦研究所、香港大学

    3.事件概要

    深圳华大基因,希腊化学过程和能源研究所,中国科学院大学,欧洲合成科学家和工业家联合会(TESSSI),法国巴黎科钦研究所和香港大学的科研人员在bioRxiv预印本平台发表题为“A path towards SARS-CoV-2 attenuation: metabolic pressure on CTP synthesis rules the virus evolution”的文章。

    文章指出,抗击COVID-19疫情,需要深入了解SARS-CoV-2利用宿主细胞代谢资源的方式。研究人员在本文中描述了单一的代谢背景,该背景形成了一个瓶颈来限制冠状病毒向可能的衰减方向发展。三磷酸胞苷(CTP)处于允许病毒繁殖的生物合成过程的十字路口。这是因为CTP需要三个基本步骤,它是病毒基因组的一个组成部分,是合成病毒包膜的胞嘧啶基核苷前体所必需的,最后,它也是合成宿主转移RNA的一个关键组成部分。翻译RNA基因组并进一步转录成用于构建活性病毒拷贝的蛋白质所需的所有转移RNA的CCA 3'端在人类基因组中没有编码。它必须由CTP和ATP重新合成。此外,中间代谢是建立在通过三磷酸尿苷(UTP)合成和回收胞嘧啶基代谢物的强制性步骤上,这限制了CTP的可用性。因此,偶然的复制错误往往会将基因组中的胞嘧啶替换为尿嘧啶,除非重组事件允许序列返回到它的祖先序列。研究人员在病毒蛋白质的功能方面记录了这种情况的一些后果。研究人员还强调并提供了蝰蛇毒素存在的理由,这是一种天然抗病毒免疫酶,可以作为一种高效的抗病毒核苷酸合成3'-脱氧-3',4'-二脱氢-CTP(ddhCTP)。

    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

    4.附件:

    原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.20.162933v1

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.20.162933v1
相关报告
  • 《6月21日_SARS-CoV-2与其他病毒感染之间宿主反应的转录组学相似性和差异》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:zhangmin
    • 发布时间:2020-06-23
    • 1.时间:2020年6月21日 2.机构或团队:美国Inflammatix公司、斯坦福大学医学院、斯坦福大学、希腊色萨利大学拉里萨综合医院等 3.事件概要: medRxiv预印本于6月21日发表了美国Inflammatix公司和斯坦福大学医学院等机构的研究文章“Transcriptomic Similarities and Differences in Host Response between SARS-CoV-2 and Other Viral Infection”。文章指出,COVID-19是与其他急性病毒感染具有某些相似临床特征的大流行病。该文章研究了针对SARS-CoV-2的全血转录组宿主反应,并将其与其他病毒感染进行了比较,以了解宿主反应的异同。研究人员利用RNAseq对来自24名健康对照者和入院后24小时内被SARS-CoV-2感染的社区获得性下呼吸道感染的62名患者的外周血进行了分析。研究人员还汇编并展示了对来自六种病毒(流感,RSV,HRV,埃博拉,登革热和SARS-CoV-1)之一感染的患者的1855份血液样本进行的分析的23项独立研究。 该研究结果显示,与健康对照组相比,COVID-19患者外周血的基因表达变化与对其他病毒感染的反应变化高度相关(r = 0.74,p <0.001)。但是, ACO1和ATL3这两个基因显示出明显相反的变化。COVID-19或其他病毒感染患者相对于健康对照患者的途径分析确定了相似的途径,包括嗜中性粒细胞激活、先天免疫应答、对病毒感染的免疫应答以及过表达基因的细胞因子产生。相反,对于表达不足的基因、途径表明,淋巴细胞分化和T细胞活化受到抑制。 当直接比较COVID-19患者的转录组谱与其他病毒感染患者的转录组谱时,研究人员发现在COVID-19感染期间,有114个过表达而302个基因表达不足。途径分析未发现这些基因中的任何重要途径,这表明需要进一步研究新型反应。使用免疫状态进行的统计反卷积发现,在包括COVID-19在内的所有病毒感染中,M1巨噬细胞、浆细胞样树突状细胞、CD14 +单核细胞,CD4+ T细胞和总B细胞在同一方向上显示出一致的变化。在COVID-19中增加但在非COVID-19病毒感染中减少的是CD56bright NK(自然杀伤)细胞、M2巨噬细胞和总NK细胞。文章表示,此处列出的一致和不一致反应为探索COVID-19与其他病毒感染的病理生理学提供了一个窗口,并显示出作为SARS-CoV-2宿主反应一部分的信号传导途径和细胞性质的明显差异。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.18.20131326v1
  • 《SARS-CoV-2冠状病毒繁殖的新传播途径》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-02-23
    • medRxiv预印平台于2020年2月18日在线发表了巴黎大学等的文章“A new transmission route for the propagation of the SARS-CoV-2 coronavirus”。 一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)从中国湖北省省会传播到全国各地,然后传播到世界大部分地区。为了预测该流行病未来的发展趋势,本研究在此根据受感染者的公共记录,探讨病毒趋向性的变异如何以不同的模式结束,从而为处理该流行病提供了特定的方法。使用一个分区模型来描述个体通过几种可能状态的进化:易感,已感染,替代感染,已检测和已清除。将模型的参数与现有数据进行拟合,并在必要时考虑到重大的隔离变化。该模型表明,武汉市的隔离措施是有效的,但备选病毒形式和第二种传播途径与现有数据相符。对于新加坡和深圳地区,第二种途径似乎还不活跃,而且疫情规模有限。表明利用现有数据拟合的模型验证了选择性感染方式(肠道趋向性)和第二种传播途径(通过环境)的假设。应采取兼顾这两种途径的相应预防措施,以有利于疫情的控制。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。