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《5月3日_SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： xuwenwhlib
  • 发布时间：2020-05-04

  • 信息名称：SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径

    1.时间：2020年5月3日

    2.机构或团队：山东大学、齐鲁师范学院、山东第一医科大学、北京航天航空大学

    3.事件概要：

    山东大学联合多家机构在medRxiv预印本平台发表论文“Genome-wide variations of SARS-CoV-2 infer evolution 1 relationship and transmission route”。

    严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的突变、起源、分型及突变对分子检测的影响仍有待揭示。为了明确SARS-CoV-2的进化关系及评价目前不同国家使用的引物的检测效率，本文检索了来自多个数据库的373个SARS-CoV-2株基因组序列，并进行全基因组突变分析。基于核苷酸序列C28144T的变异，SARS-CoV-2可以分为A组（117株）和B组（256株）。刺突蛋白基因（S基因）1841位突变A1841G，形成B1亚群（40株，30例来自欧洲和美国病毒株组成，尤其是美国华盛顿）。这些突变很可能受环境或不同人群的免疫选择压力影响。A/B株在流行中的比例呈上升趋势（一月为0.35：1，二月为0.62：1，三月为0.76：1），随着时间的推移，A组病毒株的遗传力似乎更强。根据11个核苷酸位点在流行过程中的变化，推测华盛顿株更像是一个祖先类型，而武汉株则更像A组病毒株的子代。

    *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。

    4.原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.071688v1

  • 原文来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.071688v1
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    • 编译者：zhangmin
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    • 1.时间：2020年3月3日 2.机构或团队：北京大学、中国科学院上海巴斯德研究所、中国科学院生物安全大科学中心、中国科学院大学、上海大学生命科学学院、中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所 3.事件概要： 北京大学等于2020年3月3日在National Science Review上发表题为“On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”的文章,研究了SARS-CoV-2与其他相关冠状病毒之间的分子差异程度。 文章指出，尽管他们发现SARS-CoV-2与蝙蝠SARS相关冠状病毒（SARSr-CoV; RaTG13）之间仅4％的基因组核苷酸有差异，但中性位点有17％的差异，表明这两种病毒之间的差异要比以前估计的大得多。作者指出，SARS-CoV-2和穿山甲SARSr-CoVs病毒中刺突蛋白受体结合域（RBD）功能位点的新变异，除了重组外，还可能是由突变和自然选择引起的。研究人员对103个SARS-CoV-2基因组进行的群体遗传学分析表明，这些病毒进化成两种主要类型（命名为L和S），它们显示了迄今为止测序的病毒株之间都相关。虽然L型（?70％）比S型（?30％）更为普遍，但S型是原始版本。虽然L型在武汉暴发的早期阶段更为普遍，但在2020年1月初之后，L型的出现频率有所下降。人类的干预可能对L型施加了更严重的选择压力，L型可能更具侵略性，传播速度更快。另一方面，S型的进化年龄更大，攻击性更弱，可能由于相对较弱的选择压力而增加了相对的出现频率。作者总结，这些发现有力地支持迫切需要对COVID-19患者的临床症状结合基因组数据、流行病学数据和图表记录进行进一步的、即时的、全面的研究。 4.附件： 原文链接： https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463?searchresult=1
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